18082024 work bioinformatics
ChatGPTとDeepLの使い分けをどうしているのだろうかと気になっていたので、発売日と同時に生命科学研究のためのデジタルツール入門を買ったのだけど、忙しくてレビューを書いていなかったので。
対象読者は、ラボに配属されたばかりの学生だと思いますが、その前の学部2回生くらいから読んでおいてもいいと思います（というわけで今週帰省してくる娘に読ませようと思っている）。
自分としては冒頭書いたように８章のAIツールの活用に興味があったので、勉強になるところが多かったです。
LLMは「単語の並べ方のデータベース」として、よい表現（よい単語の並べ方）を得るのに使うことが多いです。そのあたりはニュアンスの説明が難しいのですがなんというか将棋ウォーズの棋神みたいな使い方になっている気がします。
LLM使ってどういう面白いことをするのかは次回のMishima.sykで少し触れる予定です。
久しぶりに行ってきました、WCB
その後、流れで清水の金の字本店へ。開店前から行列で我々は最後の組として座ることができました。日頃の行いが良いせいでしょう。
当然もつカレー
軟骨
最近色々と考えることが多いです。
仕事関係で一泊二日の登山に行ってきました。
始発だとぎりぎりすぎるし疲れるので前泊で。
日本酒とビールを飲んで登山に備えます。
常念小屋からの日の出は最高でした。
頂上からの雲海
登山熱が再燃した出来事でした。
18072024 Motreal
帰国日も早起きしたのでとりあえず走った。
— kzfm (@fmkz___) July 17, 2024
近くにワールドトレードセンターっていgrammableな建物があるそうなので、早朝人いないしちょうどいいじゃんと。
ベルリンの壁です。実は何年か前にベルリンに行ったことがあるのだけど壁にはいかなかったので回収できた。
17072024 Motreal
朝は早朝に起きて川沿いを走った。
— kzfm (@fmkz___) July 16, 2024
ホテルの近くに酒屋があったので入ってみた。
よくわからんが、ラベルの良さそうなものをいくつか買ってみた。
16072024 Motreal
今日からMLCSBと3DSigのセッションが始まったので聞きたい演題がてんこ盛りでした。
今日も朝から川沿いを走ったのですが、カロリーの暴力の前には焼け石の上の鯉的な。
— kzfm (@fmkz___) July 15, 2024
さて、夕飯はいつものところでフライドチキンかなーと思っていたら休みだったので、急遽代わりを探したら、スモークドミートサンドの店が見つかりました。
当然テイクアウトなのですが、クレジットカードで決済をしたら、なぜかチップを要求されました（端末の仕様）。コロナ以後そういう風潮になっているとは知ってはいたのですが、いざ払うとなるとモヤッとした気分になりました。それだったら席で食べて帰ってもいいじゃんと。
ぶっちゃけ昨日のところでクラフトビール飲んだほうが、、、
16072024 Motreal
知り合いに誘われてBrewskeyにクラフトビールを飲みに行った。
そして今日も映っている。
Day 2 of the #FunctionCOSI and going strong! Protein function prediction is one of the hardest and most important problems in biology today. #ISMB2024 pic.twitter.com/yZVHEoOoQ1
— Iddo Friedberg 💔𐤅𐤉𐤃𐤏 (@iddux) July 14, 2024
14072024 Motreal
時差ボケはましになったのだけど、5時前に目が覚めてしまったので軽く走ってみた。川沿いはランナーが多かったので安心でした。
— kzfm (@fmkz___) July 13, 2024
もともとはモンロイヤル公園ランニングというものを見つけて、走ってみるかなぁと用意してみたのだけどgooglemapで距離を測ったら遠いし、傾斜きつくね？っていうことで躊躇して川沿いランニングに変えたのであった。学会で他社の知り合いにあって、雑談してたら、彼は昨日登ったらしく、良かったとのことなので私も一回行ってみることにしました(21時まで明るいし朝も5時すぎれば明るくなるから活動時間は長い)。一時間弱で山頂？に着いてそこからの写真です。
標高233mなので小高い丘って感じなのだろうけど、かなり多くの人が集まっていました。でもちょっと走るのはきついかなーってことで、やはり残りの滞在期間も川沿いを走ることに決めました。
余談ですが、午後はFunctionのセッションに出ていたので、ここに私も映っているのですが、ウォーリーを探せよりも難問に仕上がっています。
Full house at the talks of the top CAFA5 predictors. #ISMB2024 #FunctionCOSI pic.twitter.com/YSieJM2tZa
— Iddo Friedberg 💔𐤅𐤉𐤃𐤏 (@iddux) July 13, 2024
14072024 chemoinformatics
ちょっとChEMBLを使う必要ができたので、久しぶりに手元のMacbookにインストールしました。最新のバージョンは34です。
バージョンが14と古かったので最新の16を入れた。
brew install postgresql@16 echo 'export PATH="/usr/local/opt/postgresql@16/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc #psqlがない場合 source ~/.zshrc brew services start postgresql@16 brew services list #動いているか確認
動いていたらChEMBLのデータを入れる
createdb chembl_34
pg_restore --no-owner -d chembl_34 chembl_34_postgresql.dmp #30分くらいかかる
これでOK
DBにアクセスするには
psql chembl_34
12072024 Motreal
ISMB2024に参加するためにMontrealに来ました。
そして早速poutineを食べました。
Poutineとは、フライドポテトにチーズを乗せてグレービーソースをかけたものだそうです（私のはフライドチキンをさらにトッピングしてもらいましたが）。チーズはカッテージチーズらしくさっぱりしていたし、グレービーソースもそれほど重くなくこれはなかなか美味しいなと思います。ベースとなるフライドポテト次第かな。