3連休の後半はどこかに行こうと予定を考えていたのだけど、生憎風邪をひいてしまい（喉は痛いが熱はない）家で大人しくする羽目に。論文読んだりコード書いたりで捗るといえば捗ったので悪いことではないのかも。以下のスライドもよくまとまっていて面白かったです。

• AJACS「AlphaFold 等のタンパク質立体構造予測ツールを知って・学んで・使う」

オフィシャルなリポジトリではapple silicon(mps)には対応していないのだけど、こちらであればmps使えるのでインストールして動かしてみた。

ちょっと興味があったのがchignolinの8番目の残基を変えるとターンの構造が変わるっていう論文で、そういうの再現するのかねーと。

コマンドはこんな感じでOK

boltz predict --use_msa_server sig2.fasta

結果です。

• magenta(PDBID:5AWL): YYDPETGTWY
• cyan(chignolin):GYDPETGTWG
• green(T8F chignolin):GYDPETGFWG

変異を入れてもboltz2の予測する構造は変化しなかったですね(cyan vs. green)。あとはPROのあたりの構造が結晶構造とは異なっていた。

機械学習の"発見"とか"新規"っていうのは既存の知識体系の中の人間の見落としを拾ったという意味であって、未知を開拓したっていう意味での発見ではないよなーっていうのが現在の私の立ち位置かなぁ