28062013 life
27062013 chemoinformatics
かなり前に創薬プロジェクト版Git(Chemit)というCLIなアプリを思いついたのだけど、化合物データベースへのSQLAlchemyラッパー用意したり、色々ツールを揃えたおかげで簡単に実装できるようになってたので、近いうちに作っとこうかなぁーと
で、chemit diffはMCSとか買いてたけど、これはMMPの間違いだった。
アッセイ結果から生データへのトラッキングというかトレーサビリティには気をつかうのに、合成化合物から合成案(何を目的とした合成なのか)までのトレーサビリティには注意を払わないのは如何なものかと。
というわけで、今は「この化合物は一体何を意図して作られたんだ？！」というような疑問がフツフツと湧くようなシステムを作っている。
26062013 chemoinformatics
VAMMPIREという
っていうDatabaseの論文をみつけたのだけど、コンテキストが入りまくりなのはどうなのかなぁ？タンパク質-リガンド相互作用を骨格の多様性で積分したら普通ゼロになるよね？実用性に疑問符がと思ったが、
ふと、あーFMOの題材としてはいいんじゃないのかなぁと閃いた。置換基変換のペアとKi差や活性差の値が出ているからFMOのエネルギー比較して色々遊べるかな。
25062013 life
7年前にも似たようなことをやっていたようだが、昔のログ掘りあてて懐かしくなった、しかもなんでも日本酒に例えるのはこのころからすでにはじまっていたのかorz
red,blueに足りないものとして緑系のものをずっと探していたわけだが、今回富士山世界遺産登録記念ということで、緑茶焼酎をチョイスしてみた。
混ぜてみると？
白くなった！
なるわけないですね。ただの牛乳。実際はレッドブルそのものだ。
味はがっかり。
24062013 Python
楽しく二回目もやることになりました。静岡Pythonistaの熱い気持ちがシナジー的な何かを産んで、サーバーサイド（構成管理も含む）からフロントエンドまで含むバランスの取れた発表が集まりました。
ランチは清水港みなみのマグロ丼などオススメですね。
というわけで、今回も楽しくやれればいいなーと。
23062013 drum'n'bass
ちょっと前に雨で始まり雨で終わろうというネタを考えたのだけど、無線LAN子機が不調で残念な思いをしたのでリベンジ。それからPolarized (feat. Shaz Sparks) [Matrix & Futurebound Remix]を聴いて、seven lionsで終わらせたくなったけどあれBPM128なんだよねーと思っていたらXilentの曲で175から128に変わる曲があったのでうまくつながった。その後テックハウスをダラダラとかけてみた。
Rain Dance / Subwave Salad Is OK / B-complex Falling Through / Noisia & Spor Ignition / Spor Killa Bees / Usual Suspects Hidden Message / Mark System Ventura / Fracture & Neptune No Reality (Noisia 2007 Remix) / Ram Trilogy Original Nuttah / U.K. Apachi & Shy FX Ganja Man (S.P.Y & Total Science Remix) / Krome & Time Let Me Be Your Fantasy (J Majik & Wickaman Remix) / Baby D On A Good Day (J Majik & Wickaman Remix) / Above & Beyond Sound of the Rain / Royalston Rainy City Music / Dub Phizix We Live There (feat. DRS) / NuLogic Come Alive / Netsky Rave / Fourward Memories / 17th Boulevard All My Life / Royalston & Mark Berry Hyper Hyper / Nu Tone Shine In (feat. Natalie Williams) / NuTone All Yours (S.P.Y Remix) / Submotion Orchestra Lost In The Future (feat. Jenna G & Futurebound) / Camo & Krooked Clear Your Mind / Xilent Polarized (feat. Shaz Sparks) (Extended DJ Edit) / Seven Lions
23062013 R
第3回入門機械学習読書会お疲れ様でした。優先トレイ実装しました
なんとなく日替わりを注文してしまった。
美味いんだけど、他のヒトのマグロづくしをみたらマグロオンリーにしておけばよかったかなぁと。
懇親会はphotoにお邪魔してひとしきり楽しんだあと、ずっと気になっていたソビスケに。
まるで息をするかのようにマゲをかぶる、ここではそれが自然体という雰囲気が醸し出されていて、なんの疑問も抱かずマゲる我々
出てきたソビはコシがあって、美味しかった。最近蕎麦屋にいかなくなってしまったので久々に蕎麦だった。
ソビ湯は容器に入って出てきた。
次回は初の清水でやります。懇親会はもつカレーの食べられる店をチョイスする予定にしてます。
20062013 bioinformatics
遺伝子と疾患（表現形）との強い相関と弱い相関が見られるが中程度の相関がみられないという謎(missing)のことらしい。
それだけ、環境要因が強いということなのだろうか？
The "missing heritability" problem[1][2][3][4][5] can be defined as the fact that individual genes cannot account for much of the heritability of diseases, behaviors, and other phenotypes. This is a problem that has significant implications for medicine, since a person's susceptibility to disease may depend more on "the combined effect of all the genes in the background than on the disease genes in the foreground".Missing heritability problem
ユーザーを顧客と考え、顧客を育てるという地味な仕事も必要なんだろうなぁと思うんだけど、育ててもらうサイエンティストってなんなの？（以下略）という気持ちが強いし、そういう仕事は地味すぎて評価されないので優先度を下げてる。
かといって、そこらへんをやらないとユーザーが増えないというジレンマが。
というわけで、なんか楽しみながら（給料と関連付けないで）モチベーションをあげるやり方を探している。
利用イメージを分かりやすく伝えるってのが難しいなぁ。
18062013 chemoinformatics
仮設駆動デザインを強く主導しているっぽいAZの論文読んでて、そういえばDjango製であるところのDesign Trackerの論文って見たことないなぁと思って探してたら、すでに購読しているBlogの著者が開発者だった。しかもOpenEyeにジョインしているのか。
というわけでこの本超読みたい。
Open Source Software in Life Science Research: Practical Solutions in the Pharmaceutical Industry and Beyond (Woodhead Publishing Series in Biomedicine)The book is divided into four parts. Part one looks at laboratory data management and chemical informatics, covering software such as Bioclipse, OpenTox, ImageJ and KNIME. In part two, the focus turns to genomics and bioinformatics tools, with chapters examining GenomicsTools and EBI Atlas software, as well as the practicalities of setting up an ‘omics’ platform and managing large volumes of data. Chapters in part three examine information and knowledge management, covering a range of topics including software for web-based collaboration, open source search and visualisation technologies for scientific business applications, and specific software such as DesignTracker and Utopia Documents. Part four looks at semantic technologies such as Semantic MediaWiki, TripleMap and Chem2Bio2RDF, before part five examines clinical analytics, and validation and regulatory compliance of free/open source software. Finally, the book concludes by looking at future perspectives and the economics and free/open source software in industry. - See more at: http://www.woodheadpublishing.com/en/book.aspx?bookID=2830#sthash.n8wZvfrs.dpufOpen source software in life science research
特にDjangoを採用した経緯がちょっと知りたかったりする。日本の製薬企業の研究所の規模程度だったらFlaskで十分な気もする(maxでも3000userくらい捌けばいいんでしょ？)が。
でもやっぱDjangoはあつかえるようにしておいたほうがいいのかなぁー、悩む。
次々回のShizuoka.pyで誰か入門Djangoとかやってくれないかなぁ。
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