06072014 三島 chemoinformatics

Mishima.syk #3やりました

発表者の方、参加者の方お疲れ様でした。

RedmineのLTのは生々しいのでpandasの話だけslideshareにあげてあります。

今回新しく試したことはQuestantを使ったアンケートを用意したことかな。あと、一次会の予約が通ってなくて（あの店はあるあるなので気にしないｗ）ちょっと狭い部屋になったけど、懇親の密度があがって結果オーライですね(二次会の分くらいまで飲んでたしｗ)

次回もよろしくお願いします☆

三島バルあたりにぶつけられればと考えていますｗ

ProductName Pythonによるデータ分析入門 ―NumPy、pandasを使ったデータ処理
Wes McKinney
オライリージャパン / 3780円 ( 2013-12-26 )


03072014 chemoinformatics Python

RDKitでFatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread

homebrewのRDKit入れたらこんなエラーに遭遇

$ python mkdesc.py 
Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread
Abort trap: 6

調べたらboost関連らしい。

brew rm boost
brew install --with-icu --build-from-source boost
brew uninstall rdkit
brew install rdkit

で動くようになったけど brew installで再度boostのインストールを始めたので２番目のboostのインストールは必要ないかもしれない

01072014 life 将棋

淡々 -> 情熱

先々週くらいのNHK杯で勝った森下卓九段を調べてたら、「将棋への情熱が蘇った」とかあって、僕の燃え尽きたやる気甦れ的にとても興味が湧いたので居飛車の勉強も始めてしまったｗ

初段に勝つ矢倉を読んで機械相手に指していたんだけど、将皇には勝てるのに何故かハムには苦戦しているｗ

ProductName 初段に勝つ矢倉戦法 (将棋必勝シリーズ)
森下 卓
創元社 / 1404円 ( 2003-02 )


30062014 life

Simple Dietで痩せまぁす！(python-ggplotで体重推移をプロットしてみた)

土曜日の資料を作りつつggplotの時系列データがないなーと思っていたらSimple DietはGoogle Driveにデータをエクスポート出来ることを思い出して早速使ってみた。

loessのフィッテイングだとこれ以上は体重は減らないように見える（というより20歳以後もっとも体重が減ったｗ）

weight

というわけでSimple Dietで記録したら痩せましたという話です。

定量的なフィードバックが得られるので、どのくらい食べると増加傾向（減少傾向）になるというのが理解でき、自分の意志で食べる量をコントロールできるようになって無理なく痩せられたので自分には合った方法だった。

import pandas as pd
from ggplot import *
import numpy as np

d = pd.read_csv("SimpleWeight.csv", parse_dates=[0])
d['nw'] = d['Weight'] / ****

p = ggplot(aes(x='Date', y='nw'), data=d) + \
    geom_point(color='lightblue') + \
    stat_smooth(span=.15, color='black', se=True) + \
    ggtitle("Simple Diet") + \
    xlab("Date") + \
    ylab("Weight")

ggsave("weight.png", p)

30062014 chemoinformatics Python

土曜日はpython-ggplotの話もします

ChEMBLからデータを取ってきて、活性が強いほど色が濃くなってドットのサイズも大きくなるようにしてみた。python-ggplotを使うと数行で描くことができるので調子いいですみたいな話をします。

あとはscikit-learnとrdkitで予測モデルを作ったりクラスタリングをしたりといった話もできればなーと考えているので、 興味があれば参加して下さい。

import pandas as pd
from ggplot import *
import numpy as np

d = pd.read_csv("syk.csv")
d["pIC50"] = 9 - np.log10(d["IC50"])
print d

p = ggplot(aes(x='MWT', y='ALOGP', color="pIC50", size="pIC50"), data=d) + geom_point()
#print p
ggsave("2dplot.png", p)

1404120520

29062014 life 将棋

相振りもちょっと苦手

相手の美濃囲いに何も出来ずに終了したｗ

精進しなきゃなーと

ProductName 角交換四間飛車 最新ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
門倉 啓太
マイナビ / 1575円 ( 2013-11-13 )


29062014 三島 chemoinformatics

今週末はMishima.sykです

ただいま、絶賛スライド作成中です。

なんというかscikit-learnのインストールではまっていたｗ。というより色々やっているうちにpipが壊れてわけがわからんようになったのでsofを見ながら治した。治療ｗ

brew install python --build-from-source
sudo pip install numpy --upgrade
sudo pip install matplotlib --upgrade
sudo pip install scikit-learn --upgrade
sudo pip install ggplot --upgrade
sudo pip install psycopg2 --upgrade
sudo pip install pychembldb --upgrade

/usr/bin/pythonを使うならScipy Superpackでいいんだけどね。homebrewのpythonで使うならこっちを見ながら。

ちなみに

brew install gfortran

のところは

brew install gcc

でいいです（今はgfortranはgccに含まれているので）

27062014 life 将棋

振り飛車蟻塚

このAA結構好き

　　　　　　／/ 
　　　　 ／　/　　　ﾊﾟｶ 
　　　 //⌒)∩＿＿∩ 
　　　/.|　.| ノ　　　　　ヽ 
　　 /　|　| 　●　　　● | 
　　/ 　|　彡　　( _●_)　ミ 　　＜9二香 
　 /　　|　ヽ　　|∪|　　/＿ 
　/／　│　　　ヽノ　　＼／ 
　"￣￣￣￣￣￣￣（..ノ

　　　 ∩＿＿＿∩ 
　　　 | ノ　　　　　 ヽ 
　　 /　　●　　　● |＿＿　 
　／|　　　　( _●_)　|　 ／　　 ＜9一玉　 
　￣￣￣￣￣￣￣ ￣

　　　　　　　　　ﾊﾟﾀﾝ 
　　 ＿＿＿＿＿＿＿＿ 
　／　　　　　　　　　　／　　　 ＜8二銀

尚、以下は振り穴ではなく、振り蟻なので間違えないように。

ホジホジされて追い出された蟻の王…

ProductName HUNTER×HUNTER 24 (ジャンプコミックスDIGITAL)
冨樫 義博
集英社 / ?円 ( 2012-12-03 )


24062014 life 将棋

ゴキ強すぎ

今の級より上のゴキ中使いにあたると取っ掛かりすらつかめないで負けることが多い

ProductName テラフォーマーズ 9 (ヤングジャンプコミックス)
橘 賢一
集英社 / 555円 ( 2014-05-19 )


28手で戦意喪失

これは、なんか粘って切れ勝ちしたけど実質詰んだ…

ゴキ中対策しておかないと…

ー直線穴熊も面白そう。

ProductName 中飛車破り 一直線穴熊徹底ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
髙見 泰地
マイナビ / ?円 ( 2013-08-13 )


超速3七銀は定跡覚えるのが大変なの？

ProductName 決定版！超速▲３七銀戦法 (マイナビ将棋BOOKS)
畠山成幸
マイナビ / ?円 ( 2014-04-23 )


22062014 chemoinformatics

RDKitのアップグレード

久々にRDKitをアップグレードしようかなと、

brew upgrade rdkit

したら

Error: Failure while executing: git pull -q origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

というエラーが出たのでここ見て対処。

尚、RDKitは次回の勉強会で@iwatobipenに紹介してもらえるので、興味があれば参加すればいいと思います。（というより、こういう場でないとRDKitの話は聞けないのでは…）

僕はpythonでinformaticsとか機械学習するためのライブラリの話をします。そして@y_samaがpythonを楽しく学ぶためのサイトを紹介するので、みんなpythonistaまっしぐらですねｗ

静岡中部はGoにちょっと食われつつあるけど、東部のあたりをPythonで染めてバランスをとればいいですねｗ (最近Haskell書いてない…)

  • 13:00 - 13:30 準備と自己紹介など
  • 13:30 - 13:45 DBCLSの紹介 @bonohu
  • 13:45 - 14:00 統合TV統計とRedmine導入記 @h_ono
  • 14:00 - 14:05 統合TVのなかで創薬に役立つ番組の紹介 @bg7860
  • 14:05 - 14:10 RedMine (タスクかくにん！よかった♡（仮）) @No_6
  • 14:10 - 14:15 Redmineの話２ @kzfmix
  • 14:15 -14:30 休憩
  • 14:30 - 14:45 メドケム的な話 @hironagasue
  • 14:45-15:00 RDKitの話 @iwatobipen
  • 15:00 - 15:15 休憩
  • 15:15 - 15:45 pandas, ggplot, scikit-learnを熱く語る的な(仮) @kzfmix
  • 15:45 - 16:15 check.io ハンズオン @y_sama
  • 16:15 - 16:45 ハンズオン続き（または予備）
  • 16:45 - 17:00 後片付け->懇親会へ移動

最近静岡の勉強会に行けてないので、そろそろ参加したいところ…