prompt_toolkit がアツいというエントリを見かけて、おーアツい！と色々見てたらptpythonなるものを見つけた。

EmacsではJedi.elつかってるし、いいかもと思ったけど、職場の開発マシンは非力でもっさりしていたが家のmacbook airでは快適だった。

ipythonとの使い分けどうすればいいのだろうかと思った。

知らないお店とかあったので割と楽しかった。でも静岡-浜松のほうの西部のお店が多めな気がした。

杯が満ちるまで―しずおか地酒手習帳
鈴木 真弓
静岡新聞社 / 1728円 ( 2015-10 )

いつもは富士宮に野菜を買いに行くだけど、伊豆方面の産直に行くとわさび関係が出回っている。

伊豆の季多楽で買ったわさびの芽を三杯酢に漬けた

週末に沼津内浦の日曜市に寄ったらわさびの花が売っていたので。おひたしにするといいらしい。ただし、茹で過ぎるとわさびの辛味が飛ぶので注意（三杯酢も同様）

白隠正宗の富士山の日朝搾り

今年も美味しいものを求めて彷徨いたい

色々勉強になり充実した二日間でした。皆様お疲れ様でした。

こういう立場のヒトもいるってことで参加に至った背景(+α)をちょっと書いておきますね。

僕自身は完全にドライな立場のバイオ(ケモ)インフォマティシャンで、手火山式やでってくらいカッチカチの乾燥タイプです。そして、 うちの職場にはウェットなNGSの人材（普通のマイクロアレイとかDNAチップを扱う人材も）はいません（重要）。

じゃぁ、なんでNGSのデータ解析すんの？っていうことになるんですが、僕は企画調査的な立場で公共のデータをゴニョゴニョしたりする必要がたまにあるんだけど、最近NGSのデータって増えてきているわけです。公共データの使い方を知らなければ「分からない☆」と無知で通せるので幸せなんですが、流石にそれは自分のキャリアを考える上でよろしくないわけです。で、年末にちょっとそういった仕事が入ってきたので、いいタイミングだなぁと年始にDRY本を読んでいたんですがところどころ実験を理解していないとわからないようなところがあって消化不良だったところにハンズオンが丁度開催されたので参加したわけです。

次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊)

学研メディカル秀潤社 / 5832円 ( 2015-10-15 )

具体的にはQCのところだったんですが、実際に実験やっている人だったら機械や手法にどういう癖があって、だからこういうあたりに注意してQCするとかそういうことを意識しながらトリミングしたりするんでしょうが、そこら辺の間隔が分からなかったので参加して非常に勉強になりました。それからウェットの参加者の割合が比較高かったせいか講師の方が「実験やっている方ならわかると思いますが」っていうあたりは押さえておくべきことがらなんだろうなとメモった。

それから、基本的に発現解析だけ押さえておけばいいかなと思っていたんだが、やはりChIP-seqも勉強しとかなあかんかなと思った。推薦されていたのはこの本だったかな？

次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY

羊土社 / 5940円 ( 2014-08-23 )

あと　DAVIDを知ることができたのが良かった。あれは便利そう。他にはMetascapeも良いらしいく、調査が捗る感ある。

• DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 2012
• DAVIDの使い方 実践編

最後にハンズオンやっていてちょっと気になったあたりをメモっておきます。

Pipe(|)

隣のヒトにPipeを使ったコマンドの意味を聞かれたのだけど、unix初心者にパイプって馴染み薄いよなと思った。level2で

find * | grep gtf

みたいな記述がいくつかみられるんだけど

find . -name '*.gtf'

のほうがわかりやすいかも

R関係

• p.117のextdataPathをpasteする必要はないと思う
• p.118はsend <- csDendro(my.genes)とするべき

ダウンロード関係

p.105でebiにwgetするという記述があって、年始に写経した時にこの部分で結局3日取られてデータ取得もDRY本のネックやなと感じたけど、これはよく考えたら（考えなくてもｗ）DDBJからダウンロードするべきで、DRA Searchにアクセッション番号を入れて検索すればいいとのこと。

ただ、これはちょっとステップを踏むのでスクリプトを書いてみた。

wget `python draget.py ERR266338`

こんな感じでデータが取れる

お食事

たまに僕のタイムラインに握りの盛り合わせが投稿されるｗ もろこしずしで地魚丼を食べた。寒すぎて握りの気分ではなかったので次回はおまかせにぎり8貫で攻めたい

二日目の帰りにはつこでちょっと引っ掛けるかと思い寄ってみたが休みだった。facebookで告知して欲しいところ。

その後やごみも振られて、蕎麦宗は休日だし、濃いものは嫌だとダラダラと駅に向かったら香香についてしまったｗ

ピータンと砂肝の唐揚げをつまんで帰った。

今まではMMPはIDのペアと活性値の差分だけ持っていれば良かったので適当なスキーマのデータベースに放り込んでいたんだけど、Monitoring the Progression of Structure–Activity Relationship Information during Lead Optimizationというアッツい論文を読んでから、うちでもMMSとかSARM_disc_scoreとか出したいと思っていたが、やる気が無いので放置していた。

最近データベースを作りなおす機会があったので構造も新しく考えてみた。

MMPはCore(共通骨格)とペアのそれぞれのフラグメントに分けられるのでone-to-manyで割とシンプルにかけるんだけど、それぞれのFragmentからのbackrefをmmpsにしちゃうとエラーが出るので変なナンバリングしないといけなかった。

from sqlalchemy import Column, String, DateTime, Float, Integer, ForeignKey
from sqlalchemy.orm import relationship
from MMP.database import Base

class MMP(Base):
    __tablename__ = "mmps"
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    core_id = Column(Integer, ForeignKey('cores.id'))
    fragment1_id = Column(Integer, ForeignKey('fragments.id'))
    fragment2_id = Column(Integer, ForeignKey('fragments.id'))
    activity_id = Column(Integer, ForeignKey('activities.id'))
    compound1_id = Column(String(6))
    compound2_id = Column(String(6))
    fragment1 = relationship("Fragment", foreign_keys='MMP.fragment1_id', backref="mmps1")
    fragment2 = relationship("Fragment", foreign_keys='MMP.fragment2_id', backref="mmps2")

    def __init__(self, **kargs):
        self.compound1_id = kargs["compound1_id"]
        self.compound2_id = kargs["compound2_id"]

    @property
    def mmp_id(self):
        return "{}-{}".format(self.compound1_id, self.compund2_id)

class Core(Base):
    __tablename__ = "cores"
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    mmps = relationship("MMP", uselist=True, backref="core")
    smiles_string = Column(String(255), unique=True)

    def __init__(self, **kargs):
        self.smiles_string = kargs["smi"]

class Fragment(Base):
    __tablename__ = "fragments"
    id = Column(Integer, primary_key=True)
    smiles_string = Column(String(255), unique=True)

    def __init__(self, **kargs):
        self.smiles_string = kargs["smi"]

実際のデータはMMPクラスと活性クラスをひも付けてあるのでSARM_disc_scoreとかMMSの抽出とか簡単になるはず。

数週間前にイズシカを求めてうろついたわけだが、日曜定休のところばかりで結局買えずじまいだった。

ブランド化させようとしている割には（観光客の多い）日曜日に買いにくいってのは如何なものかと思うわけだ。あと定休日くらい記載しとけっての。さらに住所だけだとわかりにくいんじゃ。

というわけで恨みも込めて地図化しといた。

流石に食べさせるところに関してはまともだな。

でも、僕は自分で調理してみたいんじゃ。

尚、イズシカのパテなら御殿場の渡辺ハム工房で買えるはず

そもそも僕のNexus7のタッチパッドの反応悪いという状況で先程から神月かりんでも運極にするかなとモンスト（アテナ、ヤマタケX3）してたら、三回連続でDWで焼かれてスーッと冷めた。

ゲージミスとかだったらわかるんだけど、制御が効かなくて何もないところでジュッジュを三回繰り返したら、理不尽冷めしたｗ

気持ちいいくらいモンストをやる気が無くなったｗ　ログインボーナスは気が向いたらでいいわって感じ。

というわけで将棋ウォーズでも再開しようかな。あとはブログも書きたい内容沢山有るので少しずつ更新頻度を上げていこう

ここ一ヶ月程の出来事をまとめておく。

年明けに大山で大麺を食べたら胃がもたれた。娘も息子もこのレベルのラーメンを9割程度は食べるので怖い。

金柑を煮た。　種を取るのが手間ですね。次回はちょっと躊躇すると思うｗ

赤羽のおでん屋さんで。お酒をある程度飲むとおでん汁で割ってもらえる。 日本酒のおでんスープ割り ☆ 赤羽は昼飲み多い見たいなイメージだったけど、お店は思ったほど少なかった。浅草とか大井町のほうがうろついて楽しいのではなかろうか。でもスーパーホテルの目の前にいい感じの酒屋があるので赤羽スーパーホテルはポイント高い。 亀戸もはせがわの本店近いから外せないけどね

2月に入ってから大山リベンジ。大麺はもたれるので、もたれない系の白しぐれ（だったかな）を食べた。これは美味い。

僕が静岡に引っ越してきた当時（15年くらい前）に今のやくみやに、あまからやというカレーとスパイシーラーメンを出すお店があったのだけど、あっちこっち移転して最後に消えてしまったのだが、去年の秋から伊豆で再オープンしているので行ってきた。

もう一つの目当てであったイズシカを扱っているお店は日曜休みのところが多くて（または普通の精肉店）振られたのでまたリベンジしたいところ。

その時買ったわさびの葉を三杯酢に漬けて酒の肴にしている。これは激ウマですね。

湊かなえはザラザラ感を出すのが得意なのかな？

告白 (双葉文庫) (双葉文庫 み 21-1)
湊 かなえ
双葉社 / 669円 ( 2010-04-08 )

安定しているパーティーをすぐに忘れてスタミナを無駄にするのでメモっておく。（随時更新予定）

阿修羅

神化上杉、神化関羽、神化ルシファー、神化沖田

イザナミ

フレアオーディン、ぬらりひょん、ナポレオン（娘）、ヴェルダンディ（息子）

イザナギ

神化ルシファー、ツクヨミ、ぬらりひょんX、フレアオーディン

ヴィシュヌ

紀伊、紀伊、ツクヨミ、神化ルシファー

エビルインライト

ダークドラゴン（運枠）、神化ゴースト（運枠）、神化ルシファー、神化アーサー

沖田

ルシファーx2だとちょっとグダったのでアンチ重力一つ入れたほうが楽かも。この構成だと安定はするけどスピクリはできない

滝夜叉姫（運枠）x2、神化ルシファー 神化アーサー

かまいたち

ルシファーはイザナギに変えてもいいかも

滝夜叉姫（運枠）x2、神化ルシファー x2

クシナダ

イザナミ3、神化ルシファー（または進化アスタロト）

クリシュナ

紀伊、紀伊、アンデッドドラゴン、（何でも）

座敷童子

神化ルシファー、神化上杉、神化ジークフリート、進化アラジン

ジライヤ

神化ルシファー、進化ヴィシャス、進化張飛、進化ドラえもん

スルト

• （運枠）ダークドラゴン、神化上杉、大黒天x2

ダークドラゴンx2、大黒天x2でいくと最終面の攻撃を凌げなくて辛いので最終面は上杉のSSで主要な敵を止めると確実。

というわけで、サクサク進めないで最終面で上杉から始まりつつSSも溜まっているようにのんびりすすめるのがいい。

平清盛

hikakinx2だとグダるので。運枠はギガマンティスのほうがいいのだろうけど

• （運枠）hikakin、茨木童子、　ダークギムレット、　クシナダ

ダ・ヴィンチ

イザナギx3でもいいかと思うけど貫通一体入れたほうが楽な気がする。イザナギのSSを最終で使えばほぼ削れる

神化ルシファー、イザナギ、イザナギ、神化滝夜叉姫

ぬらりひょん

hikakinが運枠だと友情コンボがいまいちでグダる。神化ルシファーx2でも重力バリアに引っかかってグダる。

• 滝夜叉姫(運枠)x2, 神化ルシファー、神化アーサー

この編成だと10ターン近く残してスピクリすることが多い

ネロ

ジャック(運枠)、神化ルシファー、シュリ、神化ヒカリ

バジリスク

神化ルシファー、ドラえもん、ツクヨミ、(ドラえもん、飛行/ADW）

ハートの女王

AGBの貫通2、反射2で。最終面貫通は上にいないと制限を倒せない

• 第13号機（運枠）、神化ラプンチェル、AGBの貫通と反射

摩利支天

縦のレーザーに注意すれば特に問題なし

ドラえもんx2、クシナダx2

リリス

最終面は右上に寄せといて、ゾンビを最初に倒す

• 滝夜叉姫(運枠)x2, 茨木童子、ギムレット

ルイ13世

ぬらりひょんXはあまり活躍してないのでもう少し考える余地はある。

• 第13号機（運枠）、摩利支天、ぬらりひょんX、ハンターキング

闇刃ムラサメ

最終面までにSS貯まるようにあまり急ぎ過ぎない

• ジャック（運枠）x2、神化アーサーx2

• 神化ルシファー、スルト、進化ジャック、イザナギ

以下は運極済み

紀伊

貫通でルシファーとヤマタケに当てるだけ

13号機(運枠)、神化ルシファー、神化滝夜叉姫、ヤマタケ

クイーンバタフライ

貫通でプラズマを引っ張るだけ

13号機(運枠)、ギムレット(進化)、クシナダx2

ゴースト

ダークドラゴン（運枠）　神化ルシファー、クシナダx2

ジャック

• 神化ルシファー、神化上杉、イザナギ、神化滝夜叉姫

奇数番目に　13号機をもっていけばDWにひっかからないので楽

• 第13号機(運枠)、神化ルシファー、神化上杉、イザナギ

ダークドラゴン

ADWに注意。ボス二戦目は上部の左右にAGB付き忍者がいるので一戦目終わりには何体か上に上げておく。AGB二体いるほうが安定する

• 神化ルシファー、進化上杉、イザナミ、ナポレオン
• 神化ルシファー、進化上杉、イザナミ、イザナギ
• 進化上杉、ツクヨミ、イザナギ、イザナミ

第13号機が活躍した（ナポレオンの代わりになる）

• 第13号機（運枠）、神化ルシファー、イザナミ、イザナギ

滝夜叉姫

できるだけ下に行かない。運枠2にすると事故率上がるのでストレスが溜まるｗ

• 第13号機（運枠）、ジャック、神化アーサー、光ムラサメ
• 第13号機（運枠）、神化ゴースト（運枠）、神化アーサー、光ムラサメ
• 神化ゴースト（運枠）、神化アーサー、光ムラサメx2

デスアーク

神化ルシファー、神化ヴィシュヌ、神化ヒカリ、（コルセア、クイバタ）

ダークドラゴンはお荷物

（運枠）ダークドラゴン、神化ルシファー、バハムートX、阿修羅

徳川慶喜

• 神化ルシファー、進化武田信玄、神化ブラフマー、（忘れた、ミュータントタートルズ？）

イザナミ入れると安定だけど、早く進みすぎてしまうためSS溜まらずスピクリ出来ない(SSなしで余裕で勝てる)

• 神化ルシファー、神化ブラフマー、イザナミx2

最近リリムを運極にしたので。イザナミよりは信玄のホーミングのほうが使いやすい

• (運枠)リリム、 神化ルシファー、進化武田信玄、あと適当

まぁわからんことはないのだけど、鬼嫁ちゃんねるのほうが深い話が投下されることが多いので麻痺しているかもｗ

母と子のそれぞれの立場から内面を描いていくというわかりやすいストーリー。

母性 (新潮文庫)
湊 かなえ
新潮社 / 637円 ( 2015-06-26 )

それで絶望するかな？とは思うけどｗ

小細工なしにワッシャーと作るおつまみの本。

セリなんかただ焼くだけ、ひたすらじっと焼くだけだしｗ

つまみリスト
小林 ケンタロウ
文化出版局 / 1512円 ( 2007-07 )

盛り付けも美味しそうなので好きな本