06122007 chemoinformatics perl MAWP
Graphなどを使ってグラフ
なんかをコードを追いながら理解することができた。Primはこっちの説明が分かりやすくてお奨め。
Pythonだとnetworkxがあってこっちは視覚化できてよさげ。
chemoinformaticsでグラフは化合物の構造表現なんかでよく使う。というか、売り物ツールが勝手にやってくれるのであまりちゃんと理解してなかったんだけど、アルゴリズムしらないで理解しないで使うと痛い目見たりとか、中身がよく分からんので痒いところに手が届かない感じが嫌だなと思うことがあったので、MAWP読んで基本的なところをちょっと押さえた気になった。
そういえば、gSpanなんかで、部分構造いじってみたいと思ってたんだけど、放ってあるなぁ。
行列演算の章
でもPDLもMath::MatrixRealも突っ込んだことやるにはちょっと非力な感じなので、素直にRを使うのがよさげ。
となると、perlでRを扱うのにいまいちよさげなモジュールがないので行列演算するのはrpyが使えるPythonのほうがよいかなと思う。
Mastering Algorithms With Perlというわけで7章は軽くスルー。
また同じ理由により15章(statistics)も斜め読みして終了。それにしても統計の章は軽すぎ。もうちょっと突っ込んだほうがよいような気がするけど。
集合論
Mastering Algorithms With Perlkey値に名前でvalueがundefのハッシュを使って集合の計算をするという。なんかそういう実装のやり方って、、、読んでてかなりアレだった（途中で慣れたけど）。
Set::Scalarってモジュールで集合を扱えるがPythonには標準で集合扱えるようになってんだよね。
04122007 Catalyst chemoinformatics perl bioinformatics
Catalyst + Open Flash Chart: Fancy graphs with minimal fuss
こんなのが10分程度で作れてすごいいい感じ。昔作った遺伝子発現のやつをこっちにかえるといいかもしれん。
ちょっとしたもの作るにはChart::OFCもいいですな。
03122007 sake
先週末は而今をいただいた。
食後にまったりと呑むのがいい酒だな。ヨーグルトを思わせるような微かな酸味と甘さが日本酒っぽくないというか、醸し人九平次とかそっちに近いような。
人気が出るのが分かるような気がするなぁ。
03122007 chemoinformatics
02122007 富士
01122007 life
今日届いたので早速家族で遊び中
スキージャンプで着地の際、いないオーディエンスに向かって手を振ってしまったり。
特にヨガがよい。なにがよいかっていうと重心が見えるのがたまらん。
01122007 music drum'n'bass
なんか勢いで買った。
Zincが多いような。あのブリブリ感は好きなのでよい。
先日送別会をしたはずなのに、なぜか社員としてリニューアルしてたので、まったく同じ面子で歓迎会。
社員になると、いろいろ余計な仕事とかしがらみとか増えて大変だけど、まーがんばってくださいってことで。
アンキモと鉄皮、そしてお造り。
軽くビール、すぐに日本酒。今回もおまかせで。
相模灘の純米吟醸。いいねーこれは。飲み飽きしないですな。さらり感がよい。その後白隠正宗など。今回も日本酒に満足
蛸のサラダ、ルッコラが入ってたと思う。あと山葵のちょっと効いたドレッシングがまた酒とあう。
金華豚の塩茹で。これは旨かった。
そして金華豚のしゃぶしゃぶをつつきながら、色々と盛り上がった。
Mastering Algorithms With Perl
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Bingo Sessions Vol.3