save the 東北の酒ってことで東北の方の酒を飲むようにしてます。栃木の方も被害が大きいのでそっちも飲むようにしたいが、近所は取り扱いが少ないのだ。

秀鳳は山形のお酒で、キリっとしてそうでやんわり感もある不思議な味わいだった。初日に超ぬる燗にしたらいまいちだったので以降は、ひやに近い温度帯で飲んでた。

久しぶりの畑は雑草が生えまくっていた。草むしりしないといけないが、最近5時には明るいのでこれからは朝起きたら畑仕事が出来るな。

ジャガイモの芽がポツポツ生えてきたけど、深く植えすぎたかも。右側は春菊で薹が立っていた。折角なので咲かせてみよう。

ニンニク（左）は元気に育っているので収穫が楽しみだ。浅葱（右）は写真を撮ったあと収穫した。

ソラマメ(左)は黒ずんでたり成長がよろしくないのがあったりとよくわからない。収穫出来るんだろうか？一方、スナップエンドウ(右)の方は最近メキメキと伸び始めて期待度(大)

またまた鈴木屋でホルモン。今回は、@manashoe @ringtaro @bg7860プラス2名という面子で。

タレは、甘口、中辛、辛口から選べるが、ここは前回同様に辛口で攻める。

まずはホルモン。炎が吹き上がる。

ハラミが旨い。気に入った。

生レバーと生センマイ

ナンコツ（鶏）

他にも色々食べたんだが、撮るの面倒になった。ハツとコブクロが美味かったですね。

美味しい物食べながら楽しい会話で盛り上がって満足。もっと英語がスラっと出るように精進しないとあかんなぁと思った。

文章とは情報を読者に届ける乗り物である。つまり乗り物の性能（わかりやすさ）とその文章が載せている情報の価値は別物だ。

乗り物の性能をあげるためにはどうすればよいかを100ページで説明する本

100ページの文章術 －わかりやすい文章の書き方のすべてがここに－
酒井 聡樹
共立出版 / 1050円 ( 2011-03-10 )

1. 文章術の前に知っておいて欲しいこと
2. 文章全体としてわかりやすくする術
3. 一つ一つの文をわかりやすくする術

1,2の構成のあたりは、研究系だったらまぁ普通に知っていないといけない事柄なので復習的な読み方であったが、3の文を分かりやすくする方法はあまり深く考えたことがなかったので勉強になった。修飾語かけまくったり、ついでに情報を加えたりといったことはついついやってしまうので推敲する際に気をつけて観直そう。

• 私たちは持っていない知識を前提とした説明をされても理解出来ない
• 分かりやすいとは読者が情報整理をしやすいということ
• 無駄な情報を削るのは文章全体として分かりやすくする術のひとつ
• 推敲をおろそかにしない
• 情報についでを加えない
• 扱う話題を読者が分かっている場合には主張を先にする
• 長い修飾語を先に、短い修飾語は後ろに

先週のチェンツォンカオのドライフルーツはもう一つだったみたいで、今回は干し葡萄のみを使って葡萄蒸しパンにしてみた。

あとはつまみやすいように前回よりも小さく切ってみた。

今回は二度目なので一次発酵、二次発酵を逆算してうまく空き時間に押し込むことが出来て効率的に作ることが出来たな。

以前買ったベスト盤よりは、こっちのほうが好きだな。

The King of Limbs
Radiohead
Hostess Entertainment / 1668円 ( 2011-04-05 )

ダビーで内省的、癒し度高し。

pdbgetというpdb-idを引数にとって構造データをまとめてダウンロードするコマンド使っていたんだけど、ちょっと前のサーバリプレースでPDBのミラリング環境が失われたので使えなくなってた。こういうの致命的だよなとは思うが今時はネットワークが太いので別にミラリングする必要性はあまりないのかな？でも遅いよなぁ。

とりあえず、自分用に。プロキシ使いたいのでFancyURLopener

import urllib
import sys
pdblist = sys.argv[1:]

proxies = {'http': 'http://[hostname]:[port]/'}
opener = urllib.FancyURLopener(proxies)

for pdbid in pdblist:
   f = opener.open('http://www.rcsb.org/pdb/files/%s.pdb.gz' % pdbid.upper())
   data = f.read()
   with open('%s.pdb.gz' % pdbid.upper(),'wb') as wf:
       wf.write(data)

ちなみに初代はperlで書いてあった。これいつ書いたんだろう？多分7,8年よりは前だと思うんだよなぁ。

use strict;
use Net::FTP;

die "usage:$0 [pdb_id] ...\n" unless @ARGV;

my $ftp = Net::FTP->new("[hostname]", Debug => 0)
    or die "Cannot connect to [hostname]: $@";
$ftp->login("pdb",'pdb')
  or die "Cannot login ", $ftp->message;

$ftp->binary();

for my $pdbid (@ARGV){
  $pdbid =~ tr/[A-Z]/[a-z]/;
  my $pdbdir = substr($pdbid,1,2);
  my $pdbfile = "pdb" . $pdbid . ".ent.gz";

  $ftp->cwd($pdbdir)
    or warn "Cannot change PDB directory ", $ftp->message;

  $ftp->get($pdbfile)
    or warn "$pdbfile : ", $ftp->message;

  $ftp->cwd('..')
    or warn "Cannot change PDB directory ", $ftp->message;
}

$ftp->quit;

Bioinformatics Programming Using Python
Mitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5119円 ( 2009-12-23 )

目次見たけど概要をつかむにはよさげ。

Virtual Screening: Principles, Challenges, and Practical Guidelines (Health Care and Disease Management)

Wiley-VCH / 18143円 ( 2011-03-15 )

ただ、スコア関数の方法論がもう限界ですからな。もっと丁寧なモデル化が望まれているような気はするし、そういったあたりのもっとイノベーティブなアプローチが議論されない限りはつまんないフィールドになっていっちゃうと思っている。

Sphinxで文書を書いていて気になるのは、謎じゃない謎の空白だ。

これはあちこちで書かれていてそのための拡張とその改良版が用意されているが、自分の環境(Python2.6.6+Sphinx1.0.7)ではうごかなかった。

なんでかなーと調べてみるとtype(node.parent)が<type 'instance'>を返してたのでisinstanceで評価するようにしてみた。

def trunc_whitespace(app, doctree, docname):
    from docutils.nodes import Text, paragraph
    if not app.config.japanesesupport_trunc_whitespace:
        return
    for node in doctree.traverse(Text):
        if isinstance(node.parent, paragraph):
            newtext = node.astext()
            for c in "\n\r\t":
                newtext = newtext.replace(c, "")
            newtext = newtext.strip()
            node.parent.replace(node, Text(newtext))

def setup(app):
    app.add_config_value('japanesesupport_trunc_whitespace', True, True)
    app.connect("doctree-resolved", trunc_whitespace)

なんでかなーってのを調べるためにSphinxのソースコードを読み始めたりdocutilsのソースを読み始めたりしたけど、昨日あたりからかなり脱線し始めたのでとっとと成果物を残しておこう。

エキスパートPythonプログラミング
Tarek Ziade
アスキー・メディアワークス / 3780円 ( 2010-05-28 )

エキスパートPythonも読みなおそうっと

これの日本語訳。サイトにcode exampleや本の中身が少し出てるのでどういう内容かはわかると思う。

FORM+CODE -デザイン／アート／建築における、かたちとコード

ビー・エヌ・エヌ新社 / 2520円 ( 2011-04-25 )

というわけで、予約した。

またprocessingいじり熱も再発するんだろうなぁ。