有機化学のための分子間力入門

博多からの帰りの新幹線で読んだ。名古屋までに読み終えたから、集中して読めば2,3時間の分量といったところ

共有結合を超えたところの、水素結合とか、π-π相互作用とかの話です。

有機化学のための分子間力入門
西尾 元宏

おすすめ平均
21世紀の分子間力の理解に

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ステリックやエレクトロスタティックな効果で超分子(蛋白-リガンド複合体)とかを理解するのは限界があるのは明らかなんで、いわゆる弱い結合を定量化していく必要があるといわれてますな。

そういった、弱い結合に関しての教科書的な本がこれではないかと思います。論文読んでもよいのですが、なかなかまとまったものが無いのと、理論的な考察は極度に単純化されていたりするので、こういった本でイメージをつかむのが良いかとおもったりする。もちろんイメージしないほうがいい(できない)ような相互作用もあると思いますがそういったのも含めて、自分の中で整理できる本だと思います。

とはいえ、インデュースドフィットとかは時間をおわなければならんでしょうから、もう少しシミュレーション的な方法論を適用するとしても、スナップショット的な状態を"きちんと"評価したいなぁと思うのは、量子生物学者的には自然かと。

まぁ、そんな感じで、生命論を量子論で記述するのも楽しいカモと思っている人(特に量子化学からこっちにきたヒト)にはなかなかためになる本だと思っていますヨ。

ゲノム解析アルゴリズムをリバース・エンジニアリングに応用

某MLより。発現量にpower-lowがあるとかいう話といい、システムとしての生物学とかその逆はなかなか面白いかもしれんとは思っています。

Wired News - ゲノム解析アルゴリズムをリバース・エンジニアリングに応用 - : Hotwired

「莫大な量の情報から相互関係を元に規則正しく階層化された分類を作り出すという課題は、どこにでも発生する。バイオインフォマティクスにおける解決策が、理解の遅れている他の巨大ネットワークの分野に適用されたとしても、私は驚かない」とカミンスキー氏は語った。

生物学の側では、ロックフェラー大学のテリー・ガースターランド準教授(ゲノム情報解析)も、生物学から発生したアルゴリズムには幅広い用途があるという考えに同意する。同時に、生物学者にも、他の分野から学ぶべき方法があると言う。

「ネットワーク言語を解読するという課題と、DNAの中にある符号を見つけるという課題は、どちらも機械の学習の課題に関連する事例だ。両者を研究することで情報通信の普遍原理を見つけられることは、ほぼ間違いない」とガースターランド準教授は述べた。

朝霧JAM

初日はなんとかもったけど、二日目は雨が降り続き、去年のようにマッタリした気分は味わえませんでしたが、これはこれで野外フェス?みたいな。

正直mogwaiは良かった。そして、フェイスレスの「ワカリヤスサ」はアレはアレでアリかなぁ?気持ちよかったけど、印象薄。ヲヲ~となったのはやっぱmogwaiだたヨ

ところで、去年はグリーンパークから荷物をガラガラひいて歩いたが、今年はすんなりバスに乗れた、OK。一昨年は、バスなんてキヤシネーとか、「夜遅くまで往復してます~」とか言っといてあっさりフェイクで、泣く泣く一日2往復したことを考えると、アクセスは良くなっているっぽい。それと同時に、ヒト増量中?確実にシテマスヨネみたいな。

あとキャンプサイトがあんだけ広い割にはトイレの数は少ないのが困った系。去年と同じとこらへん(Mに張った)けど、去年あんなに待ったかな?と自己問答を繰り返しても、まだまだ並んでるヨ?マジデスカくらい待った、ついでにヒトは雨降るとトイレが近く、長くなるのかなぁとかという仮説をたててみたけど、どうもそうではないという結論に達した。そういうところからも、やっぱしヒトは増えていることを感じたわけダ。

要するに密度が増えると、いままでは目立たない些細なことが問題になったりとかする。テントも密集せざるをえないしなぁ。

とか言っといて、やっぱ、野外フェスはタノシイデスナ。また来年。

nudio

パカッと開くとたまにプチッと電源が切れる僕の駄目端末だが、その頻度も高くなりだしたので、最近やっと買い換えようかなと思い始めいているノダ。

お盆頃から迷惑メールが多くなり(特にybbが非常に多い)、身に付けるのも嫌になっちゃって、かばんの中に入れっぱなしなうえ、夜もうるさいので電源切っちゃう日々が続いていて、新端末なんてイラネージャンと思っていたところいい感じの端末が出るらしいという情報を掴み、物欲がちょっとわきそうになった。

ITmediaモバイル:ボーダフォン、デザイン端末第2弾「nudio」

ボーダフォンは10月4日、デザインにフォーカスした新端末「nudio-V602T」(東芝製)を発表した。

nudioは、Nude(素)+io(イタリア語で自分)からなる造語。形状だけでなく素材感に着目し、表面素材の質感にこだわった。「metal」は表面にディンプル(穴)の、「ceramic」はストライプ状の模様を成形してある。

でもKOTOのが良くないか?あれで、カメラの画素数がもっとあればそっち買うね。でもとりあえず実物を見に行こうと思ってる

タッチグラフ

いまさらながら、タッチグラフなどいじくって喜んでみたり。

『グーグル』を超える新たな検索ツール
 「検索は進化する必要がある。グーグルのように、ウェブ上をロボットで巡回したページをわかりにくい形で提供しているだけではいけない。ユーザーはどんどん賢くなり、よりよい検索結果やパワフルな検索体験を求めている。情報の全体像をとらえる方法があるとわかれば、皆そうしたいと思うだろう」とピットマンCEOは語った。

チップのネットワーク表示って、こんな風に「触ってる感」が足りなくニャイカ?あれこそ、「情報の全体像をお手軽に捉えるべきもの」なのに、などと思いながら、マウスで引っ張ってみたり、それに飽きてみたり。

免疫アルゴリズム

「C マガジン」に免疫アルゴリズムの特集があって、ちょっと立ち読みをしたところ、なかなか面白そう。ドッキングシミュレーションとかに組み込むのもいいかもしれん。DNAチップでも使えるかな?

C MAGAZINE 2004年10月号
最適化問題の定義、厳密解と近似解、竭陬の特徴とK化問題Aしらみつぶしで厳密解を求める、ランダムサーチで近似解を求める、山登り法で解を求める、巡回セールスマン問題を解く、遺伝的アルゴリズムとは、進化論と遺伝の法則、遺伝的アルゴリズムで巡回セールスマン問題を解く、免疫アルゴリズムとは、免疫のしくみ、免疫アルゴリズムで巡回セールスマン問題を解く、免疫アルゴリズムと遺伝的アルゴリズムの違い、免疫アルゴリズムで巡回セールスマン問題以外の問題を解く

ただ、perl使いなので、ひまを見てperlで実装してみたい気もするが、いい機会なのでeclipseでも覚えようか迷うところ。

琴平

協和発酵前の讃岐うどん屋へ。頼んだのは「海老天カレーうどん」

饂飩を食べるなら大体ココ。それにしても、ここらへんは蕎麦屋は多いがうどん屋さんは少ない(といっても、うどんはあまり食べませんが)。

一杯やりながらつまみたいところだが、ロケーション的にちょっとなと思う場所ではアル。

大体ここらへん

朝霧JAM

タイムテーブルでましたね。MOGWAI、ROVOなど気になりますが、MOONSHINE STAGEのマッタリ感に惹かれてそっちばっか行ってるかも 。

It's a beautiful day
JAH SHAKA
DJ COJIE from MIGHTY CROWN
FREDERIC GALLIANO with African Diva
GRANDADBOB

JAH SHAKAなんて、多分Zettai-mu以来ですヨ。

延命そば

赤岳登山の帰りは、「道の駅小淵沢」で温泉に入ってから「蕎麦」ダ。

地元のおばあちゃんが集まって、手打ち蕎麦処をやっているらしい。入ってすぐにガラス張りの打ち台があって、蕎麦打ちをしているところが見えます。僕らが入ったときは丁度切りの作業をやっていて、見入った。僕もこんな風に慣れた手つきで包丁を扱いたいもんです。

ただし、接客が今ひとつで、明らかにヒトが足りなくて、客を捌けません。(というか案内すら出来ない状況だった)というわけで、僕らが店を出るまでに、4組ぐらいは、不満顔で出て行っちゃったみたいだった。実際僕らも蕎麦打ちを15分ほど見させられたが、ゆったりした気持ちで臨めた(風呂入ったから)

メニューは「盛り」と「大盛り」しかなく、頼んだのは「盛り」ですが、待った甲斐あって、蕎麦は期待できそうな感じです。

実際、蕎麦のいい香りもして、今回も「当たり」でした。辛汁だけ、ちょっと甘くて、残念。あと、やっぱ、ナミナミ注がれているので、蕎麦湯で難儀。蕎麦湯は「うどん」がメニューにないので安心して飲めた。

蕎麦羊羹と冥加の甘酢漬がついていて、どちらもうまかった。特に蕎麦羊羹の甘味と柔らかさのバランスが絶品。柿入りか?

カブロボコンテスト

めっちゃ気になる。

大会概要 | カブロボ・コンテスト

株やプログラムの未経験者から上級者まで 誰もが参加できる「知的チャレンジ」

カブロボ・コンテストは、PC上で動作するソフトウェアのロボット(ソフトウエア・エージェント)のプログラムを作成して株の売買を自動で行い、その運用成績を競うものです。コンテスト期間中は、そのロボットに対して参加者が指示を出すことはできません。 参加者があらかじめ設定したプログラムに従ってソフトウェアのロボットが売買を行います。

カブロボ・コンテストは、プログラミングの未経験者から上級者まで、それぞれに楽しめる工夫がされています。 未経験者には、Webブラウザを使ってコンピュータと対話しながらアルゴリズムを設定できる簡易ロボットを提供します。 またプログラム初心者でも、サンプルロボット(コード)を改造することで、ゲーム感覚で楽しみながら最先端のプログラミング技術を身に付けていくことが可能です。