21072025 life
木曜日
ビリヤニ
金曜日
メキシコ居酒屋。美味かった
土曜日
岩牡蠣目当て。
日曜日
ポークビリヤニ
21072025 chemoinformatics
MBAにboltz2をインストールして遊んでみた
3連休の後半はどこかに行こうと予定を考えていたのだけど、生憎風邪をひいてしまい（喉は痛いが熱はない）家で大人しくする羽目に。論文読んだりコード書いたりで捗るといえば捗ったので悪いことではないのかも。以下のスライドもよくまとまっていて面白かったです。
オフィシャルなリポジトリではapple silicon(mps)には対応していないのだけど、こちらであればmps使えるのでインストールして動かしてみた。
ちょっと興味があったのがchignolinの8番目の残基を変えるとターンの構造が変わるっていう論文で、そういうの再現するのかねーと。
コマンドはこんな感じでOK
boltz predict --use_msa_server sig2.fasta
結果です。
- magenta(PDBID:5AWL): YYDPETGTWY
- cyan(chignolin):GYDPETGTWG
- green(T8F chignolin):GYDPETGFWG
変異を入れてもboltz2の予測する構造は変化しなかったですね(cyan vs. green)。あとはPROのあたりの構造が結晶構造とは異なっていた。
機械学習の"発見"とか"新規"っていうのは既存の知識体系の中の人間の見落としを拾ったという意味であって、未知を開拓したっていう意味での発見ではないよなーっていうのが現在の私の立ち位置かなぁ
21072025 life
週記(2025/07/07-13)
月曜日
タイカレーを作った。というかまとめ作りすぎたので2,3日かけて食べることに。
木曜日
日本米（京式部）しかなかったので、たまにはカレールーで作るかと。家ではテーオー使ってたんだけど、1kgは使い切れないので近所のスーパーで買ったフレークタイプの焙煎なんとかとかいうやつ。 大根と油揚げのカレーも簡単に作れてもうまいんですよね。
土曜日
いつもの立ち飲み
自家製の鮎の甘露煮（ぶれた）
日曜日
近所のスパイス屋に行っていろいろなスパイスとバスマティライスを調達したので、久しぶりにビリヤニ。アチャールはナス、玉ねぎ、ハツと砂肝。砂肝のアチャールは最高に気に入っている。
その他（コードとか）
FMOKitをFMO-DFTBに対応させてバージョンを上げました。FMO-DFTBは爆速ですね。精度がどのくらい落ちるのかわからんけど。あとちょっとスパゲッティっぽくなってしまったのでどこかでリファクタリングしないといけない。GAMESSのinputはjinja2でテンプレートにしとけばすっきりするんじゃないかなーと思っている。
あとはFMO-DFTBの構造最適化後のファイルをopenbabelで変換しようとしたらこけたので、自前でparser書かないといけないし、バグもちょいちょい出てきているので見つけては潰している。
ドキュメントが少ないのでいろいろと試行錯誤しながら使い道を探すことになりそう。
週記(2025/06/30-7/6)
月曜日
ふるさと納税で送られてくるラムにあまりコクがなくビリヤニにするとイマイチだったのでカレーを作った。まぁさっぱり目。
火曜日
ちょっと疲れていたので酸っぱいものでもとシニガンスープを作ってみた。鍋がないのでフライパンで煮たら拭きこぼしてしまった。鍋買うかーとamazonで発注。スープとかラーメンに使える器もほしい。
シニガンはポークで、肩ロースにしてみたけどバラでもよかった。スープだけで満足するので夏の間は何度か作ることにしている。
木曜日
前日にポークシニガンを作ったときの豚肩ロースが余っていたので、ポークビンダルーにしてみた。赤みがいまいちでなかった(ビンダルーに見えない)のとポーク硬すぎたので手抜きせずに圧力鍋を使うべきだった。次回はシニガンと一緒で豚バラかなー
そういえばアドボもビンダルーも似たような調理法だなーと思って調べたら似たようなところから伝わった料理でした。
- Vindaloo：ポルトガル語の「vinha d’alhos（酢とにんにく）」が語源。現地でスパイスが加わりインド風に進化。
- Adobo：スペイン語の「adobar（漬け込む）」に由来し、酢と調味料で煮込む調理法。
土曜日
いつも同じ店にばかり行って新規開拓をしていなので、ちょっと中津まで。なかなか美味しかったです、また行く。
帰りにいつものお店で。鮎（九頭竜川産）
夕飯は、京式部っていう米と、鶏ハツの炒め物。先週家に帰って日本米を食べたら「やっぱうまいわ」ってことになって、まともな米屋を探して銘柄米（購入時に精米してくれる）を買ってきたのであった。ペットボトルに入れて冷蔵庫に保存してある。バスマティライス切らしちゃったから来週は日本米メインの献立を考えないといけない。
日曜日
朝五時半に起きて、滋賀の蓬莱山に登ってきました。大体7時間くらいのルートでしたが体力の無さを実感。来月の北岳登山に向けて鍛えないといけないことが判明。登山自体はなかなかハードで達成感がありました。
湖西線で人身事故があった影響で帰りの電車が遅れて19時過ぎに家についたので、作るのめんどいし外で食べるかなーと考えていたのだけど、シャワーを浴びたら外に出る気が薄れて、日本のカレーの作り方でミックススパイス入れた鳥ミンチのカレーと日本米にひたし豆のっけてたべた。そういえばこの辺はひたし豆おいてないから先週自宅に帰ったときに何袋か買っておいた。
ひたし豆は、「枝豆にスパイスかけたの美味しいんだからスパイス風味のひたし豆もおいしいだろう」という連想から、ちょっとスパイスの風味がして確かに美味しいです。
29062025
週記 (2025/06/22-29)
今週は家に帰ってました。
火曜日
ナスが安いのでタイカレー。美味しい。
木曜日
羊肉のビリヤニを消化。ふるさと納税の羊肉は脂感がなくてちょっと物足りなかった。スパイスのせいなのか作り方のせいなのかわからんけど。
日曜日
シロカのおうちシェフブレンダーが届いたので早速豆乳を作ってみました。飲む分には問題ないんだけど鹹豆漿として固めるには薄かったみたい。品種と投入量の試行錯誤が始まりそう。
29062025 chemoinformatics
FMO-DFTB
軽い気持ちで手元のMacbook Airでcrambin(46残基)の構造最適化をかけたら1時間かからずに計算が終了して「お、これは！」となったので、Facioで作られたインプットを見てみることにした。
!*** FMO 5.5 (Gamess) INPUT generated by Facio 27.1.1.64 ***
$CONTRL RUNTYP=OPTFMO NPRINT=-5 ISPHER=-1 MAXIT=50 $END
$SYSTEM MWORDS=58 $END
$GDDI NGROUP=1 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. NPUNCH=0 $END
$BASIS GBASIS=DFTB $END
! 基底関数はDFTBで固定っぽい
$DFTB
! DAMPXH = a flag to include the damping function for X-H atomic pair in DFTB3.
! DAMPEX = an exponent used in the damping function for X-H
! atomic pairs. The default value is 4.0 (taken from the 3OB parameter set).
! GAMESS includes 3OB-3-1, MATSCI03 (properly called matsci-0-3),
! and OB3W0PT3 (ob3 with omega = 0.3), which you may specify in PARAM.
SCC=.TRUE. DFTB3=.TRUE. DAMPXH=.TRUE. DAMPEX=4.00
PARAM=3OB-3-1
$END
!*** NumCPU : 1 MemPerNode : 512MB
$OPTFMO
! HSSUPD numeric updates of the inverse Hessian Default: HSSUPD.
METHOD=HSSUPD NSTEP=2000 OPTTOL=1E-4
$END
$PCM SOLVNT=WATER IEF=-10 ICOMP=0 ICAV=1 IDISP=1 MODPAR=65 IFMO=-1 $END
$PCMCAV RADII=SUAHF $END
$TESCAV NTSALL=60 $END
$FMOPRP
! MODPAR = parallel options
MODPAR=8205
NAODIR=210
NGRFMO(1)=1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0
NPRINT=9
$END
$FMO
! MODGRD=2+8+32
! MODMUL Use the multipole expansion to compute electrostatic,
! interactions exactly bit additive.
! MAXBND = the maximum number of detached bonds. (default: NFG*2+1)
SCFTYP(1)=RHF
MODGRD=42 MODESP=0
MODMUL=0
MAXCAO=5
MAXBND=46
NLAYER=1
NFRAG=43
ICHARG(1)=
馬を水辺に連れて行くことはできても
最近、全方位から「おとなしい」とか「思ったよりもあたりが弱い」みたいなことを言われてまして、「私ってそんなんにトゲトゲしていると思われてたの？」とか「カンフル剤？」みたいな今日この頃。先日の某フォーラムの懇親会で前職の同僚に「fmkzはよくバチバチしてた」とか言われてまぁそうだったよねーと。
じゃぁなんかめんどくさくなったのかとか言うと別にそういうわけでもないと思うんですよね、単に成長したからということで。確かにスパイスのマネジメントに夢中になっていて仕事の主張が弱めなことは否めないですが、前職の偉い人から教育されたりしたのでということでちょっとそのあたりをメモっておこうと思いました。ちなみにマネジメント関連の話を書くのは久しぶりですねー（意味深）。
まず、私のクリフストンストレングス（旧：ストレングスファインダー）のトップ10は一番上が個別化(青)で残りの8個が緑です(最後の一個はオレンジあたりにあったと思うけど忘れた)。前職の部全員でクリフストンストレングスを受けたのですが、単色で８個埋まるのは私と、別のマネージャー（オレンジx8）くらいでしたのでそこそこ尖ったプロファイルではあると思います。
で緑一色らしく、34の資質をフィンガープリントに見立ててPCAすればいいじゃんと思いついて早速実行したわけですが（橙一色のマネージャーからは物申されましたがｗ）、そのあたりの距離感とマネジメントの関連性を鑑みるに、自分の近傍のプロファイルの人は強めな意見を言っても受け止めてくれる一方、離れている人は言い方を考えないとなーみたいなことが多かったように思います。
というわけで、相手に自分の意見を受け止めてもらえることが重要だというふうに考えているので、まずは受けとめてもらえるような主張を最近は心がけているつもりです。あたりが弱いというのは私の脳内水見式が自分のプロファイルから遠いと告げているのではないでしょうか？w
もう一点は、「馬を水辺に連れて行くことはできても、水を飲ませることはできない」ということわざ通りで、マネジメントとしては部下に機会を与えることしかできないが、それを受け止めてもらって自分自身で成長したいと思ってもらわないといけないので、受け止めてもらうにはどうしたらいいかをよく考えないといけないなぁと。正論でぶっ叩いても受け止めないですよねー（自分と似たような考え方だったら違うのだろうけど）みたいな感じです。これは上下関係なく、お互いを尊重できる関係性にならないと率直な意見を言い合えないよねーということで、まぁそのあたりちょっと試行錯誤中なのかなぁと自己分析してます。
ちなみに、強みのトップが個別化（青）でわかるように、「チルドレンをつくる」とか「俺色に染める」みたいなマネジメントは大嫌いですｗ
週記 (2025/06/16-21)
月曜日
知り合いに誘われ、天王寺のあべのハルカスの近くで飲み。あべのべあなるものの存在を知る。キャリアの話とかいろいろ話せて良かったです。
ちょっと料理談義多めで色々と新しい情報を仕入れる。特におうちシェフブレンダーの使い勝手を聞き、早速購入したかったのだが、
「2.5kgかー、置く場所ないじゃん」(キッチンの設備がショボい)
と買うかどうか週末まで悩んでいたが、結局キッチンテーブルを調達してその上に置くことに。電気ケトルとか炊飯器も毎回シンク下から出し入れしていたのでついでに解決できそうです。（私は牛乳を飲めないため）豆乳をいつも買っていたのでこれからは自作できるようになり色々と捗る気がする。特にカルディの鹹豆漿の素がちょっと酸っぱいのでもう少し自分好みのレシピを開発していきたい。
あと、豆の話になって、最近ひたし豆作ってないなーと青大豆を探しにスーパーにいったり市場にいったりしたのだけど見当たらなかった。関西ではあまりポピュラーではないみたい。簡単に作れて美味しいのにねー。実家に帰ったときにまとめ買いしておくか。
火曜日
テンパリング用のミルクパンを買ったのでアチャールを色々仕込んでいた。とりあえず玉ねぎとゆで卵のアチャールを作った。
水曜日
タイカレーを作る。先日のアチャールをどうしてものせたく、ゆで卵のアチャールをのせてみたけど率直に言って別に要らんかった。
金曜日
構造活性フォーラムで発表してきました。オーガナイザー、参加者の皆様どうもありがとうございました。大変有意義でした。発表もパネルディスカッションもちょっと主張強めだったかもしれませんが、皆様の役に立ったなら嬉しいですし、もし今後見かけたときにフィードバックもらえたり、DMでも送ってもらえると更に嬉しいです。
懇親会でも色々と話せて久しぶりに色々と考える機会になりました。私の発表は相変わらずメッセージ強めっすねーと言われたのですが、確かに私はTake Aways/Take Home Messageを必ず入れます。主張のないプレゼンテーションって塩入れないスープみたいなもんじゃんって思っているからでしょう。
あとは「なんかしらんけど、すごそうなものの技術の総称」をAIって呼ばれると議論しにくいよなーとちょっと思いました。ていうか、昔からずっと思っていたので今更なのだけど、、、
土曜日
羊肉でビリヤニを作りたいと羊肉の取り扱いのある店を探していたのだけど見つけられず諦めかけていたら、ふるさと納税で調達すればいいじゃないか！ということに気が付き早速定期便でゲット。毎回ラム串５本入りくらいのが５パックが冷凍で送られてくるのだけど解凍して串を外せばビリヤニ用の肉として使えるので便利。
アチャールもここぞとばかりに盛ってみましたｗ
15062025 life
今週のワタシ
梅雨に入って雨の日が多かったことも重なり、今週はやたらと忙しい週でした。明日からも忙しいんだろうなーと思うとちょっと気が滅入る。
今週は飲みにも行かず、自炊ばかりしてました。
火曜日
タイカレー。タイ米以外の材料は近所の業務スーパーで揃うのと安く調達できるので、作る頻度が増えている気がする。ナスとかシシトウとか放り込めるし玉ねぎを炒める手間がないので作るのも楽ちん。ナスも電子レンジで時短できるのがいい。
金曜日
チキンカレーに、冷凍のブロッコリーとパプリカを放り込んだ。野菜多め
日曜日
豆のキーマ。ゆで卵をアチャールにしようと思っていてすっかり忘れて冷蔵庫にいれてた。それから冷凍のパクチーはあまり色が良くないですね。ベランダで育てるか悩み中だが、飛行機と電車の騒音でたくましく育ってくれるはず。
コーディング関連
maeファイルをパースしてFMOのインプットになんないかねーみたいな話になっていて仕様を読んでみたら割とシンプルだったので、やっつけparser作っていた。本家のはC++なんよねー。
それにしても下のようなスペース区切りでクォートに囲まれたのをパースするのめんどくさいなーと思ってたけどshlexっていうモジュールで簡単にsplitできるのを知って勉強になった。
658 25 0.754 12.101 10.607 98 <> A "THR " " N " 7 0 3333FF 0 1.00 658
確かにUnix shellのあれだったわーと歴史を感じさせるフォーマットであることを改めて感じました。