14 10 2024 chemoinformatics Tweet
CBI年会の初日のチュートリアルセッション(TS03 ケモインフォマティクスハンズオン)のリハをおこないました。
今回は去年のように最終調整を兼ねたリハ兼ビールでも飲んで楽しむというゆるいものではなく、課題の洗い出し兼あと二週間で潰すべきタスクのリストアップに近いような作業でした。なので結構疲れたけど、このタイミングでやっておいて本当に良かったと思いました（やらんかったら、相当グダグダなセッションになっているはず）。
わたしもmac担当として、REINVENT4きちんとインストールできるように試行錯誤したり、maizeがmacでも動くようにプルリク出したりと久々に働きました。
ハンズオンの流れとしては
- REINVENT4の転移学習を使ってEGFR阻害剤を生成するような生成モデルを作成
- 生成モデルに仮想化合物群を生成させ、Gypsum-DLでSBVSの前処理をおこなう
- AutoDock VinaでEGFRのキナーゼドメインに対しSBVSを実行し、結果をpymolで確認する
- (前処理とSBVSはmaizeというflow based programmingツールを使ってワークフロー化します)
という中級以上向けの攻めた内容になっていると思います。ちなみに、チュートリアルセッションは定員に達したそうで参加したい方はキャンセル待ちになるのではないでしょうか？
終了後にビールを飲みました（お約束）が、やはり来年以降はRDKitUGMJPの資金を調達しながら、ボランティアでやっているモデレーターにとってもwin-winになるような仕組みを考えたいなーと思いました。