DS Visualizerが使えるそうなので家で動かしてみている。

アクセルリス株式会社　DS Visualizer　ダウンロード

Windows、Linuxで使用できる分子描画ツール 「DS Visualizer」を無料配布

アクセルリスは、タンパク質、低分子化合物等の3Dビジュアライゼーションツールとして、DS Visualizerを無償で配布いたします。

DS Visualizerは、新しく開発された分子モデリングツールであるDiscoveryStudioの描画部分を取り出したものであり、以下の描画機能を備えております。

ちょっと描画のクオリティがpymolに及ばないのがアレなのと、まだちょっと不安定な感じ（たまに落っこちる）。しかしながら、タンパク質(シーケンスつき)とか低分子化合物の立体構造のモデリング用のviewerを個人がフリーで使える状況になったというのはかなり大きいと思うヨ。

あとはActiveXで制御できるのでjavascriptのシェルから対話的にいじれるか試す。