今の会社6年目に突入

今の会社に転職して今日から6年目です。ちなみにバイオインフォのチームを引き継いで1年くらい経ちました。

先日社内の大きな会議でバイオインフォの成果発表をしたのですが、1年半前に前任者がかかげた「知のめぐりのよいファーマを目指して」というスローガンをうまく引き継いだ成果を幾つも出せたかなと思ってます。まぁ資料作るのに非常に難儀して、土日を2度ほどぶっ潰してしまったのだけど、良いtakeawayが残せたと満足しています。余談ですが、社長も聞いてるプレゼンでアニメ(スラムダンク)ネタをぶっこんだのは私くらいのものでしょう( ー`дー´)キリッ

その反動もあって先週末は抜け殻と化していたのですが、東富士山荘でキノコ鍋を食べることは忘れずに実行しました。ちなみに、上にのっている白いのは松茸スライスです。今年は11/3に小屋を閉めるそうなのでギリギリセーフでした。

振り返ってみると、1年前にバイオインフォチームを引き受けたときには、「重いわー」と思ったのですが、この一年の成果としては十分なものが出せたかなと。あとは人に恵まれているなぁとは改めて感じました。

最後に「知のめぐり〜」の元ネタは@bonohuなのですが、知とひとのつながりはめぐっていくものなんだなぁと最近強く感じるようになりました(意味深)。

今年も頑張っていい成果を出せるといいなぁ。

個別化医療を目指した臨床開発

ドンピシャでした。

コンパニオン診断薬は思ったより難しくて、これ初期探索側からのアプローチでなんとかなるの?リバーストランスレーショナルリサーチをうまく組み合わせないといけないのかなぁと、お悩みが更に増えたのであった。

AF2に関する現在の私見

このあたりは読んでおくべし

結局のところ、モデラ―(職人)が丹精込めて編み出したホモロジーモデルと比べてどうよっていうか、リガンド結合サイト周りは人が丁寧につくったほうが高品質じゃないか?という。ホモロジーモデリングがよくわかってない人にとっては、簡単に予測構造が入手できるという利点はあるようだけど、立体構造予測に昔からまじめに取り組んできた人にとっては手間がほんの少しだけ削減されるだけの気がします。

End-to-endの技術はすごそうに見えるけど、それはその結果を応用してこそかなぁとちょっと思っています。AF2は物理化学的な知見は何も入れてないからPDBに登録されそうな構造を高品質に予測するだけっていう(ここはちょっと自分の認識が間違っているかもしれないが、ペーパーざっと見たところそう感じた)。

このあたりは化合物ジェネレータと一緒で,一つのツールとしてどう活用できるかを考えるのが重要で、化合物ジェネレータが「なぜその化合物を提案したのか?」と考えるのは無意味です。GANによる画像生成もまったく同じで、画像生成モデルでは静止画は高品質なものが生成できるのだけど、あの仕組みで動画を生成させるとダメダメなノイズになるとPFNの人が何年か前のIBISで基調講演してました。そういう意味ではああいうのに意味を求めてはいけないのかもしれません。

そうだったのか!臨床試験のしくみと実務

なんとなく買ってみたけど、初学者向けのわかりやすい本だった。

このあたりが知りたかったのでちょっと物足りなかった。

今後シングルセル解析がある程度進むと、患者さんの層別化のバイオマーカーとか出てくると思うのだけど、実際の臨床でどう活かすかとか臨床開発への組み込み方とかそのあたりの具体例とかが知りたかったんですよね。

Reviewでもいいのでなんか良さげな読み物があったら教えてもらえると助かります。

エッセンシャル 構造生物学 (KS生命科学専門書)

RNAの構造解析についてちょっと知りたかったので買ってみたが、読みやすかった。入門書としてよい。

RNAを標的とした低分子化合物の最適化にRNA低分子複合体の結晶構造ってどのくらい使えるのかなぁと。GPCRよりはやりやすいのかなぁと思うのだけど。

Mishima.syk #17 やりました

Mishima.syk #17に参加された皆様お疲れさまでした。

今回は2回目のオンライン開催だったので、準備に関してはちょっと慣れたしDiscordの使い方もうまくなったと思います。今回は前半はサイエンス寄りの話で後半はネタトークという構成になったのですが、今回も幅広い話題でかなり楽しめました。ただ、Discord使うとTwitterにログが残らないのはちょっとどうしようもないですね。

今回参加された方も次回は5分程度の短めのトークでよいのでなにか話すと良いかと思います。なにか得られるものがあるかもしれません。

  • einsum便利そう
  • gene2pubmedを使ってみないといけない
  • 高性能なマシンが欲しくなった(定期)

ちなみに自分の発表の元ネタとして採用した聖女の魔力は万能ですはだれも見てないのでは疑惑が浮上したので、次回はもう少し考えてチョイスしないといけないなぁというのが反省点かな。

それからもっと手を動かす時間を確保しないといけないなぁと。

LLPS and DDS

先週はCBIの「液-液相分離(LLPS)と創薬」というセミナーを聞いてました。

感想としては「創薬との距離感相当ありますなぁ」という感じでした。完全に'Key and Lock'のコンセプトから外れてるし、天然変性タンパク質にこのコンセプトで干渉しようとするのもかなりハードル高そうに感じました。

どちらかというと、DDSの手法を用いて治療コンセプトを証明していくような方が自然なのかなぁと。オルガネラターゲティングとかの細胞内の局在コントロールみたいな。

ProductName 相分離生物学
東京化学同人 / ¥3,520 (2019-08-02)

なんとなくこれから求められていく治療コンセプトが、もっと上手に生体をハックしていく方向にシフトしていくのかなぁと。そうなってくると、分子生物学の知識がますます求められていくのだけど、それを理解するためには物理化学、化学も精通してないといけないという(LLPSなんて化学だしねぇ、でも解いているのは生物の問題という)。

ハードモードに突入するんでしょうかね?

エンドサイトーシスがよくわからない

13章を再読していた。

ProductName 細胞の分子生物学
ニュートンプレス / ¥19,800 (2010-01T)

肉じゃがとモダリティと私

いつもの産直詣でをしたところ、ちょうど出始めの新じゃがいもが手に入ったので肉じゃがを作ってみた。

作り方は至って簡単で、

新じゃがと豚バラを塊のまま蒸し器に放り込んで1時間以上放置。その後適当にザクザク切って片栗粉でとろみをつけただし醤油餡を回しかける

この肉じゃがの作り方の気に入っているところはオーソドックスな煮るタイプの肉じゃがと異なり、蒸していることつまり単に具材でなく調理プロセスという枠組みを再解釈しているところだ。

で、モダリティの話。

昨今のモダリティの議論は低分子から高分子といった具材に限定しているように思う。要するに「牛肉を豚肉に変えてみた」とか「砂糖の代わりにスプライトを入れてみました(これはこれで美味いw)」とか。

本当のモダリティとか、イノベーションっていうのはやっぱり枠組みを再考することでしか生まれないんじゃないかなぁと思いつつ肉じゃがを頂いたのであった。

ProductName 小山裕久の日本料理で晩ごはん
朝日新聞社 / ¥51 (2001-10T)

getGEOで取得した後、不要なサンプルを除去する

とりあえず、ノーマライズされたデータをサクサク再解釈できればいいので、getGEOから。これでとってきたデータに不適切なサンプルが混じったりすることがあるので、最初にサクッと除きたい

gse <- getGEO("GSE138458")
removes <- c("GSM4109031", "GSM4109192", "GSM4109193", "GSM4109194", "GSM4109223", "GSM4109271")
gse <- gse[,-which (colnames(gse) %in% removes)]

とやれば綺麗なデータセットになり嬉しい。