Drkcore

10 07 2006 chemoinformatics Tweet

mol2psイイ!

ケムインフォマティクスに虚空投げで知ったmol2psを試した。綺麗!

mol2pstest

当分これに落ち着く予感。思えば色々試したもんだ。

  • JChemPaint
  • CML2SVG(Perl)
  • CDKで構造描画
  • Chemrubyで構造描画 PNGに出力だ!

長い道のりだった。

さて、mol2psはpascalで書かれてますよ。初pascalというわけで、バイナリを使わず、若気のいたりで? コンパイルしてみることにした。

まずfpcは普通にyumでいれる。

yum install fpc

fpcがインストールされたら早速コンパイル。

fpc mol2ps.pas -S2 -Xs -OG -Or -O2u -Op1

出来たmol2psを/usr/local/binにコピー(OKこんだけ)

ただ、これだとperlで使いにくいので、p2cでcコードに変換してからh2xs使ってPerlのモジュールに出来たらいいなぁってことで、やってみた。

p2cはpascalをcのコードに変換してくれるらしい。p2c-1.22-14.src.rpmとってきてリビルド

rpmbuild --rebuild p2c-1.22-14.src.rpm

するとp2cコマンドが出来るので

p2c mol2ps.pas

できたCのソースをいじってh2xsでperlのモジュールにすればいいはずなんだが、うまくCのコードに変換されなかった。どうもS2オプションがよくないらしい。

  -M<x>  set language mode to <x>
      -Mfpc      free pascal dialect (default)
      -Mobjfpc   switch some Delphi 2 extensions on
      -Mdelphi   tries to be Delphi compatible
  -S<x>  syntax options:
      -S2        same as -Mobjfpc

うーん4000行くらいか、、、、頑張ってperlに移植したい気もするなぁ。GSAPIなんかと組み合わせれば個人的に使い勝手のいいモジュールが出来そうな気がするんだが。

About

  • もう5年目(wishlistありマス♡)
  • 最近はPythonとDeepLearning
  • 日本酒自粛中
  • ドラムンベースからミニマルまで
  • ポケモンGOゆるめ

Tag

Python Deep Learning javascript chemoinformatics Emacs sake and more...

Ad

© kzfm 2003-2021