フロンティア分子軌道論(FMO)とフラグメント分子軌道法(FMO)

11月に発表したときに、本書をお薦めされたので買って読んでました(訳者に知り合いがちょいちょい入っている)。

役に立ったのは6章の密度汎関数法と16章の定性的理論です。この2つの賞を読むだけでも20K円の価値はあると思いました。

分子の量子力学的視点は負電荷を持つ電子雲によって囲まれた正電荷を持つ原子核という視点に基づいているが、化学における分子は、いまだに 「結合」によってまとまった「原子」群として定式化されている。

古典力学の枠組みでは説明できない現象を説明するモデルとして量子力学が発展したのに、AI的視点で分子をグラフとして扱いGNNで伝播させるとうまくいくのでは的なアプローチに立つのはどうなんでしょうねぇと思っているので、私的には量子化学的な視点からDL/MLを利用したほうが筋が良いんじゃないかなぁと感じています。まぁきちんと証明しろよってことなのですが、、、

ProductName 計算化学(第3版)
森北出版 / ¥19,800 (2023-03-24)

  • 電子数に対するエネルギーの2階微分はハードネス
  • 局所的な求電子性は、ωと対応するFukui関数を掛けることによって得られる。これらの概念は、HSAB原理における重要な役割を担っている
  • hard-hard相互作用は主に電荷支配で、soft-soft相互作用は軌道支配

FMOで考えてみると

Fragment Molecular Orbitalを活用してSBDDをやっていると、リガンドとタンパク質の結合乖離過程は始状態と終状態の変わらない化学反応と捉えることができることが直感的に理解できるかと思います(実際反応する場合はCovalent inhibitorと呼ばれる特殊な状態かと思います)。

となると、「リガンドとタンパク質の化学反応はHSAB原理においてはなんなのだろう?」という疑問が湧いてきます。FMOではタンパク質をアミノ酸というフラグメントに分解できるから、「各アミノ酸の側鎖はhard-hard相互作用, soft-soft相互作用のどちらを担うのだろうか?」とか、そうなるとHSABルールって大域的ではなくて局所的な概念なのかなぁ?と悩み始めます。

そもそもPIEDAがKitaura-Morokuma AnalysisのFMOへの拡張だからなんかそうなんだろうなぁとは思うんだけど、今度偉い人たちにあったら聞いてみようと思いました。

忘年会シーズンですね

なんとなく、忘年会が続いております。

昨日は部の忘年会で大変楽しく過ごさせていただきました。皆さんの楽しそうな忘年会を見ているとマネジメントも悪くないなと思いました。後は成果をバシバシ出していければ言う事なしですねと。

今日も馬車道忘年会でした。辞めた人とか異動した人が誘ってくれる忘年会もまた感慨深いものがありますね。思い返してみると辞めた人から飲みに誘われることは多いかなと思います。

人と人のつながりのうちのすごーく狭義のつながりが会社という形態なのかなーと私は捉えていて、会社にコミットするより大切なことは他にあるんだろうなぁと漠然と考えた一日でした。

前向き質問をうまく活用しよう

私は論文はめっちゃ批判的に読む派ではありますが、最近の価値観のアップデートの結果、サイエンティフィックな質問は「なんでうまくいかんの? => どうすればうまくいくと思いますか?」のように前向きにしようと心がけてるようになりました。

で、マネジメント≒ヒューマンサイエンスと捉えている私にとっては、マネジメントでも前向き質問を心がけないとあかんよなーと気付かされて、上司が薦めていた本を読んでいます。サイエンティフィックな議論では自分を切り離して議論することは容易なのに、マネジメントというサイエンスの対象が人になると主観的な部分がどうしても入ってくるし色々難しいなぁと感じている今日このごろです。

  • 正しい答えを知っていることと、知ったかぶりと受け取られることは、紙一重だ
  • 両者が批判する人になっているときは、最初に気づいたほうが優位に立つ
  • 質問はつねに人の注意を方向づけている
  • 「学ぶ人」の環境をつくる

会議の生産性をあげよう

会議が多すぎるとか、会議時間が長いとかそういうのをどうにかする施策を上層部に打って欲しいみたいな質問があって、「あほくさ」みたいな顔してたら、ファシリテーターから突然コメント求められてしょうもないコメントしてしまったので、なんかリカバリーしておこうかなぁと思ったけど、そんなことしてもそんな質問する時点で実践できるかどうかわからんしなぁと思ったのでこっちに書いておくことにします。

多すぎる会議を減らすために

「会議に出ない」これに尽きます。具体的にはこのあたりは出ません。

  • アジェンダのない会議には出ない(どうせ何も決まらない)
  • 報告だけの会議には出ない(何も決まらない)
  • 自分がいなくても結論が出る会議には出ない(いなくても決まる)
  • 質問しなくても良い会議も基本出ません。出席したという事実を求められる場合はオンライン参加でカメラオフにして別の仕事をしていることが多いです。

あとは勉強も兼ねてオブザーバーとして参加したい参加させたいっていうのも無駄かなと思います。勉強で参加するならアホな質問でもいいから必ず一つは質問してくださいって思いますね。

会議時間を減らすために

会議は議論から始まって、すべてのアジェンダに結論がついたら時間内であっても即終了するのが理想的なので、できるだけその状態に近づくようには心がけています。

  • 会議は事前に資料を配ってもらうようにして、少なくとも目を通して臨みます。内容が理解できて説明が不要の場合はそのまま議論だけするようにしています(なかなか難しいですが)
  • 非同期の議論(チャットとか)をできるだけしておいて、最後会議で決めないと決まらないもののみ議題としてあげるようには心がけています。
  • 議事録は会議をしながら取るようにしています。最後のラップアップでみんなで確認してフィックスすれば終了なので議事録チェックという余計な時間を減らせますし、すぐに議事録を会議に出てない人と共有できるので生産的だと思います。

コンテンツの粒度が大きくなると会議参加者が理解するためのオーバーヘッドが大きくなるので細かい粒度で会議をすれば良いのだろうけど、そのあたりは難しいなぁと感じています。週2くらいで短いスタンドアップミーティングやるのが効果的かなぁと思ったりしますが。

会議の生産性はみんなで工夫して上げていかないといけないことだよねぇと思っているので受け身の姿勢ではなく楽しみながら試行錯誤してほしいなぁと思っています。

CBI2023に参加しました

参加された方、オーガナイザーの方、裏方の方大変お疲れ様でした。今年はサイトの構成から、プログラムの組み方もより良い方向に変更されて満足度の高い年会になったなぁと個人的に感じました。

  • ハンズオンが充実した
  • year in review (大変良かったのでうちの部署でもやろうと思いました)
  • オフィシャルハッシュタグ (隠れてないtwitterユーザーが少なかった、隠れは多いw)
  • Elix Cafe (美味しいコーヒーは正義)
  • 製薬企業のポスター発表がやたら多かった (うちは今年出してない、、、)

このあたりは良かったなぁと思いました。

一方で、演題がちょっとFMOに偏りすぎに思いましたというか、FMO関連のできの良いポスターは国際学会に出してFMOの国際的な認知度を上げればいいのにと思いました。

まぁそんな感じで来年は私もなにかポスターを出さないとあかんなぁという気持ちになりました。

導入の部署へのリソース投入ってi.v.みたいなもんじゃないのかね?って昔から思っている

みたいな話を書こうとおもっていたのだけどうまくまとまりきらないので駄文のまま(いつも駄文だけどw)

研究者の知識なんて研究から離れた瞬間から指数関数的に衰えていくので、トラフの部分がいわゆる「目利き力」になるのだと思います。むちゃくちゃ優秀だったり1を聞いて10を理解できるような人は下げ止まったとしても現役の優秀層くらいのレベルでサイエンス語れるので、導入ビジネスに舵を切ったとしても問題ないのかもしれないけど。

そして、導入の部署に人材投入するためには、そういう人材を排出するためのファンクションである研究体制が必要だから導入ビジネスのためには研究所が必須なんじゃないのかねぇと思っている。

なので、自社創薬なしで導入一本で勝負するのは持続可能性に問題を抱えているんじゃないのかなぁと。

CBI2023でケモインフォマティクスハンズオンを開催しました

参加された方、スタッフの方お疲れ様でした。多少のトラブルはありましたが無事に終わってよかったです。

リハで出てきたイシューは潰せたのですが、本番で3つほど出てきましたので、イシューをクローズするとこまでがハンズオンということであとで直しておきます。

余談ですが、今回ポスターざっと眺めた感じでは企業からのポスター投稿が増えているようでした。うちの会社からは今年は一つも出してないので来年はいくつか出さないといけないなと。

送別会は研究者人生の集大成

上司が退職をするということで、(彼の古巣である)部のみなさんと一緒に送別会を行いました。わりと「古き良き時代の」というか昭和ノスタルジック全開のマネジメントスタイルの方でしたのでどうなるもんかなぁと思いましたが、たいへん盛り上がって良い会だったなぁと。上司を気持ちよく送り出せたかなと思います。

私自身は転職組で今の会社は7年目くらいなんで、上司とはまぁマネジメントからの付き合いでほぼ半分を部下として過ごしてきたことになります。良くも悪くも人間味あふれるマネジメントスタイルだったなぁと思いますし、それが送別会に表れていたのかなぁと感じました。

で、振り返ってみるに、自分が上司と同じ状況になったときにどうなるんだろう?と。

というようなことを楽しみにしながらマネジメントしようと思いました。

頑張るしかないしね、、、

ハンズオンのリハをやりました。

来週のCBI年会でハンズオンをやるのですが、一回リハーサルやっとかないと不安だよねーってことで。

結果、大体の時間感覚も分かったし、潰さなきゃいけないイシューも10くらい挙がったので、やって大変良かったということになります。本番で慌てないようにしっかり準備してのぞめることでしょう。

当然懇親会までがリハーサルなので、最後は楽しくビールで。

それでは来週は楽しみましょう。

Mishima.syk #20 やります。

気づいたら10年経っていました。見返してみると、その当時の先端の話題で毎回キャッキャウフフできていたと思います。こんなに続くとわかっていたら、毎回懇親会とかでちゃんと全体写真を撮っていたよ、、、

今回私はネタに走るか、真面目な話をするのか決めていませんが、自分が最高に楽しめるプレゼンをしたいかなと思っています。

というわけで、11/11は皆さんで楽しみましょう!