バンコク1日目

CBIの年会も終わり11月の第一週の予定が運良くガラ空きだったので、取れなかった夏休み(というか連休)をこのタイミングで取ることにしました。なんか意味づけしたほうが行く気になるだろうと「自分探しのショートトリップ」と周りには吹聴しておきました。

オプションとしては、セブ、ハノイ、そしてバンコクを考えていたのですが、前の2つは現地深夜着、現地早朝発のフライトであんまり楽しめない感じのスケジュールだったので却下しました。あとLCC使えばいいやーって感じでマイル使う必要もない値段だったというのも理由です。というわけで、羽田夜中発バンコク早朝着(帰りはバンコク夜中発、羽田朝到着)という寝てればいい感じに着いている便でバンコクに来ました。当然のことながらノープラン。

ホテルには7時に着いたのですが、14時まで部屋が使えないということなのでワット・ポーに行きました。開園直後だったので観光客はほとんどおらず快適でした。

猫も瞑想中でした。

QSAR的な悟りをひらいた私の足の裏にもなにか書いてあるに違いない(怖くて見れないが、、、)

そこから移動してピンクのカオマンガイことゴーアン カオマンガイへ。

まぁ、美味しかった。

このニガウリとポークリブのスープも美味しかったです。

サイアムからプロムポンまで徒歩一時間くらいだからショッピングモールとか物色しながら歩くかーと結局歩いたのですが、これは失敗だった。暑すぎてへばった。あと朝は曇っていたのだけど、昼から急に晴れて日差しも強かったのも辛かった(日焼け止め塗るタイミングもなかった)

タイティー飲んだりしながらのんびり移動

夕方お腹がすいたので今度はヘンヘンカオマンガイへ。

個人的にはこっちのほうが好みの味でした。

機内であまり眠れなかったのと、朝早くから活動していたので流石に疲れて9時くらいには就寝しました。日本時間で11時なんでたいして早いわけではないけど。

韮山の杉山酒店から始まる居酒屋放浪生活

韮山の杉山酒店の角打ちに行きたいという同僚たちと予定をあわせて、昼飲みをしてきました。ちなみに私はCBI学会の期間からずっと飲み続けているので一週間連続ですw

角打ちは良かったです。お酒も料理も美味しかったです。久しぶりに日本酒のんだ。

角打ちで長っ尻なのもアレだなぁといいところで切り上げて、知り合いを呼んでリパブリューでビールでも飲もうかと沼津に下山。

ビールも飲んだので帰ろうとしたらJR止まっとるがな!という状況。

どうしようかなー!じゃぁ寿司でも食べるかとITA酒場

お寿司を食べても電車は動かず、羊肉を食べに行きましょうかと。

それでも電車は動かず。再開を待ち遠しい我々はここでまたリパブリューに戻りました。

結局いつまで経っても電車が動かないので、みんなでタクシーで帰ることにしました(私は三島から新幹線に乗って帰りました)。

久しぶりに楽しく飲んだり食べたりしました。WCB以来の楽しさでした。

CBI2024に参加しました

本大会は900弱の参加者だったそうであと数年もすれば1000超え達成するのではないでしょうか?オーガナイザーの皆様、参加者の皆様お疲れ様でした。我々もより魅力的なコンテンツを提供していかないといかんなぁと思いました。

  • ポスターは「こういう構成にすればいいのにー」みたいな上司(偉そう)マインドが勝ってしまってあんまり楽しく見れなかった(反省)
  • たくさんの人と情報交換できたので非常に有意義だった。と同時に私はサイエンティフィックな貢献をできてないなーとちょっと思うところはあった(発表すべきだった)。
  • エリックスカフェのコーヒーは美味しいですねえ。

船堀グルメ

カレーは美味いがナンが大きすぎた

カレーは美味いがご飯が多すぎ

ここの焼き鳥は美味い。

CBIハンズオン(chemoinformatics)のリハをおこないました

CBI年会の初日のチュートリアルセッション(TS03 ケモインフォマティクスハンズオン)のリハをおこないました。

今回は去年のように最終調整を兼ねたリハ兼ビールでも飲んで楽しむというゆるいものではなく、課題の洗い出し兼あと二週間で潰すべきタスクのリストアップに近いような作業でした。なので結構疲れたけど、このタイミングでやっておいて本当に良かったと思いました(やらんかったら、相当グダグダなセッションになっているはず)。

わたしもmac担当として、REINVENT4きちんとインストールできるように試行錯誤したり、maizeがmacでも動くようにプルリク出したりと久々に働きました。

ハンズオンの流れとしては

  1. REINVENT4の転移学習を使ってEGFR阻害剤を生成するような生成モデルを作成
  2. 生成モデルに仮想化合物群を生成させ、Gypsum-DLでSBVSの前処理をおこなう
  3. AutoDock VinaEGFRのキナーゼドメインに対しSBVSを実行し、結果をpymolで確認する
  4. (前処理とSBVSはmaizeというflow based programmingツールを使ってワークフロー化します)

という中級以上向けの攻めた内容になっていると思います。ちなみに、チュートリアルセッションは定員に達したそうで参加したい方はキャンセル待ちになるのではないでしょうか?

終了後にビールを飲みました(お約束)が、やはり来年以降はRDKitUGMJPの資金を調達しながら、ボランティアでやっているモデレーターにとってもwin-winになるような仕組みを考えたいなーと思いました。

Running REINVENT4 on the M3 chip

As it could not be installed with the original requirements, I modified it and uploaded it to the Mishima-syk repository.

$ git clone https://github.com/Mishima-syk/REINVENT4.git
$ cd REINVENT4
$ conda create --name reinvent4 python=3.11
$ conda activate reinvent4
$ pip install -r requirements-macOS.lock
$ pip install --no-deps .

Now, you can set mps (Metal Performance Shaders) in the device parameter

# mps_sampling.toml
# REINVENT4 TOML input example for sampling
run_type = "sampling"
device = "mps"  # M3 GPU
json_out_config = "_sampling.json"  # write this TOML to JSON

[parameters]

## Reinvent: de novo sampling
model_file = "priors/reinvent.prior"
output_file = 'sampling.csv'  # sampled SMILES and NLL in CSV format
num_smiles = 157  # number of SMILES to be sampled, 1 per input SMILES
unique_molecules = true  # if true remove all duplicatesd canonicalize smiles
randomize_smiles = true # if true shuffle atoms in SMILES randomly

Running the reinvent4 program

$ reinvent -l sampling.log mps_sampling.toml

JASPUG2024に参加しました

今年もJASPUGに参加しました。相変わらず盛況で古参と新参のバランスも取れていていい感じに新陳代謝をしているように思いました。

私の方も古くからの参加者と意見交換したり親交を深めたりできて大変刺激をうけました。あとは、転職した元メンバーの人達と再開しても相変わらず楽しく話せるのは今の会社のカルチャーでもあるのかなぁと思いました。

ちなみにステッカーが溜まっているので最近新調したMBAにペタペタしないといけないです。

その他メモ

私のゼンマイがバカになっているような気がする

懇親会で知り合いにfmkzさんは現状の不満をバネに先に進むタイプですよねーとか言われて、確かにそうだなーと思ったのですが、最近ゼンマイの効きが弱くなっているのではなかろうかと帰りの新幹線で自問自答していました。確かにマネジメントにのめり込みすぎてこのままでいいのか?と思うようなことはあります。

やっぱ多様性の尊重は感謝の正拳突きで表現するべきなのだろうか?

同僚、上司、部下、知り合いは尊重してなんぼですね

仕事では色々あったり立場上難しい関係になったりするけど、やっぱり他社に別れても楽しく話せるのは一緒に厳しい状況を生き抜いた同僚たちだったりするので、常に尊重は欠かせないですねぇ。製薬業界もライフサイエンス業界も一つの系みたいなものですねぇと感じることが最近特に増えています。

コード書くのは楽しすぎ

pen先生と一緒に、ちょっとハンズオンのコンテンツのバグ取りとかポリッシュをスキマ時間にやっておりましたが、やっぱ楽しいですねぇと思いました。CBIのハンズオンに向けて完成度を高めていきます。去年、今年は無料でやりますが、来年はちゃんとお金を取ってRDKitの作者の旅費に使えればいいんじゃないかなぁと思っています。そろそろRDKitUGMJPやってもいいでしょ。

Mishima.syk 21やりました。

参加していただいた方、発表していただいた方ありがとうございました。

今回LLM関連の深い話題が多く大変楽しかったです。

今回は、ちょっと日程が合わずに1年ぶりになってしまいましたが、次回は半年後くらいを目標に企画したい。

今月終わりにはCBI年会の初日にケモインフォマティクスのハンズオンもありますので、機会があればそちらも参加していただければと思います。

Pythonを使用したFlow-based Programming(FBP)のハンズオンセミナーを開催いたします。生成モデルの利用、 Docking Study、スコアリングといった一連の流れをFBPで実装する工程を学びます。本ハンズオンは、精度よりも 全体の流れを理解することを目的としています。

EuroQSAR 24thを振り返って

サイエンスの話

  • S先生たちと「もっとプレゼンスをあげんとあかんのじゃないかねぇ」みたいな話は出ました。企業もアカデミアももっと頑張りたいなぁと思いました。ぶっちゃけポスターの内容とかC◯Iとか負けとらんからねぇ。
  • 座長にもオーラルにも日本の方はいなかったので、オーラル目指して頑張りましょう。
  • 面白い演題が多くあったというよりは、今後どうあるべきかについて深く考えさせられる機会ではありました。
  • C◯Iももっと海外の学会とジョイントしても良いのかもしれませんねぇ。

食べ物の話

  • チチャロンとかレチョンとかフィリピン発祥だと思っていたけど完全にスペイン料理がルーツなのね。よく考えたらそりゃそうだわ。
  • TEMPRAのタパスもやたらあって?となったのだけどポルトガルから伝わったらしい。食べてみるとフリッターぽかったです。
  • あとtataki(bonito)もあったのだけど、これはオリジナリティがわからんかった。
  • アンチョビは日本で売られているような保存が効くような塩辛いやつではなく、程よい塩気と酢でマリネされていて大変美味しかったのでもっと食べておけばよかったと後悔
  • ビールが安くて毎晩がぶ飲みタイムでした。★のやつとかはどこでも飲める、むしろ水。

バルセロナ6日目

学会も無事に終わりました。次は再来年にAssisiだそうです。

最後くらいはアンチョビでもと。

トマトとにんにくの塗られたバゲットにのせて食べると美味しい。

あとはフレンチフライの上にハムがたくさん乗ったやつ

当然、Las Palmeras

私の泊まっているホテルからだと、カタルーニャ広場の方とか地下鉄で乗り換えないとならんし、乗り換えもやたら不便なのであまりそっちの方にはいかなかったです。

バルセロナ5日目

そろそろお土産でもと近所のカルフールを物色。パエリアのシーズニングが(日本で言うところの鍋スープみたいに)液体ばかりで、持って帰るべきものなのか小一時間悩んだ。あとはお菓子とか(どれがスペイン産なのか)よくわからん感じでした。

というわけで、今日もLas Palmeras

codfish(タラ)のフリット。タラの身が入っているとおもったんだけど、タラの身を細かくして小麦粉と混ぜてあるのか揚げたドーナツみたいな食べ物であった。スナック感強め

Suckling pigにアリオリソースを添えたもの。焼いた豚だけど下味がついていていてアリオリソースにつけて食べると美味しい。