細胞の分子生物学 第7章

遺伝子発現調節

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Bruce Alberts
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major grooveとminor grooveは「あ、そうか」となった。となると配列からmajorかminorか判別できるってこと?

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それからmiRNAに関してもなんとなく理解した。3'UTRか、、、うまいことやるんだな。

細胞の分子生物学 第6章

転写、翻訳、そして分解

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昔からTBPってよくわからんわと思っていたのだけど、構造見たらなるほどねーと思った。それにしてもTATAだからベンドするのだろうか?

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それからエクソンってオーソログ間でかなり保存されていて(だから、配列アライメントでエクソンイントロン境界を決定するのが簡単)、昔はヒトのcDNAからマウスのオーソログをデータベースから探してきてプライマー設計、KOマウス作成のしごとをよく手伝っていたんだけど、あれって文字列操作ばっかりで、なんとなくリアリティがなかったのだけど、snRNPの構造結構解かれていておもしろそう。あとで論文追いかけてみよう。

細胞の分子生物学 第5章

DNA修復

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TOPIIは私が初めて関わったSBDDプロジェクトなので興味深い対象だ。そして生物学の描像って結構物理学とか無視したいい加減なもんなんだなーと思った最初のターゲットである。

以下はその当時のTOPIIのメカニズムの説明として全く同じものであるが、「こんなハサミみたいにパカパカ開くメカニズムだったらヒンジの部分固くないといけないしエネルギーももっといるし無駄遣いやん」と思っていた。

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その当時は1BGWしか知られていなかったのと、割と単純な対象な阻害剤と変異株の実験から同定された作用部位(ヒンジのとこ)から構造的なメカニズムを調べるということをやっていた。

あーでもないこーでもないと悩んだ結果ねじれる感じで切断するんではという結論に至った。それなら阻害剤がワークする理由もきちんと説明できるし。

が、SARがスティープ過ぎてちょっと置換基入れると阻害活性消失するという状態で、プロジェクトはまもなく中止になったのだけど、そのあとDNAとの複合体が解かれて、「私の予想で合ってるじゃん」と嬉しくなったのであった。

細胞の分子生物学 第4章

DNAの章

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ヒストンコード仮説とATAC-seqが面白いかなと。

細胞の分子生物学 第3章

タンパク質の章

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生物学の説明一般に言えるんだけど、抽象的すぎてよくわからんことが多い。

例えばリン酸基についても2章で述べられているように水溶液中ではイオン結合や水素結合力って急激に減衰するはずなのに、リン酸基が溶媒側の残基に付加することでコンフォメーション変化が起こるとかそういう説明に持っていくのに違和感がある。「リン酸基は2価の陰イオンだから違うんやで」っていう理屈でもいいんだけど、その場合はどのくらいのエネルギー変化が期待できるとかそういう説明ほしかった。

あとちょっとの変化がとか書いてあるけど、ダイナミズムに対してどうなんかな?という疑問はつきまとってしまう。

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LYSとメチル化が相性いいのはここで理解したからいいけど、アセチル化ってどういうエネルギー成分が支配的になってくるのか興味がある。

構造探すか。

細胞の分子生物学 第2章

生物はどれも化学反応系にすぎない

化学反応の章だったのでほぼ理解していた。さくさく読み進んだ。

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これの出典が知りたかったがわからなかった。FMOのES項をどれくらい補正すればいいのか知りたかったのだが

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細胞の分子生物学 第1章

細胞の分子生物学を書い直した。最新版の必要性は特に感じないので、コスパの良い第5版の中古にした。

昔は第3版を買って勉強したように思う、といっても流し読みだったが。

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真鯛というそのまんまの居酒屋で忘年会

兼務しているほうのユニットで忘年会があった。兼務になってそろそろ一年なんで今年は早かったなーと感じた。 bioinformatics関連でも来年はなにか面白い仕事をして学会発表したいですね。

真鯛のカルパッチョ

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真鯛のしゃぶしゃぶ

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真鯛の唐揚げ

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鯛茶漬け

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分生で買った本

@oec014に私に丁度いいのでは?と言われたので、ブックコーナーでちらっと中身を読んでamazonでポチった。

それから相分離関係

DRY解析教本 改訂第2版は予約してあるからそのうち届くでしょう

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清水厚志
学研メディカル秀潤社 / 6160円 ( 2019-12-14 )


分生四日目

朝は粥

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分子生物学会というなのお食事会も最終日

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昼は海鳴でラーメン。たしかにここは美味しかった。博多滞在中結局2杯しか食べられなかったので 今度はラーメン詣でにいこうかな。

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デイトスの酒屋の角打ちでスタバったら当たりをひいて一杯サービスになった。

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このまま帰るとただ酒になってしまうので、みやざきのひでじビールを頂いた。

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新幹線の中では先程の酒屋で購入した三井の寿をちまちまやった。新幹線で飲まないと立派なHaskellerにはなれない。 すくなくとも静岡では一人前のHaskellerとしては認められない。

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