13082013 R
8/24の入門機械学習読書会の範囲になっているMulti Dimensional Scaling(MDS)の章を読んだ。
最初から距離しか与えられてない場合にはMDSだろうけど、普通はPCAでいいんじゃないかなーと思いつつ。あとユークリッド距離使うんだったらSPEでもよかろうと。
ちなみにクラスタリング関係をRでやるんだったらこの本が参考になるんではないかと。バイオインフォと書いてあるけど、あれも結局インフォマティクスなんで、バイオロジーの知識がなくてもアルゴリズムとかクラスタリングの使い分けとかは理解できると思います。というわけで欲しいかたがいれば持っていきますので、連絡ください。
尚、次回の入門機械学習読書会は掛川開催でランチに名物のいも汁を食べに行くので興味ある方は参加されると良いです。本の内容は8,9,10のPCA,MDS,K-meansといったクラスタリング関係をまとめてやります。
13082013 sake
コメヤスさんで買ったBlack Phoenix。いつもの鳳凰美田に比べると酸が強めかな、なんかそんな感じ。
ちなみに最近は持ち歩きが苦にならない4合瓶の割合が増えている（あちこちで買うので）
黒地に金字ばかりを飲んでいた。
いけたにさんで購入した、小鼓の純米吟醸
親戚から送られてきた大信州の夏酒。小鼓と大信州はなかなか綺麗目
白瀑の純米大吟醸と金字の山本は大体同じ値段なので、こっちも買ってみたけど。
開運のあさば一万石は酸がきつく感じた。涼々のほうが好み
07082013 work
知財化する際に、誰が作ったかが重視される風潮がある気がするので仕方ないのかなと思う部分を差し引いても、合成案とケミストの癒着は強いんじゃないかなぁと。
スクラムにおけるプロダクトバックログとかスプリントバックログ的な考え方をもっと強く押し出さないと、プロジェクトに貢献できないんじゃないかなぁ。
あと、合成案批判を人格批判と受け取るヒトが多すぎる気もする（文化かな）。それも知財化が絡んでいるんだろうな。
とか考えていたら、ペアプロみたいに合成案を相互レビューするようなやり方ってメリットあるんじゃないかなぁという気がしてきたけどどうなんだろうね。
GitHubなんかを使い続けてソースコードの共有が普通に受け入れられるようになると、創薬のプロジェクトで、自分の案に固執したり、クローズにしたがるカルチャーに閉塞感を感じてしまう。
06082013 chemoinformatics
ワークショップの話を先に進めたいので皆さんで集まって飲みましょうってことで、初めて集まって飲んだ。
色々面白い話が聞けたのだけどそれはこっちに任せた。
前菜頼んだくらいで、あとは飲み続けたのでコスパ高かった。空芯菜の炒めものを見ながらもっと茎のあたりをガッツリ切ってもいいのかと勉強になった（あと葉っぱも減らして茎だけでいいやと）。うちはモロヘイヤも空芯菜も先っぽしか収穫しないので贅沢な使い方をしているなぁと思った。
土日の二日間で組んでみました。
土曜日午後（使ってみようRedmine）
日曜日午前（もくもくと軽いトークを混ぜたもの）
もくもくと好きな事をやってもいいし、普段聞けないことを聞いてもいいような軽い感じの質疑ができるようにします。
何故二日の日程にしたかというと、ベアードビールは昼飲みでしょ!という当たり前の理由はおいておくとして、遠くから来る場合に交渉しやすくする意図もあります。
会場のすぐそばにある楽寿園は動物園とか遊戯があって子供だったら、半日ぐらいは余裕で遊べますし、散歩用の道が気持ちいいので大人がぶらぶらしても楽しいです。日曜日はソフトウェア開発よりなのでその日は参加せず、ひと駅先の沼津から沼津港に向かって深海水族館でもよって沼津港で美味しいものを食べても家族サービスとしていけてますし、修善寺とか熱海のほうをぶらついてもいいかと。尚、土曜日のみだったら東京から日帰りも余裕です（三島は意外に近い）。
つまり、プチ家族旅行を兼ねることでwin-winの関係が築きやすくなるわけですねｗ。早めに三島に入ってお昼に鰻をたべるというのももちろんアリだと思います。
もし興味があれば10月の前半の週末は空けておいて下さい。参加募集ページができたらまたご案内します。
04082013 life
ふもとっぱらは広がる草原って感じだけど、天子の森は川のほとり。テント立てている間に子供はマリンシューズ履いてジャバジャバやってた。そのうちカニとりにハマりだしたみたい。
テントは99のフジロックのあたりから使い続けているが、メタモのテントパスが張ったままだ。
ワンコも川遊びは初めて。海は2,3度行ってるけど。水飲みまくってた。
途中のチキンハウスで買った焼き鳥焼いたり、ソーセージ焼いたり、エビのアヒージョ作ったりとか。
アヒージョのオリーブオイルにナスを投入したみた。コレはなかなか美味かった。
志太泉の有機米（純米）を飲んでた。
チルを入れ忘れたのでスーパーカーの好きな曲をループさせながらぼんやりしていた。
久しぶりに星を見た。というより、社会人になってからは見ていないことを思い出した。
03082013 life
いろいろ手厳しい
01082013 Python
PyCon APAC 2013でpythonを使ったdocx,xlsx,pptx作成の話をさせていただけることになりました。
というのは宣伝で、応募に至るまでの経緯をちょっと書いておきます。
僕は製薬業界にいる関係でchemoinformaticsとかbioinformaticsとかmolecular docking simulationをずっとやっていたので、ライフサイエンス系でのpythonの適用事例くらいなら50分くらい余裕でしゃべり続けられるなぁということで当初はそういう応募をしようかなぁと考えていたんだけど、science with pythonのほうでも似たようなトークを応募するみたいだったんで、やっぱやーめた、放置。締め切りみたいな流れで6月は終わったわけです。
で、7/9まで締め切り延長になったけど別に応募する気ないしー参加するだけでいいやーと思って過ごしていたのだけど、締め切り延長4日前に行われたShizuoka.py #2に@aodagさんが急遽参加されて、懇親会の時に「なんか応募しないのー？しないのー？」というようなことを言われて、じゃぁなんかしとこうかなーという気分になって次の日勢いに任せて応募したという経緯。
で、採用されたと（嬉しい）。
というわけでパーフェクトPython書いましょう。
YAPCのスピーカーすごいす！、PyConのスピーカーすごいす！と参加者側でずっと過ごしてたけど、今回初めて発表するので、少しは皆さんの心に残るようなお話が出来たらいいなぁと思っています。
注1）高いところが苦手なので懇親会は躊躇している 注2）製薬業界以外の仕事にも興味があったりする
31072013 Fastladder
5年くらい動かしているオープンソース版Fastladderだけど、この５年のうちにヒトの異動なんかでゴミユーザーが溜まりまくったり、メンテも大変だったり（今はsupervisordで動かしている）と、そろそろ新しくしたくなったので、昨日今日で仮想環境から稼働までさせた。
尚OSはFedora17で、FastladderはGithub版です。
2.0.0-p247を入れたんだけど、OS側のライブラリのヘッダファイルが足りなくて何度もコンパイルしなおしたのでストレスフルだった。ちなみにrbenvは使ってない。
yum install sqlite sqlite-devel yum install zlib zlib-devel yum install openssl openssl-devel yum install libxml2 libxml2-devel yum install libxslt libxslt-devel yum install libcurl libcurl-devel yum install gcc-c++ gcc-c++-devel yum install mysql mysql-devel yum install readline readline-devel
くらいはやっておく必要があった。それからnode.jsも必要なので入れておきましょう。
Fastladder を VPS の CentOS5.8 に入れてみた。を参考にすればよいです。
クローラーはオープンソース版もGithub版もそのままではイントラの巡回をうまくやってくれないです。environment.rbのあたりにプロキシを使わない設定があるのだけどそれを書くとエラーで止まるので、
fastladder.rb(だったかな)に直接正規表現を書き込んだ。
Fastladder.const_set(:HTTP_PROXY_EXCEPT_HOSTS, ["XXXXXXX"]) #Fastladder.const_set(:HTTP_PROXY_EXCEPT_HOSTS, []) unless defined? (Fastladder::HTTP_PROXY_EXCEPT_HOST)
プロキシのとこも何故かコメントアウトされているので、ドキュメントを参考に書き換えておいた
@@ -58,13 +59,13 @@ module Fastladder def fetch(link, options = {}) uri = link.kind_of?(URI) ? link : URI.parse(link) - http_class = Net::HTTP - #if proxy = uri.find_proxy || Fastladder::HTTP_PROXY - # unless Fastladder::HTTP_PROXY_EXCEPT_HOSTS.any? { |pettern| uri.host =~ pettern } - # http_class = Net::HTTP.Proxy(proxy.host, proxy.port, proxy.user, proxy.password) - # end - #end - http = http_class.new(uri.host, uri.port) + if proxy = uri.find_proxy || Fastladder::HTTP_PROXY + if Fastladder::HTTP_PROXY_EXCEPT_HOSTS.any? { |pettern| uri.host =~ pettern } + http = Net::HTTP.new(uri.host, uri.port, nil, nil, nil, nil) + else + http = Net::HTTP.new(uri.host, uri.port, proxy.host, proxy.port, proxy.user, proxy.password) + end + end http.open_timeout = options[:open_timeout] || Fastladder::HTTP_OPEN_TIMEOUT http.read_timeout = options[:read_timeout] || Fastladder::HTTP_READ_TIMEOUT
オープンソース版Fastladderにはフォルダに入ってないとフィードがエクスポート出来ないというバグがあるのだけどすっかり忘れていた。少しハマった後思い出して解決。
まぁ社内ブックマークサービスも社内SNS（しゃべる）も一度か二度ほどコケてるけどね。
30072013 life
子供向けのプログラミングワークショップをやります。既に空きがほとんど残ってないようですが、僕もちょっとお手伝いしていますので、お時間ある方は是非。
使用言語は定番のScratchです。
29072013 chemoinformatics life
ソフトウェアのワークショップに参加してきた、というより発表してきた。
発表は全て面白かったし、懇親会でも色々とフィードバックをいただけたので満足。
私のスライドから
それからMMPのカットのやり方が気に入らないという質問を受けたのでメモっておく。この時もちょっと考えさせられたけど、あそこの会社のヒト結構おもろい。
プロジェクトで使うにはカットのやり方こだわったほうがいいかもしれない、あと置換ルールとして持っておきたいもそのほうがいいでしょうね。
というわけでRDKitのコード追いかけようと思ったら先行者がいたので、エントリ待ちで。
(2013.07.28追記) エントリきた
メディシナルケミストのredmineの使い方をちょっと聞いたんだけど面白くて勉強になりそうなので、今度話してもらおうかなと思っている。帰ったら日にちを調整しようっと。おおっぴらに公開しないでライフサイエンス系限定みたいなATNDないかな。
（お前が言うなと自分で自分に突っ込みをいれつつも）志は高く持ったほうがいいよねとは思う。それから大きな挫折を味わないために小さな挫折をくり返すってのも大切かなと。結局は自分というスタートアップをマネジメントする感覚ですね。
それから、ヒトにフォーカスするとイライラするのでもっとカルチャーにフォーカスするように心がけています。以前の上司がPから移られた優秀なメディシナルケミストの方で、よく文化の醸成ということを口にされていたのでなんとなく背中を見て学んだ感じです。意識高い感じで書いておくとヒトとの出会いは大切ですねｗ
入門 機械学習
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
アジャイル開発とスクラム 顧客・技術・経営をつなぐ協調的ソフトウェア開発マネジメント
デッドライン仕事術 (祥伝社新書)
パーフェクトPython (PERFECT SERIES 5)