PyConJp 2018に参加しました

去年は参加できなかったので今年は参加しました。

pythonの型の話が面白かったです。Are Python types Pythonic? それからjupyterの話も面白かった。

  • Build text classification models 突然キャンセルになって他の聞きたいセッションも満席になってた
  • 英語トラックなのに突然日本語にスイッチしてあれーってなった。準備不足だったのかな?

メルカリの人が多かった気がする。何年か前はソシャゲの会社が多かったけど。データサイエンス系のセッションは あまり多くなかった気がするのか興味のあるセッションが少なかっただけなのかはわからなかった。

ところで来年のPyCon APACはフィリピンだそうなので参加できたらいいなと思っている(Food.py)。

それからなんか発表したいけど、最近は創薬ネタしかないんだよなー。もっと家でコード書かないと駄目ですね。

蒲田の鳥万

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近所のビートル

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PyCon会場近くのにこまる三代目

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Shizuoka.py #7やりました

久しぶりに吉原のコミュニティFでShizuoka.pyをやりました。

今回人が4人しか集まらなくて時間を持て余すのではないかと危惧したけれど全員濃いネタを持ち寄ってきて大変楽しい時間を過ごせました。

今回の演題は

今回おやつに杉山フルーツの生ゼリーを買ってみました。食べたくなったら次回来れば良いと思います。

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pythonでdroneを飛ばす動画。DQNで訓練させて、絶対に捕まらないドローンとかできんのかな?w

懇親会は予約していなかったので、流れで会場の向かいの居酒屋入ろうとしたらオープンしてなかったので、近所のインド人の経営しているカレー屋さんにお邪魔しました。飲み放題とディナーのセットで3Kだったんだけど、生ビールがすぐに切れたらしくビール頼むと店員さんが近所の酒屋にダッシュしに行くらしく、申し訳ないので後半はワインを飲みましたw料理はすごく美味しいのでもっと流行るべきお店だと思いました。

写真は生ビールのグラスに瓶ビールを注ぐ図(Figure. 1)。 右図はシーカバブで大変美味しかった。

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ティッカかなんかとサラダ。奥のは左とは違う料理。

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カレーは二種類来てチキンとマトン。マトンのほうが辛いし、スパイスも効いていて好み。ナンはこのあと更に二枚来た。

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サービスで更に一皿頂いて満足

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Shizuoka.pyも始めて5年位経つけど継続的に集まれるのが良いですね。今後もゆるく楽しくやっていきたいですね。

人形の国の3巻がでてた

早速ポチった。これから東京に行くので新幹線の中で読もうっと

ProductName 人形の国(3) (シリウスコミックス)
弐瓶勉
講談社 / ?円 ( 2018-09-07 )


Psikit as a Electronic-Structure Informatics library

Now pen and I are planning to develop a library for a Electronic-Structure Informatics named Psikit (Psi4 + RDKit).

Which coding style do you like?

The repository is here.

psikit as a wrapper library?

import psikit
import numpy as np
from rdkit import Chem

psikit.core.set_output_file("out.dat", True)
psikit.set_memory('4 GB')
psikit.set_num_threads(4)

mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
benz = psikit.geometry(mol)
scf_e, scf_wfn = psikit.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = psikit.get_homo(scf_wfn)
LUMO = psikit.get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

or psikit as a set of util functions library?

import psi4
from psikit import mol2xyz, get_homo, get_lumo
import numpy as np
from rdkit import Chem
psi4.core.set_output_file("out.dat", True)
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
xyz, mol = mol2xyz(mol)
psi4.set_memory('4 GB')
psi4.set_num_threads(4)
benz = psi4.geometry(xyz)
scf_e, scf_wfn = psi4.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = get_homo(scf_wfn)
LUMO = get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

Psi4 install error

I got a this error. Conda always irritates me ;-)

>>> import psi4
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 55, in <module>
    from . import core
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 60, in <module>
    raise ImportError("{0}".format(err))
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

@rpathという変数がMacでは何らかの理由により正しく設定されないらしい

朝からイラツキすぎてまともに解決する気力もないので、当面放置するかも。これから買い物いかないといけないし。 それにしてもCondaよくわからんエラー多すぎるわ。RDKitもそうだったしさー。あんまよくないんじゃないの?職場では使ってないしー

forum見たけど報告されてないっぽいし、あとで気力が戻ったら投げておきます(未定)。

追記 0800くらい

エントリ書いて朝ごはん食べたら冷製になったのでなおした。

$ install_name_tool -change @rpath/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/pkgs/intel-openmp-2018.0.0-h8158457_8/lib/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so

久しぶりの大瀬崎

久しぶりに大瀬崎に行ってきた。コンディションはここ数年で一番良かったのでかなり潜っていた気がする。超楽しかった。

風は若干強めだったけどよく晴れたいた。

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透明度はこんな感じ。

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キンギョハナダイとスズメダイ

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ふぐとたい

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知らん魚とタカッパ

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岩の間にカサゴが隠れていたのと、チョウチョウウオ。カサゴは美味しそうなサイズだった(刺したかったw)

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今回は満足の大瀬崎だった。

Shizuoka.py #7やります

前回からかなり時間が経ってしまいましたが、Shizuoka.py #7やります

皆さまの参加をお待ちしています( ・`ω・´)

カオマンガイ作った

クックパッドを見ると鳥とご飯を一緒に炊くレシピばかりなのですが、鳥を茹でてからそのスープを使いタイ米を炊くのが正しいそうなのでその方法に倣ってつくってみた。鳥は沸騰したら弱火で7,8分煮てしっとり柔らかく仕上げるのがコツだそうです。沸騰した湯に鳥を入れて火をとめる、冷めたら鳥を取り出し再度沸騰させて鳥を再投入して火をとめるという手間のかかったレシピも発見したので今度余裕があるときに作ってみよう。

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余ったタイ米は次の日にカレーにして食べた。

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なお、カオマンガイとシンガポールライスって何が違うの?ってことで調べてみたんだけど、ソースの他に取りにどういうテクスチャを求めるのかで色々バリエーションがあるみたい

小洒落たプレート欲しいなぁ、どこかの火まつりでも行ってくるかな。

浅間神社にFPM来た

謎のドラえもん神社として一部では有名な富知六所浅間神社に、これまた一部では有名なFPMがDJに来るということなのでウキウキしながら行ってきた。

FPM知らんのなんてあれじゃねーかとか思うんだけど、一般人は知らないらしいですね(会社で調べてみたけどみんな知らんかった)。神社のDJタイムにも「あの人って有名なの?」とかいう会話が聞こえてきたし、先頭陣取って楽しそうに踊っている人と、後ろのほうで突っ立っているクラブ知らんのかな?っていう層で割とくっきり別れていたように見えて、朝霧JAMって地元少なめ?なんて思ってしまったがどうなんだろうね。

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僕は学生時代に京都のメトロに入り浸ってたから、大変楽しめた。人多かったといってもゆったりしてたし気持ちよく踊れて満足だった。フェス気分が高まったのでどこか行こうかな。

なお、FPMのアナグラムであるところのpfmももちろんよい。

お盆の立石は四ツ木製麺所で

お盆の初日は息子をバアサンの家に送り届けるために東京駅まで一緒についていって、引き渡しが終了したらちょろっと立石まで足を伸ばしてみた。

宇ち多は残念ながら終了していたので、四ツ木製麺所に行ってみた。

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ゆるい感じのお店だった。チューハイは自分で配合するスタイルなので、話題のスーパーストロング(アルコール度数12%)だってもっと凄いのだって作れちゃう。ぼんじりの天ぷらをつまみながら飲みます。

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ツルムラサキの天ぷらは普通かも。お浸しのほうが好き。造りの盛り合わせはタコの食感が好みだった。

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うどんで締める。良かったのでまた来たい。

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ブラブラしてから神田のツミキでちょっとつまんで帰った。

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店は神田駅からすぐだし、焼き物が安くて美味しいので気に入っている。八重洲の駅チカを歩き回るくらいだったら 神田にピューッと出たほうがいいかもしれないと思った。

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