Drkcore

>>> import pybel
>>> from pygamess import Gamess
>>> g = Gamess()
>>> mol = pybel.readstring('smi', 'O')
>>> mol.make3D()
>>> g.run(mol).energy
-74.96450135
>>> g.run_type('optimize')
>>> g.run(mol).energy
-74.9659012146
>>> g.basis_set('3-21G')
>>> g.run(mol).energy
-75.585959758
>>> g.basis_set('6-31G')
>>> g.run(mol).energy
-75.9853591564
>>> g.basis_set('6-311G')
>>> g.run(mol).energy
-76.0109546389
>>> g.basis_set('6-31G*')
>>> g.run(mol).energy
-76.0107465155
>>> g.basis_set('6-31G**')
>>> g.run(mol).energy
-76.0236150193

最近ちょっと困っているのが、構造最適化で収束しないのをどうやって収束させるかという。6-31G*くらいでmopacみたいなノリで計算できるようにしたい。

30032012 Python openbabel

素晴らしいスピン多重度

openbabelのコンバーターがバグってる。

>>> import pybel
>>> from pygamess import Gamess
>>> g = Gamess()
>>> mol = pybel.readstring('smi','C')
>>> mol.make3D()
>>> nmol = g.run(mol)
>>> nmol.OBMol.GetTotalSpinMultiplicity()
1882919584

30032012 drum

Between The Lines

CAMO & KROOKEDはちょっとイケイケすぎるというか疾走感が強すぎて、聴き疲れしてしまうという理由から超好きというわけではないのだけど、remixは期待度大。

Between The Lines
CAMO & KROOKED
HOSPITAL / 1600円 ( 2012-03-26 )

元ネタのほうは買ってない

Cross The Line
CAMO & KROOKED
HOSPITAL / 1486円 ( 2011-10-01 )

29032012 music

今日の最後のほう

jazzyなdrum'n'bass -> jazz -> technoっていう展開が気持ちよかった

Sentimental Moods / Makoto
King Of Sunshine / Nicola Conte
Ghost Song (Joris Voorn Remix) / Slam
Pique-E / Tanzmuzik

SOULED OUT
MAKOTO
selective records / 2393円 ( 2011-10-05 )

アザー・ディレクションズ(CCCD)
ニコラ・コンテ
EMIミュージック・ジャパン / ?円 ( 2004-10-14 )

Fabric 9
Slam
Fabric / 1255円 ( 2008-06-23 )

ジャケと曲の構成が違う。自分のもっているのはRisingHigh版だった。

シンセカイ
タンツムジーク
ソニーレコード / ?円 ( 1995-07-21 )

29032012 work life

トピックブランチ的にワーキンググループを使う弊害

最近（というかここ2,3年くらい）今の職場で、新しい挑戦はセクションの壁を超えてトピックブランチ的にワーキンググループを作って自主的に議論して上に提案するというスタイルが普通になった。

これはやる気がある人が積極的に議論に加わるので、調子がいいし議論も生産的で楽しい。

が、あるワーキンググループの議論の中で「自分はその（別の）WGに参加してないからコンテクストが理解出来ない」みたいなことを言われたのでちょっと考えてしまった。

トピックブランチは他に影響を与えないで新しいことを試すので、WGも参加者以外には基本的に見えない。だからそういう発言になってしかるべきだし、それはあり方として正しい。一方で全然ワーキンググループに参加しないヒトは振る舞いや思想がメンテナンスブランチのそれに近くなってきているのではないかと。そもそも保守的な考えのヒトが多いからほっといたら保守化するわな、そりゃ。

昔はセクションのトップがそういうヒトにもある程度成長のためのチャレンジを促していたような気がするけど、プロジェクト色が強くなるとどうしても自主的に動けるかどうかが重要視されるよなぁと。

まぁサイエンティストだったら当たり前の感覚だろうけど、企業研究者の8割は単なる労働者でしょ？そういう状況で、こういうやり方が組織論的に正解なのかはよくわからん。

29032012 Python openbabel

pybelでanilineをnitrenium ionに変換する

なぜnitrenium ionにする必要があるのかはここではふれないので、ココらへんを見てください。

import pybel
smarts = pybel.Smarts("c[#7]([#1])[#1]")

mol = pybel.readstring('smi', 'c1ccccc1N')
mol.make3D()
matches = smarts.findall(mol)
mol.OBMol.DeleteAtom(mol.atoms[matches[0][2]-1].OBAtom)
mol.OBMol.SetTotalCharge(1)
print mol.write('mol')