26082013 R
皆様お疲れ様でした。初めての掛川を堪能した。
ランチはとろろ汁
御飯の量が多いが、とろろ汁美味い
勉強会は掛川城の中にある、いい感じの建物
自分たちでテーブルセッティング。でもプロジェクターとスクリーン、wifi込みで1600円とはお得すぎる会場費
おやつはあめのもちとお茶。これまた美味しかった。
帰りに撮った城とそのミニチュア
懇親会は駅前の炉端焼き屋さん
焼き鳥の肉が大きくてナイスな感じ。スペアリブが美味しかった。お酒も静岡のもので揃えてあっていい感じ。ちなみ写っているのは某合コン部長（副部長）の手。グラスに注がれているのは國香の特純
次回は日が空いて10/26の予定
23082013 life 静岡 Snorkeling
大瀬崎でシュノーケリングをしてきた。
平日なので人はまばらで快適。せっかく潜っても身体が浮いちゃうという現象に悩まされたが、なんとなくこうすればいいのかなというのを掴んだのが収穫。
あと息が持たないのが今後の課題。
ソラスズメダイとルリスズメダイ。色々癒されてきた。
魚の名前を覚えようと思った。ついでにカメラも欲しくなった
PENTAX 防水デジタルカメラ PENTAX WG-10 レッド 1cmマクロ マクロスタンド付属 PENTAX WG-10RD 1265323082013 life Snorkeling
今週は色々バタバタしてたので、8/10に気晴らしも兼ねてシュノーケリングしてきた(2度目)。今日は北側オンリーで。
息が続かないので息を止め続けるトレーニングをするといいらしい。というわけで、会議の時つまらない発言が出だしたら息を止めてみることにした。まぁ、放置部署なので会議ないんだけど。
耳抜きがうまくいかないので、数をこなしたい。
あと、フィンは長いほうがいいのかなぁと思ったんだけど、そもそもフィンワークがダメな気がしているので精進する。
目撃したサカナ
釣りしているとキンギョは邪魔だけど、群れで泳いでいる姿は綺麗なので、邪険に扱うのはやめようかと思った。
イカの群れって横並びなのね、見れてよかった。
飽きもせずに浮かんだり潜ったりしてた。終了近くまで井田に居た。
帰りの夕日が綺麗だった。
超楽しかった。
20082013 chemoinformatics
10/5,6@三島です
経緯はこれとかこれを参考に。 論文はA chemistry wiki to facilitate and enhance compound design in drug discovery.なんかを見ていただければと
ランチに名物のいも汁を食すかたは掛川駅に1130に集合です。
一応6回で終了すると思うので次回以降の読書会のネタに関しても話し合いたいので、なにか推薦する方は教えて下さい。
いまのところ、機械学習の延長線上にありそうな「実践コンピュータビジョン」はどうかなという話が上がっております。OpenCV+機械学習+Pythonという結構面白い本だと思います
栃木の北の方に帰省してきた
尚仁沢のある山に行ってきた。湧水公園メンテしてない感がありありでどうしようもなかった。水汚なすぎて水遊びする気が起きなかった。
こっちはトンボが飛びまくっていて秋だった。
山の上にあるカフェで。
帰り道に、鳳凰美田でも買うかなと立ち寄った酒屋が休みで、別の酒屋で代わりの酒を物色。
東力士の微発泡酒が美味しくて四合開けた。さらに、浦霞もちょっと開けた。
布団で横になったら、子供より先にそのまま就寝
朝の散歩は田んぼを攻めてみた。すぐにビシャビシャになったワンコ
栗の木、今年の出来はいいらしい。新幹線が近くで見えるので息子を連れて行ってやろうと思ったけど。
写真をとって見せたら、それで満足したらしい。ついでに野生の栗が生えてた。
またまた、あぜ道を通って帰る。小川にドジョウとかいそうなんだけど汚れるのが嫌だったのでスルー。
白百合のはなが咲いていた。こっちのほうではよくみる花だけど。
昼は中川水遊園で水遊びをして、また酒を買ってきた。いろはビールは普通の味。天鷹スパークリングも辛口の日本酒に炭酸のっけた感じで、前日の東力士のほうが好みだった。というわけで小瓶にしておいてよかった。
夜は花火にお付き合い
月が綺麗
夜明け前からワンコが吠えるので外に連れだした。結局1時間半くらいひきまわしたので最後ばててたｗ
小学校跡。全校あわせて200人いなかったので小さい（というか田舎）。
さらにずっと歩いて川まで。サワガニとったり鯉釣りしてたけど、河川工事してコンクリで埋めたのでカニはいなくなったみたい。眺めてたらサカナが跳ねた。
昼はファミリー向け遊園地で。炎天下のアトラクション辛い。
帰りに、氏家駅前の酒屋さんで。鳳凰美田のワイン酵母の日本酒と、おりがらみスパークリング。それから仙禽の純吟を購入。ちなみに仙禽酒造はこの近所ですね（いったことない）。というより酒造めぐりってしたことないや。
この日も月が出ていた。
鳳凰美田のワイン酵母のほうを開けた。室温に戻るに従い味がふくらんできて気持ちいい。
14082013 R
python+pandasで全部やればいいんだけど、ggplotが使いたかったので。
とりあえず全件取ってきた状態で
import csv tweets = csv.reader(open("tweets.csv")) print "Date\tMessage" for tweet in tweets: if "[[user_id]]" in tweet[7]: print "{}\t{}".format(tweet[5].split()[0], tweet[7])
これである程度綺麗になったtsvが出力されるのであとはRStudioでいじる。data.tsvっていう名前で保存した。
library(plyr) library(ggplot2) library(scales) setwd("/Users//kzfm/lang/rcode/tw") tweets <- read.delim("data.tsv", sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) tweet.counts <- ddply(tweets, .(Date), nrow) date.range <- seq.Date(from=as.Date("2012-10-20"), to=as.Date("2013-8-12"), by="day") date.strings <- strftime(date.range, "%Y-%m-%d") dates <- data.frame(date.strings) all.data <- merge(dates, tweet.counts, by.x=c("date.strings"), by.y=c("Date"), all=TRUE) names(all.data) <- c("Date", "Counts") all.data$Counts[is.na(all.data$Counts)] <- 0 all.data$Date <- as.Date(all.data$Date) ggplot(all.data, aes(x=Date, y=Counts)) + geom_line() + scale_x_date(breaks="2 week", labels=date_format("%Y-%m-%d")) + theme(axis.text.x=element_text(angle=-90))
入門機械学習の1章のやりかたが参考になった。
13082013 R
8/24の入門機械学習読書会の範囲になっているMulti Dimensional Scaling(MDS)の章を読んだ。
最初から距離しか与えられてない場合にはMDSだろうけど、普通はPCAでいいんじゃないかなーと思いつつ。あとユークリッド距離使うんだったらSPEでもよかろうと。
ちなみにクラスタリング関係をRでやるんだったらこの本が参考になるんではないかと。バイオインフォと書いてあるけど、あれも結局インフォマティクスなんで、バイオロジーの知識がなくてもアルゴリズムとかクラスタリングの使い分けとかは理解できると思います。というわけで欲しいかたがいれば持っていきますので、連絡ください。
尚、次回の入門機械学習読書会は掛川開催でランチに名物のいも汁を食べに行くので興味ある方は参加されると良いです。本の内容は8,9,10のPCA,MDS,K-meansといったクラスタリング関係をまとめてやります。
13082013 sake
コメヤスさんで買ったBlack Phoenix。いつもの鳳凰美田に比べると酸が強めかな、なんかそんな感じ。
ちなみに最近は持ち歩きが苦にならない4合瓶の割合が増えている（あちこちで買うので）
黒地に金字ばかりを飲んでいた。
いけたにさんで購入した、小鼓の純米吟醸
親戚から送られてきた大信州の夏酒。小鼓と大信州はなかなか綺麗目
白瀑の純米大吟醸と金字の山本は大体同じ値段なので、こっちも買ってみたけど。
開運のあさば一万石は酸がきつく感じた。涼々のほうが好み
07082013 work
知財化する際に、誰が作ったかが重視される風潮がある気がするので仕方ないのかなと思う部分を差し引いても、合成案とケミストの癒着は強いんじゃないかなぁと。
スクラムにおけるプロダクトバックログとかスプリントバックログ的な考え方をもっと強く押し出さないと、プロジェクトに貢献できないんじゃないかなぁ。
あと、合成案批判を人格批判と受け取るヒトが多すぎる気もする（文化かな）。それも知財化が絡んでいるんだろうな。
とか考えていたら、ペアプロみたいに合成案を相互レビューするようなやり方ってメリットあるんじゃないかなぁという気がしてきたけどどうなんだろうね。
GitHubなんかを使い続けてソースコードの共有が普通に受け入れられるようになると、創薬のプロジェクトで、自分の案に固執したり、クローズにしたがるカルチャーに閉塞感を感じてしまう。
アジャイル開発とスクラム 顧客・技術・経営をつなぐ協調的ソフトウェア開発マネジメント
入門 機械学習
実践 コンピュータビジョン
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
アジャイル開発とスクラム 顧客・技術・経営をつなぐ協調的ソフトウェア開発マネジメント