距離のみで水素結合判断って駄目すぎだろ。

HBPLUSとかLIGPLOTみたいなツールのオープンソース版はないのかなぁと探してみたけど見つからなかった。

グラフ表現と遺伝アルゴリズムが面白そうだったので、HOPの次に読もうと買っておいた。で半年近く放っておいたわけですが。

Mastering Algorithms With Perl
Jon Orwant
Oreilly & Associates Inc / 2960円 ( 1999-07 )

1章、2章は割と基本的なことなんで軽く読み流した。3章はlinked listとか木構造のようなデータ構造の章らしい。

リンク切れのとこを消して、Chemical blogspaceとChemSpider Blogを追加した。

が、ちょっとインフォマティクスと関係なさげなのが混じってるようなのであとで調整するかもしれん。あと全文とってこなあかんな。

07.11.20 追記

latest postは全文じゃないのと、ケミカルなのではずした。ケモインフォっぽいフィードを選んで追加することにした。

9.4以降はlinogramの話なんだけど。

Higher-Order Perl: Transforming Programs with Programs
Mark Jason Dominus
Morgan Kaufmann / 5692円 ( 2005-03-28 )

流して読んだら、最後の締めで、今までのチャプターのテクニックを総動員して書くとエレガントにかけるんだぜ的なことが書いてあって、まぁそうだろうなと思うんだけど、全写経してから、コードを眺めながら本を読まないと面白さが伝わりそうになかったわりに、写経する気力がちょっとない。

というわけで、気が向いたらまた読むことにした。

6章の無限ストリームと8章のParserが特に面白かったな。

今月は、U隊長、僕、はな(愛犬)の誕生日と結婚記念日が重なっていて、散財（の口実）に都合の良い月なので、毎年あれやこれやと食べに行く。

というわけで、今週は沼津の北口のホテルウェストにある西庵にお邪魔した。いわせさんに薦められてから結構経ってるんだけど。

戻り鰹は皮を炙っていて美味い。

美味さにつられて初亀。ランチなのに呑んでしまった。

純吟は食中酒としては最高だと思う。味の濃いものには純米か山廃とあわせたいけど。

これはキタ。僕は煮物が好き。酒にあうし、あじわえるし。なによりも絶妙なバランスに出会ったときに嬉しくなるしな。

そして鮨。左上から、鮪、鰹、しまあじ、ひらめ、左下、冥加、かいわれを昆布で〆たの、玉子

氷菓は栗のアイス（写真なし）。これがやたらと美味かった。

蕎麦を勧められたけどちょっとお腹がいっぱいだったので。次は蕎麦のコースを食べたいねと。

次は蕎麦のコースで。

the sky was pinkが入ってるように、そんな感じ。

Claudio Coccoluto Vol.2
Various
Recharge / ?円 ( 2005-07-18 )

The Hitsってのがやたらとココロニヒビイタ。こういうのは渋くて好きだ。

日本酒に合う感じの音。

悩んでたら、即終了してた。 残念。

Wiiフィット (「バランスWiiボード」同梱)

任天堂 / 12000円 ( 2007-12-01 )

次は即予約する。

InChiのGoogle TechTalksが出てたので週末にでもとためておいて今日見た。

• An Update on the Open Source InChI Project
• IUPAC InChI

InChIはちょっとめんどくさそうな表記法で大体SMILESと似たような情報量(座標が欠損する)なのに、大きい分子だとすぐ文字数が大きくなって困るので、SMILESでいいんじゃないかなと敬遠してたけど。あと、特に名前の一意性にこだわる大きな理由がなかったってのもある。

でも、プレゼンの中で語られてたInChiKeyっていう25文字のハッシュで構造をあらわすのはいいかも。RESTfulなサービス作る場合に便利じゃんと思ったら、既にDepth-Firstでふれられてた

主にparser,writerを実装するヒト向けのオープンなドキュメント作成のプロジェクトが立ち上がったようだ。素晴らしい。

HOP読んでて、なんか適当なParser書いてみたかったのでそのうちやってみようかな。

6.1 External R-Groups

Daylight proposed, and OpenEye actually implemented, an extension that specifies bonds to external R-groups. An external R-group is specified using ampersand '&' followed by a ring-closure specification (either a digit, or % and two digits). However, unlike ring-closures, the bond is to an external, unspecified R-group. Example: "n1c(&1)c(&2)cccc1" - 2,3-substituted pyridine.

これは知らなかった(やるなOpenEye)。

PerlMolに組み込んだら便利だろうな

僕はまとめて登録したりとかしないので、登録フィードが緩やかに増加してる。

グーグルとかで検索してたときにふとよさげだなと思ったのをLDR登録する他に、LDRに自分のブログを登録したヒトの新着フィードを見ながらよさげなフィードを登録している。

後者はかなりヒット率が高くてよいので、これを自動化してLDRで「kzfmさんのブログを登録しているユーザーの登録新着」をLDRで読めないものかと。

ふと思ったのでメモ