Solitary Native / Alix Perez and Sabre

アートコアめ。綺麗なウワモノが気持ちよい。終始緩く流れていく感じで、やたらと高揚感を煽るようブレークもなく落ち着く。

SGN:LTDってレーベル知らないやってことで、少し視聴してみたけど、リキッドファンクとかそういう系のレーベルなのかな。甘酸っぱさ多目のカルピス系ってことで。Ill Note Soulなんかもよいですな。

Solitary Native / Alix Perez and Sabre

OSRAいいですよ

Mining Drug Spaceで知ったOSRAっていう化学構造認識ソフトがかなりよさげ。

そもそも、なんでコンピューターで認識できる形式でデータを流通させないのか?という本質的な問題はあるんだけど、この業界は画像(しかも二次元)ってのが標準なんで、こういう認識系のツールは重要だったり。

早速pubchemなんかの画像を認識させてみるときちんと認識される。OSRAのサイトではパテントをgifに変換したのを用意しているけど、1ページに複数の構造があっても別のものとしてきちんと認識する。ただ、フリーハンドで書いたのはベンゼンみたいな単純なものでも認識しなかった。

osra

自分用に集めてるパテントとかジャーナルのpdfなんかを自動的に構造抽出してデータベースに突っ込むようにするとよいかも。

ひさびさの喜八郎

御殿場のIC近くにある喜八郎。店主が一人で作ってるのと、一度に茹でられる麺の量の関係だと思うんだけど、待ち時間が結構長いので、子供ができていたから敬遠してたけど。

12時前に入店したけど、その時点で待ちが7人くらい。結構繁盛してますなー。

15分ほど待った後、席に。一年ぶりくらいなんだけど、子供用の椅子が新たに装備されてた。ナイス!でライスも注文(ユッキー用)

椅子

こんな感じで、収まってます。

喜八郎のラーメン(塩味)

頼んだのは、ラーメン塩味。鶏のコクと、焦がし玉葱がいい感じにマッチ。あとチャーシューうまい。でも奥ゆきがちとばかし物足りなかったかな。醤油にしとくべきだった。

あと、店を出たら会社の人がタバコ吸いながら、バガボンド座り読みしながら待ってた。氏曰く、

「おれっち、週一ぐらいできとるけんねー」

と。その待ちスタイルはかなり馴染んでた。

HTML::Selector::XPath::Simple

他のサイトをゴニョゴニョやって欲しいデータだけ抜き出すのに、Template::Extractとか正規表現つかったりするわけですが、今回HTML::Selector::XPathを使ってみた。

その流れでcpanサーチしてた時に、Simpleってのを見つけたが、これはHTML::TreeBuilder::XPathでHTMLをパースし HTML::Selector::XPathのCSS セレクタをXPath に変換して、ノードを探すってのをやってくれるげなモジュール。

というわけで、Hatena::Diary::Naoyaの例だと、

use strict;
use warnings;

use URI::Fetch;
use HTML::Selector::XPath::Simple;

my $id = shift or die "usage: $0 <id>";
my $res = URI::Fetch->fetch(sprintf 'http://b.hatena.ne.jp/%s/', $id)
    or die URI::Fetch->errstr;

my $selector = HTML::Selector::XPath::Simple->new($res->content);
my @nodes = $selector->select('ul.bookmarkinfo li.favorited');

printf "User '%s' is favorited from %d users\n", $id, $nodes[1];

で書けた、シンプル。

三島図鑑が三島のblogをアグリゲートしていて便利

早速、RSSリーダーに登録。ナイス、三島図鑑!

でも、RSSフィードはタイトル(エントリ、フィードともに)のあたりがちょっと微妙。どのblogのコンテンツなのかはっきりしないのがちょっと不便だけど、、、まぁフロー読みする分にはあまり問題ないかも。

AvogadroでPOV-Ray

POV-Ray でレイトレできるとやっぱ調子いい。

Avogadro

drkcore todo

やることリスト

  • trackback ping打てるようにしとく
  • Tagのサジェスト機能をつける
  • 二重投稿を防ぐ

SARの不確定性原理

構造活性相関(2D,3D-QSAR)とかで、アッセイ系の精度が気になって仕方がない。なんか生データはもちろんだし、さらに実験者の手技まで気になって数字をまともに受け取れない。

と同時に、構造も厳密に求めたくなり、量子化学計算でいちいち構造最適化しないと安心できない。

そんな感じで深みにはまっていった結果、一つの確信を得た。

活性の不確かさΔActを厳密に求めようとすると、構造の不確かさΔConfが増えていく、まだその逆も然り

これを、SARの不確定性原理と名付けてみた。

僕らは、予測モデルの精度を上げるために、厳密に活性コンフォメーションを求めたいし、ノイズのないアッセイデータを使いたい。でも常に、どちらかのノイズが邪魔をして満足のいく予測モデルはつくれない。

というわけで、QSARなんてばらつきを許容するような手法でやってるぐらいがちょうどいいのかもねーという結論に達し、同時にDrugDesignへのモチベーションがやや失せてきた。

という夢を見た。

ナナフシをみた

家の網戸に張り付いてた。

ナナフシ

そういえば去年もみた。子供のころは山の中で虫捕りばっかしてたけどナナフシを捕ったことは一度もなかったので、なんか嬉しい。なんといっても森の忍者!ナナフシですからな。

今の世知辛い世の状況だと、童心に返ってクワガタ捕りに林に入ると変質者と間違われて通報されるので困ると、職場のおっさんが言っていたのを思い出した。

Catalyst::Model::Net::Amazonでキャッシュ

昨日ちょっと気になったので触ってみた。

ヘルパーがあるので

script/myapp_create.pl create model Net::Amazon Net::Amazon

でモデル作成。yamlに

Model::Net::Amazon:
  token: 'amazon_token'
  locale: 'jp'

を設定して、Root.pmに

sub default : Private {
    my ( $self, $c ) = @_;
    my $ua = $c->model('Net::Amazon');

    my $response = $ua->search( asin => '4873112109' );

    if ( $response->is_success ) {
      $c->response->body( $response->as_string );
    } else {
      $c->response->body( $response->message );
    }

}

で、ルートにアクセスすると

[1] マーク ルッツ/デイビッド アスカー, "初めてのPython 第2版", 2004, ¥ 5,040, 4873112109

と表示される。あとは/ASIN/XXXXXXのURLでJSON返すようにすればMochikit(javascript)からいい感じで扱えるはず。うーんナイス!

さらに、Net::Amazonはキャッシュが使えるのでCatalyst::Model::Net::Amazonでもキャッシュを効かせたい。C::M::Net::Amazonに直接書いた。

use Cache::File;

use base qw/ Catalyst::Model::Net::Amazon /;

my $cache = Cache::File->new( 
                         cache_root        => '/tmp/amazon_cache',
                         default_expires   => '30 min',
                            );

__PACKAGE__->config(cache => $cache);

Net::AmazonがCache::Fileオブジェクトをとるので、このようにModelに直接書いたのだけど、cache_rootとかdefault_expiresを設定ファイルに追い出すことはできないのだろうか?