透過度設定ができる。

AvogadroからWinGamess実行できるようにならんかな。

0.10がリリースされたそう。

Main Page - Avogadro

Avogadro is an advanced molecular editor designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible rendering and a powerful plugin architecture.

openbabelの構造最適化できるし、gamessのインプット吐けるのも素晴らしい。

今後が楽しみ。

Open Babelが2.1にあがっていた。changelogを見てたら、MMベースの構造立ち上げが実装されていたが、どうも最近のことらしい。

というわけで、obminimizeというコマンドを使うと構造を立ち上げることができて、その後、mopacでちょこっと構造最適化をやってから、PyQuanteでエネルギー求めるとかいう事がLLでやれるようになるのでいい感じ。

Planet ChemoinformaticsにTripos' Scientific Weblogを追加。

Tripos侮れん。

ってblogの存在知らなかったヨ。あとでアーカイブもチェックしよう。

Wiiリモコンを使ってPyMOLをLet's Note R4上で動かしてみたのでXactiで撮ってみた。

Bluetooth USBアダプタは安いやつってことでBT-Mini2EDRを選択。

PLANEX Bluetooth2.0+EDR対応USBアダプタ BT-Mini2EDR

プラネックス / ?円 ( 2006-11-30 )

パソコンにリモコンを認識させたら、WiinRemoteでWiiリモコンをマウスとして操作。

結局、傾きとボタンの組み合わせで回転したりズームしたりしてるだけだけなので、思い通りに動かすのにちょっと苦労するんだけど、出来合いのものをチョロッと動かして見せるようなプレゼンのときにはいいかもしれん。

今のところマウスの方が圧倒的に操作性がいいんだけど、センサーバーを使ってきちんとイベントをアサインすれば、Wiiで遊んでいるようなような操作感が得られて、いい感じのデバイスになるような気はする。

こういうデバイスが使えるようになるとViewerのほうも調子のいいものが求められるようになっていく気がする。

例えば、遠くから眺めてるときは、リガンド-サーフェース(タンパク質)として表現されていて、ズームしていってアクティブサイト近くになるとAtom-Atomのスティック表現になったりとか、さらに、置換基-アミノ酸のレベルまでズームすると軌道とかで表現したりとかシームレスに切り替わる(google mapsみたいに)ような。

そんなViewer欲しい。

プロジェクトである限りデスマーチは必ず存在するわけで、ソフトウェア業界だけでなく創薬シーンにもデスマーチはもちろん存在する(そういう呼び方をするヒトが少ないだけで)

で、久々にデスマーチの強烈な香りがしたので、忙しく動きまわって足掻いてみたけど、、、、

デスマーチ

こうやって比喩的に書けば、「勇気をもっていったん立ち止まり、進むべき方 向を見定めて方向転換すればいいのだ」と簡単に言えるでしょう。しかし実際 にはこれはなかなか難しいことです。「いったん立ち止まる」とは、締切が差 し迫ったプロジェクトで開発をストップすることですし、方向転換とは今まで 進んだ分を放り出して違う方向へ進むことだからです。常に後から追い立てら れている状況でそれができるでしょうか？なかなかできることではありません。

むーーーな感じ。というか尽きた。

デスマーチ 第2版 ソフトウエア開発プロジェクトはなぜ混乱するのか
エドワード・ヨードン
日経BP社 / 2310円 ( 2006-05-03 )

デスマーチ

＊＊＊＊も、しばしば洗脳されることがあります。＊＊＊＊は何日も 徹夜同然で、しばしば会社に泊まり込んで仕事をします。会社は「不夜城」と 呼ばれ、＊＊＊＊は「企業戦士」であるという自覚が育ってきます。文字通り 「戦士」なのです。この連帯感はまさに軍隊のそれです。なぜこんな生活を続けられるのかというと、彼らは戦士であり、戦士は通常の市民とは違うからで す。＊＊＊＊は戦士でなくては勤まらないからであり、逆に戦士であることを誇りに思っています。

ロジックとか無視して突き進めるっていう感覚が凄いと思うヨ。

忘れてたのでPlanet Chemoinformaticsに追加した。

下の2報がなかなか良くまとまっていた。

Chemistry Central Journal | Full text | Open access and open source in chemistry

Several proprietary drawing packages are widely used, but open source alternatives exist. For example, free chemical drawing tools that are in development include Bkchem [27], and JchemPaint [28]. Sophisticated tools exist for viewing molecules in three dimensions conveniently in web pages, such as Jmol [29]. A related product, MDLChime, is free to use but not open source [30]. A directory of open source chemistry projects may be found at the Open Science Project [31]. The Blue Obelisk movement seeks to ensure interoperability in these applications by maintaining a set of open standards and, amongst other things, maintaining a list of algorithm specifications in chemoinformatics [32,33]. Related tools of relevance to drug design are discussed elsewhere [34,35].

Chemistry Central Journal | Full text | Open access and medicinal chemistry

medicinal chemist's toolbox has expanded over the years to include, high-throughput screening, computer-aided design, X-ray crystallography, target protein mutagenesis, combinatorial and automated chemistry, QSAR, chemical property calculations, computational data analysis, high-throughput ADME assays. All of which would be suitable topics for the new Medicinal Chemistry section of the Chemistry Central Journal.

ここまで幅広いと、Medicinal Chemistrytはケミストリーってつくけど化学の領域じゃないよな。

DS Visualizerが使えるそうなので家で動かしてみている。

アクセルリス株式会社　DS Visualizer　ダウンロード

Windows、Linuxで使用できる分子描画ツール 「DS Visualizer」を無料配布

アクセルリスは、タンパク質、低分子化合物等の3Dビジュアライゼーションツールとして、DS Visualizerを無償で配布いたします。

DS Visualizerは、新しく開発された分子モデリングツールであるDiscoveryStudioの描画部分を取り出したものであり、以下の描画機能を備えております。

ちょっと描画のクオリティがpymolに及ばないのがアレなのと、まだちょっと不安定な感じ（たまに落っこちる）。しかしながら、タンパク質(シーケンスつき)とか低分子化合物の立体構造のモデリング用のviewerを個人がフリーで使える状況になったというのはかなり大きいと思うヨ。

あとはActiveXで制御できるのでjavascriptのシェルから対話的にいじれるか試す。

Radial clustergramsっていうクラスタリングの結果を円の形にして視覚的に分かりやすくするっていう論文があって、Anti-Grain Geometryというツールキットを使って実装されてるそうで、かなり綺麗に描けるみたい。

おーこれいいナァと思ってたら意外なところで似たような視覚化を見つけた。

du_scanner - miau's blog?

HDD が一杯になってどのファイルが容量を食ってるか確認したくなった時、私は Scanner というソフトを使います。

ハードディスクの使用状況を視覚的に確認できる「Scanner」v2.1

マインドマップ的な理屈（下の階層ほど外周部に表示される）で、情報が効率よく収まっているので気に入っているわけですが。

Perlのスクリプトも公開されているので、これを使えば、Radial clustergramsと似たようなことはできそうな気がする。

というわけで、GDでも使ってやってみるかなと思ったんだが、GDあんま綺麗じゃないし。AGGみたいな綺麗な描画ライブラリはないものかと脱線して描画ライブラリ探しに夢中になってた。

• Anti-Grain Geometry
• さすがに綺麗、でもc++用、swig使ってperlバインディングとか用意できるのだろうか?わからん。
• Cairo
• なかなかヨサゲ。Vector Graphics Libraryなのでかなり綺麗。
• Matplotlib
• pythonだったらこれかな。対話的にいじれるので調子いい。

それにしても、Matplotlib便利そうだ。あとでExamples 眺めてみよう。

Journal of Statistical Softwareでかなり面白い特集が。しかも読めるし。

chemoinformaticsの読み物としても結構楽しめる。plsとか丁寧に説明してある。特にChemical Informatics Functionality in Rなどがお奨め。RCDKで記述子結構発生させられるのね。ちょっと心惹かれるかも。

あとはModel-based Methods of Classification: Using the mclust Software in Chemometricsがいまいち理解できなかったのであとでちゃんと考えてみる。うまくあてはまるモデルを選択するだけなんだろうか?

アレイの論文でも探して読めばイメージしやすいような気がしてるけど。

とりあえず検索してみた。