Drkcore

13082007 SICP

church数のこと

一週間ぐらい前にchurch数のことがわかったときには

SICPも二章に入って、最初の盛り上がりがやってきたヨ！

なんつって喜んでエントリ書きかけてたんだけど、今となってはどうでもよくなってきた。むしろラムダに傾いたっていうか、TuringとChurchの狭間での髭剃りのほうが気になる。

lamdash

関数型言語に目覚めた30代におくるラムダッシュ！bluetoothで剃った髭の数を最寄りのフィボナッチ数でお知らせ!みたいなITシェーバーだったらコンテンツマッチ広告といえるじゃろが、444じゃなぁ、、、世界が驚いてもナナロク世代は驚かん(しかもナナロク世代じゃないし)

haskellでchurch数を後でちゃんと読む。

12082007 ramen 芝川

芝川の百番でラーメンと唐揚げ

お盆なので、みんなはU隊長の実家に帰省だが、僕はお盆休みがないのでみんなを富士宮を送リ届けるのが今日の任務。それにしても西富士道路があんなに混んでるとは、、、、有料道路の意味ないじゃんと思った。

さて、僕自身は久々の富士宮(芝川?)遠征なので、お昼いいとこないかなーとネットでチェックしてたら、今昔とか京とか鰻屋とかいったことあるとこしか出てこなかったので、

これは芝川グルメを制覇したかな?

と思ったが、よくよく探すと百番という中華料理屋がなかなかいけてるというのを見つけたのでお昼候補にあげてみた。で、向こうに着いたときにお義母さんに百番って美味いらしいんですけどどうなんですかって聞いたら、

あー、あそこは親戚だよ、十番でしょ？マァマァじゃねーの

と言われた。U隊長も親戚だって知らないし、お義母さんも店名間違うほどの遠い親戚らしいんだが、他にお奨めないからということでとりあえず行ってみることにした。

店は古きよきというかホノボノ系だが、地元のおっさんやらおばさんで賑わってていい感じ。伊豆に行ったときの南京亭みたいな感じでまったり（下田もまた行きたいな）。

肉が二割強しかないと評されるから揚げとワンタンメンを注文。あと餃子やらライスやらなんやらかんやら注文してた。

ワンタンメンはちょっと手打ち風(手打ちなのかな)の縮れた幅の広い麺で好き。あとスープは鶏とか豚の醤油スープでシンプルで飽きの来ない感じ。たまに食べるといいし、店の雰囲気どおりの味。

唐揚げはヤバイ。一皿1200円程度するから覚悟はしてたけど、山盛り。あとホントに肉が少なくて衣がサクサクしていてちょっとびっくりした。なんか海老せんみたいなものを一緒に混ぜてあげてんのかな?食感が面白い。

満足。

12082007 chemoinformatics perl bioinformatics

リストの要素の親の要素を知りたい場合

さて、bioinformaticsとかchemoinformaticsとか言われてるようなアレは、化学とか生物学に対して情報学的観点からアプローチしたりするわけです。こういう点から見ると、薬ってもんは蛋白質にうまいことはまる鍵みたいなもんで、蛋白質の穴にいい感じではまるような化合物を(コンピュータを駆使して)設計していくのが(コンピュテーショナルな)ドラッグデザイン(CADD)という分野だヨ。

で、蛋白質というものは複数のアミノ酸から構成され(100から数百)そしてアミノ酸は20種類程度存在し、それぞれ数十の原子から構成されているわけだ。要するに一対多の階層構造をとる。

protein -> amino-acid -> atom

みたいな。

蛋白質の階層

でそれぞれprotein aminoacid(aa) atomみたいなクラスを用意すれば

$atom1 = Atom->new({name => 'C1', type => 'C'});
...
$aa1 = AminoAcid->new({name => 'GLY', atoms => [$atom1, $atom2, ]})
...
$protein = Protein->new({name=> 'ProteinA', aminoacids => [$aa1,$aa2,$aa3...]});

みたいにそれぞれ配列に突っ込めば蛋白質を表現できて、あるatomオブジェクトを与えられた場合にそれがどのアミノ酸に属しているのか調べるのに

for my $aminoacid ($protein->aminoacids){
    for my $atom ($aminoacid->atoms){
        return $aminoacid if $qatom == $atom;
    }
}

みたいにdepthfirstで探索していけばいいんだろうけど、ちょっと探索効率が悪いので、atomオブジェクトに $atom->{parent} = $parent_aminoacidみたいに親のアミノ酸オブジェクト返すような属性追加したんだけど、これだと構造が複雑になってなんか気持ち悪い。

他にうまいやり方ってあんのかなと思ったお盆の夏2007。

12082007 music

PERCUSSION MADDNESS REVISITED

なにやらヨサゲなかほりがしますが。

PERCUSSION MADDNESS REVISITED
LOUIE VEGA PRESENTS LUISITO QUINTERO
BBE/VEGA RECORDS/PRIMITIVE / ￥ 2,580 (2007-08-25)
近日発売　予約可

最近メケメケラテンハウスよりもunaiみたいなモゴーとかグホーとかいってるやつのほうが気持ちいいんだよねーとか思いつつも惰性で予約。まぁ、Nicola Conteもおるしな。

というわけで、ここんとこThe Sky Was Pink (Holden remix)をかけまくり。あとRAMのコンピのやつ。あれはなんか好きな曲といまいちな曲のギャップが激しいのでまだちゃんと全曲通して聴いてない。

10082007 music

メタモのチケットきた

盛り上がってきたヨ。

で、これ聴いてるけど統一感があまりない

METAMORPHOSE 07
オムニバス
インディペンデントレーベル / ￥ 3,200 (2007-07-25)
通常24時間以内に発送

まぁそこがいいということで。

10082007 awk

awkはLLなのかな

サイエンティフィックな仕事やってるヒト(特にMOとかMDとか?)でfortranとかcの境界あたりをいじってるヒトにとって、LLにあたるものはawkだったりするみたいだ。

履歴書にも

使える言語
- c
- awk

とか書くらしい。

っていうか、最近んそんな感じのヒトが入ってきたわけで、えーなんでawkなのーとか思ったけど、この界隈っていまだにshスクリプトバリバリだし胃実はawkも結構色々やれるのか?と思って彼の書くスクリプトに今から興味津々だ。

10082007 chemoinformatics perl

pngのメタデータにmol形式の文字列を埋め込む

OSRAがええよとか言ってたわけだが、そもそも画像のメタデータに構造情報埋め込めばいいやん的発想なのがこのエントリ。

use Image::ExifTool qw(:Public);
use XXX;

$info = ImageInfo('rosiglitazone.png');

XXX $info;

で実行

$ wget http://depth-first.com/demo/20070801/rosiglitazone.png
$ perl etest.pl rosiglitazone.png 
---
BitDepth: 8
ColorType: RGB with Alpha
Compression: Deflate/Inflate
Directory: .
ExifToolVersion: 6.90
FileModifyDate: 2007:08:01 21:18:16
FileName: rosiglitazone.png
FileSize: 8 kB
FileType: PNG
Filter: Adaptive
ImageHeight: 109
ImageSize: 327x109
ImageWidth: 327
Interlace: Noninterlaced
MIMEType: image/png
PixelUnits: Unknown
PixelsPerUnitX: 1
PixelsPerUnitY: 1
molfile: |-
  name
  params
  comments
   25 27  0  0  0  0  0  0  0  0  0 V2000
      1.6910   -6.1636    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      2.5571   -6.6636    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      3.4231   -6.1636    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      3.4231   -5.1636    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      2.5571   -4.6636    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      1.6910   -5.1636    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
      4.2891   -4.6636    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    ...
   23 19  1  0  0  0  0
   22 24  2  0  0  0  0
   20 25  2  0  0  0  0
  M  END
...
  at etest.pl line 6

論文のpdfとかもこういう感じで画像を埋め込んでくれればちょっとはデータが取り出しやすくていいかも。

09082007 Linux