昔作ったコードが気に入らなかったので書き直したら、そこそこ動くようになったので、Chemicho-0.01.tar.gzとしてダウンロードできるようにしておいた。これはPerlMolを使って実装された化合物にランダムに変異を入れていくツールで、例えば、H2Lでヒット化合物に修飾を軽く加えてみたりとかしてくれる、ケミストチックな小人さんに育つことを期待してるわけだ。

• AddCarbon(メチル基付加)
• Aromatize(ジエンを芳香環化)
• DeAromatize(芳香環をジエン化)
• DecreaseBondOrder(結合次数を減らす)
• GenerateRing(環化)
• Halogenize(メチルをハロゲンに)
• IncreaseBondOrder(結合次数を増やす)

設定はYAMLで。

Generationは世代数で、cycleは世代で生成される化合物の数。ちなみに第0世代は親。例えばcycle3で第三世代まで発生させると3^3で27化合物で4世代目には3^4で81化合物できる。ランダムな置換の頻度はweightで変えられるようになってる。

reactionはSMARTS使ってこんな感じで反応させてる。

いまんとこ、変異用のモジュールが少ないのでバリエーションが少ないのだけど、これから増やす予定。あと、cycle間で重複を許しているのでこの部分は改善する。

TODO

• コンバーター作成
• c1ccccc1 をc1cscc1に変える
• 極性基の導入、削除
• エステル化
• 芳香環に極性基の導入
• その他
• 重複チェック
• オブジェクトをsmilesにしてsqliteで管理する
• QSAR的なツールと絡めて、変異の頻度を自由に変えられるように。（例えばclogpがでかくなったら極性導入の頻度を高くしたり、MWTが大きくなりすぎたら、大胆に削るとか）
• wikiかなんかにちゃんとしたドキュメントとか書く。