23112020 bioinformatics
シングルセル解析のウェットの方の原理などが知りたかったので買ってみた。
シングルセル解析でなにがわかるか (DOJIN BIOSCIENCE SERIES)1部は良かったけど、2部,3部はサーベイな感じが強すぎたのとがんが多かったので読み流してしまった。
免疫の領域でシングルセル解析での例が知りたかったのだけど、、、
やはりこれ以上は論文とかレビュー読めってことですかね。
DX(デジタルトランスフォーメーション)とはなにか？
DXに関する情報を頭に入れておかないといけなかったので何冊か本を読んだ結果、 デジタルというキーワードをテコにして組織変革をしましょう というだけのバズワードだった。
企業がIT部門を技術職集団と位置づけず、経理の延長とかSIみたいにMS製品やSAPみたいなパッケージ調達部署にしたからこういうよくわからないアイデアが出てくるんじゃないのかな？
DXはDがおまけでXが本質だということを理解した。それにしてもビッグワンガムみたいなバズワードだな、ただの組織変革じゃん。
— kzfm (@fmkz___) November 16, 2020
DXの真髄 日本企業が変革すべき21の習慣病この本が一番面白かった。組織変革について具体例を挙げながら丁寧に解説していた。ただ、RPAに重きを置きすぎている感はあるけど、読むならこれが良いと思う。
未来IT図解 これからのDX デジタルトランスフォーメーション経産省のガイドラインによると、DXとは
「デジタル技術を活用して顧客や社会のニーズの基に、製品やサービス、ビジネスモデルを変革するとともに、業務そのものや、組織、プロセス、企業文化、フウロを変革し競争上の優位性を確立すること」
だそうです。当たり前な感じがするが、、、
本書は特に読むべき点がなかったけど、コラム3のデジタル人材はセミナーや研修では育たないという話が面白かった。まぁパッケージ調達するような人たちに研修受けさせても別に組織改革にはつながらないですよねっていう当たり前のことではないかと思ったけど。
デジタル変革とそのリーダーCDO本書ではITとデジタルの違いについて論じていてITを「内向きのIT、価値創造のためでないIT」でデジタルを「外向きのIT、価値創造のためのIT」と定義していて、苦しい定義だなと思った。
DXプロジェクトをITベンダーに丸投げすれば、新しいバズワードが生まれて、「内向きのDX、価値創造のためでないDX」「外向きのDX、価値創造のためのDX」というおかわり可能なビジネスモデルでITベンダーはハッピーになれますね。
08112020 bioinformatics
なんで低分子化合物が核酸よりも選択性が高くなるの？
Synucleozidの論文読んでたら、低分子化合物で核酸に干渉したほうがsiRNAみたいな核酸で干渉するよりもオフターゲット効果が少なくてプロミッシングだって書いてあって、脳内ではてなマークが乱舞した。
In summary, Synucleozid demonstrated proteome-wide selectivity, which indicates targeting the SNCA IRE by small molecules is a promising direction for drug discovery and development since off-target effects have been previously observed in nucleic acid-based knockdown experiments
詳細はこの論文を読めということらしい。
2020.11.08追記
特定のターゲット遺伝子以外の1個または2～3個の遺伝子に生じる効果で、siRNAまたはd-siRNAプールの導入後に遺伝子機能の抑制がみられます。この効果は、siRNAのセンス鎖によって媒介され、意図しない遺伝子の機能喪失を開始させます。標的とは無関係な遺伝子の発現がノックダウンされるのに十分な相同性がある場合は、オフターゲット効果が特定のsiRNAのアンチセンス鎖の二次的効果として生じることもあります。
03112020 bioinformatics
実験医学 2020年11月号 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学
腸は環境としてどのくらい効いてくるんでしょうね？
実験医学 2020年11月号 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学なんか色々抽象化されすぎているような気もしないでないが。
経口免疫寛容不思議よね、、
つながりの強さではなくどういう情報をやり取りするかが重要
「弱い紐帯の強さ」信者の私は強連結でない関係性というのを大切にしているし、twitterみたいなゆるいつながりのSNSもまたアイデアの源泉として重宝している。
さて、在宅勤務がデフォルトになってすでに半年が過ぎたわけであるが、たまに会社に行かないと色々と不都合を感じることが多くなった。最初の頃は、単にはんこを押すため出社であったのだが、最近は定期的に雑談という名のどうでもいい情報のやり取りをしに行くことが増えたのである。
在宅勤務しまくって得た教訓は「会社に雑談しにいかないと仕事が円滑にまわらない」という謎過ぎるものであった。
— kzfm (@fmkz___) October 29, 2020
まぁ、色々考えてみるに、つながりの強弱が新しいアイデアに重要なのでなく、つながりのなかでどの程度の質の情報をやり取りするかが重要なんだろうなーという結論に至った。雑談って強連結ネットワークの中で無意識的にブレインストーミングやってる感じなのではないだろうか？
18102020 chemoinformatics work bioinformatics
Mishima.syk #16 やります
前回はコロナパンデミックでキャンセルになってしまいましたが、そろそろやらないと、みなさんの発表（したい）リストが溢れてしまって困るだろうと、オンラインでやることにしました。
まぁRDKitUGM2020が良すぎて、我々もそろそろなんかやらんとなーと思ったのもあります。それから発表ドリブンで強制的にコード書かんと、そういう時間が取れなくなりつつあるという、、、
弱い紐帯の強さ
Mishima.sykはそもそも 三島あたりに製薬企業の研究所集まっててみんな近所に住んでるのに東京とか大阪とかの学会とかベンダーユーザー会でしか情報交換できないのは不便だよねー ってことではじまった集まりです。その後何人かは転職を経験しているけど、相変わらず機能しているということを考えると「弱い紐帯」としての役割を果たしているんだろうなーと漠然と感じます。
では企業は何かというと強く脆いネットワークなんだろうなと。まぁ、賃金インセンティブで構成された階層型ネットワークだからそうだよなと。一方でノードの欠損や付加に対しては極めて安定ですね。誰がやめてもあまりダメージ大きくならないように組織設計されているしね。
コロナパンデミックで学会などがオンライン開催に移行していて、弱い紐帯的なネットワーク形成というのは当たり前に重要になっていて、それはグローバルなものとして捉えないとあかんよなと感じた次第です。今更硬くて脆いネットワークに縛られる人生設計はありえないでしょう。
社会と経済:枠組みと原則18102020 bioinformatics life
Kindle Fire10を購入した
つい先日のprime dayでkindle fire10を購入した。もともと8を使っていたのだけどバッテリーがヘタってきたのと最近固定レイアウトの書籍もkindleで読むことが増えたので大きいサイズに変えたくなったのだ。
Fire HD 10 タブレット ブラック (10インチHDディスプレイ) 32GBなんといっても羊土社の実験医学を拡大せずに読めるのが嬉しい。fire8で拡大して読んで縮小しながらページ送りするのは相当な苦痛であった。
実験医学 2020年11月 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学〜数理科学にもとづく腸内デザインで層別化医療・ヘルスケアに挑む10102020 bioinformatics
バリアントデータ検索&活用 #VariantRecipe
台風で自宅警備していたのと、久しぶりに読書をする時間があったのでほぼ一日かけてバリアントデータ解析の本を読んだ。
結論から言うと、大変良いので皆さんもとっとと購入して読みましょう。実験医学の別冊は値段のお高さで定評があるけど、旬の情報（日本語での）への自分への投資と考えると費用対効果は高いと思います。
バリアントデータ検索&活用 変異・多型情報を使いこなす達人レシピ (実験医学別冊)自分のニーズとしてはAZの5RフレームワークでいうところのRight Targetにあるので、やはりChapter1が一番面白かったし、時間も割いて読んだ。Chapter2はどっちかというとRight Patientに対応するのかな？このあたりは弱いので他の人に任せたい。Chapter3のがんはちょっと興味があるけど、免疫の章があるとより嬉しかった。 あとCOLUMNが読み物としては一番面白かった。
Chapter1は特にClinVarとGWAS Catalogの使い方が丁寧に説明されていてよかった。Resultの見方でよくわからん項目などあったので、丁寧に説明してあってなるほどーと思った。
ただ、ClinVarなどでPathogenicな変異（ミスセンス変異とか）がアミノ酸にマップされて、タンパク質の三次元構造のどの位置にあたるかが判明してもその変異と疾患との関係性はどっちかという物理化学の範疇になってしまい、そこから先はメディシナルケミスト的な素養が必要になってくると思うので本書ではそこまでは踏み込んでいなかった。
04102020 life accounting
Accounting Hacks
キャッシュフロー計算書の存在意義がよくわからなかったのだけど、粉飾とか黒字倒産を見破るツールとしては非常に有効であることを理解した。
会計をハックすなわちどう粉飾するかという手口から理解するのが会計のメカニズムを理解するのが私にとっては手っ取り早いので、この本は非常に役に立った。
粉飾&黒字倒産を読む 「あぶない決算書」を見抜く技術- P/Lを偽装するとキャッシュフロー計算書が歪む
- 貸付による支出は粉飾の際よく見られる
- 売上債権回転期間、棚卸資産回転期間が長期化している場合は注意
- 仕入債務回転期間が伸びている場合、信用不安の可能性をチェック
- 一人あたり売上高の急激な伸びに注意
- 借り入れなどの財務CFや投資CFの支出を営業CFの入金として処理するのがCF改ざんの手口
- 増資の資金を貸付として資金提供者に還流したり、現物を過大見積もりするのが架空増資の手口
こっちの本は、利益剰余金をどう捉えるかという観点で説明してあって、流し読みにちょうどよかった
ここがツボ!3つの数字だけでわかる決算書の読み方―会計知識がなくても、IFRS適用会社の決算書も、かんたんに読める- 決算の中心は貸借対照表（財政状態計算書）
- キャッシュフロー計算書は黒字倒産を把握するために開発されたツール
- IFRSでは経常利益がなくなる
エンゲージメント カンパニー
暇だったので読んでみた。
小川糸の食堂かたつむり的な独善的なストーリー展開はちょっと好みではないが、このストーリーのおかげで速読しやすかった。つまりエビデンスがちょっとあれだなーと思う部分が多々見受けられた。
エンゲージメント カンパニー250ページを大体1時間強で読み終えた。最近のスタートアップとかでは当たり前の採用手法や働き方を、それを知らないような（伝統的な）企業の人事の人達にストーリー仕立てで伝えて、彼らのマインドをアップデートさせることを目的としているような本かな。
わかった気にさせる本としてはよいと思った。実践できるかどうかは全く別でしょうな。
- ワーク・ライフ・フィット
- リファラル採用
- WIIFM
- Rational, Emotional, Motivational
- オンボーディング
- エンゲージメントカンパニーとは
食堂かたつむり
食堂かたつむり (ポプラ文庫)