ちょっと作業したのでついでにドキュメントも更新して0.3.4にした。

ATC分類でレベル1がAつまり消化管と代謝作用の分子を探してみる。

::: python
>>> from pychembldb import *
>>> for c in chembldb.query(AtcClassification).filter_by(level1="A"):
...   for mol in c.molecules:
...     print mol.pref_name
... 
SODIUM FLUORIDE
SODIUM MONOFLUOROPHOSPHATE
OLAFLUR
SODIUM FLUORIDE
HYDROGEN PEROXIDE
CHLORHEXIDINE
AMPHOTERICIN B

ATC分類と認証日を表示させる

>>> for p in chembldb.query(Product).limit(10):
...   for m in p.molecules:
...     for c in m.atc_classifications:
...       print m.pref_name, p.approval_date, c.level1
... 
SULFAPYRIDINE 1982-01-01 J
HEPARIN SODIUM 1982-01-01 C
HEPARIN SODIUM 1982-01-01 C
HEPARIN SODIUM 1982-01-01 B
HEPARIN SODIUM 1982-01-01 B
HEPARIN SODIUM 1982-01-01 S

chemblのpythonインターフェースであるpychembldbをchemblの最新リリース(18)に対応させました。

ついでに前回の勉強会でクラス名がわかりにくいと指摘されたので、その部分をちょっと修正。

これでスキーマ図を見ながらクエリを組み立て易くなっていると思います。

尚、クラスの名前付けルールは

• クラス名は単数形
• キャメルケース
• lookupとDictionaryはつけてもつけなくてもOK

具体的には以下のクラスは別名をつけてあります。

Cell = CellDictionary
Target = TargetDictionary
Molecule = MoleculeDictionary
Curation = CurationLookup
DataValidity = DataValidityLookup
ActivityStd = ActivityStdLookup
ConfidenceScore = ConfidenceScoreLookup

ChemblId = ChemblIdLookup

さぁ、コレでもなぞるかと思ったらリレーションが定義されてなかった。

修正しなきゃ

それから来月の5日に勉強会やります。発表内容を更新しました。

• Check.IOのハンズオン @y_sama
• DBCLSでのRedmineの使われ方の話 @h_ono
• RDKitの話 @iwatobipen
• メドケム的な話 @hironagasue
• (15min) DBCLSの紹介 @bonohu
• (5min) 統合TVのなかで創薬に役立つ番組の紹介 @bg7860
• (5min) RedMineの話 @No_6
• (5min) Redmineの話２ @kzfmix

Objective-Cよりは書きやすそう。

Xcode6 betaを落としてSwiftを少し触ってみたなどを参考に遊んでいた。

久しぶりに家でコード書いた(最近は読書とウォーズの日々だった)。

梅雨開けには復調したいところ…

やる気のない状態に慣れまくっているのでわからんけどｗ

初段のヒトだったと思う、高美濃にしたのが失敗だった。

ダイレクト向かい飛車

19手目4四歩をするかどうか迷ったけど、ちゃんと手当しておけばよかった。

これもダイレクト向かい飛車

77手目からの受けを間違えて超ピンチになって焦った。

ダイレクト向かい飛車は6五角があるものと思って指さないといけないですね。

ダイレクト向かい飛車徹底ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
大石 直嗣
マイナビ / 1620円 ( 2013-06-13 )

一ヶ月前はとめてたけど、ダイレクト向かい飛車がなかなか楽しいので最近は気分次第で開けっ放しにしたりしてます。

ダイレクト向かい飛車徹底ガイド
大石 直嗣
マイナビ / ?円 ( 2013-06-13 )

棒銀指向の相手だと逆棒銀っぽくなって戦略が立てやすい（自分で歩を上げたりしなくても向こうの方から上がってきてくれるので）

よくわかる四間飛車の内容がわかるようになってきた。

でも、舟囲いで棒銀とか、右四間飛車とかあまりあたらないなぁ。

よくわかる四間飛車
藤倉 勇樹
マイナビ / ?円 ( 2011-11-23 )

このシリーズはKindleだと半額以下で買えるのでお得と思って調べたら振り飛車系のものしかKindle化されていなかった（なぜ？）

よくわかる振り飛車穴熊 (マイナビ将棋BOOKS)
佐藤 和俊
マイナビ / ?円 ( 2011-05-25 )

よくわかる石田流
高崎 一生
マイナビ / ?円 ( 2012-01-25 )

中田さんのPubChemQC Projectのスライドを見ながら、「あー、昔chembl版欲しいなと思っていたけど今だとsurechembl版が欲しいなぁ」と思った。

ついでに、もっとインタラクションよりのデータがあればなーという方向に妄想は膨らんだ。つまり、PDBでリガンド入りの複合体結晶構造のPIEDAのデータベースあれば嬉しいなぁと思った。

たっせいりつ、二桁台にもどった、よかった♡

相手の得意先方が棒金だったのでこれはカニカニか！と指し始めたけど、やっぱ四間飛車がいいやと銀を戻し直したのでちぐはぐになってしまった（なんとなく居玉がねぇ…ｗ）

僕は棒銀はあまりやらないけど、最新棒銀は読んで面白い。

なんでも棒銀 (将棋必勝シリーズ)
森下 卓
創元社 / 1404円 ( 2004-04 )

最新 棒銀戦法―単純かつ破壊力抜群! (将棋必勝シリーズ)
青野 照市
創元社 / 1296円 ( 2001-02 )

いわしかくにん、よかった♡　(画像はイメージです)

今回は

• Redmineの事例
• 統合TV
• RDKit
• Check.IO

Redmineの事例はLT含めると3演題くらいになると思います。カルチャーの違いで何が受けるか分からない（うちはスクラムダメだったw）ので試行錯誤の共有化ができればいいなと思っています。

Check.IOは初心者向けのハンズオンになると思うので、ちょっとプログラミングにも興味あるんだけどなーという方は参加するとPythonを楽しみながら学べると思います。

時間に余裕があればggplot,pandas,scikit-learnなんかもやれればいいなと思っています。

• Mishima.syk #3
• Mishima.syk #3 懇親会

皆様の参加をお待ちしています☆

globとosモジュールを使う

>>> import os, glob
>>> max(glob.iglob('*.txt'), key=os.path.getctime)
'list_sample.txt'

参考

• Python: Find newest file with .MP3 extension in directory

みんなのPython 第3版
柴田 淳
SBクリエイティブ株式会社 / ?円 ( 2013-12-04 )