python版rungms

22 03 2012 q-chem Python pygamess Tweet

python版rungms

pygamessがrungmsを設定してない場合でもマトモなエラーを吐かないとレスポンスを貰ったので、きちんと例外投げるように変更しておいた。ついでにドキュメントを追加してバーションを上げておいた。

pygamessはもともと、gamessのインプット作るのめんどくさいっていうのがモジュール作成のモチベーションだったので、gamess実行環境(rungms)が既にあるという前提だったが、最近pybelに対応したことにより、分子設計的な側面が強くなってしまったので、gamess実行環境もまとめて面倒みたほうがいいかなぁと。

rungmsは単なるシェルスクリプトなんだけど、ファイルを直接編集しないといけないので、動くようにするのがめんどくさい（色々なOSに対応するようにしているのでごちゃごちゃしている）。普通に動かせる最小のスクリプトはどんな感じかなぁと1000行超えのスクリプトを削って行ったら200行くらいになったが、残ったコードのほとんどがsetenvだった。どんだけ環境変数好きやねん？と。

これをpythonで書きなおしたら60行くらい。

import os
import sys
import socket
from shutil import copyfile, rmtree
from tempfile import mkstemp, mkdtemp

scr = mkdtemp()
job = sys.argv[1]
gamess_path = "/usr/local/gamess"
ddikick = os.path.join(gamess_path, "ddikick.x")
gamess = os.path.join(gamess_path, "gamess.Jan122009R1.x")
hostname = socket.gethostname()

setenv_data = [
    (" MAKEFP", "efp"), ("GAMMA", "gamma"), ("TRAJECT", "trj"),
    ("RESTART", "rst"), ("  PUNCH", "dat"), ("  INPUT", "F05"),
    (" AOINTS", "F08"), (" MOINTS", "F09"), ("DICTNRY", "F10"),
    ("DRTFILE", "F11"), ("CIVECTR", "F12"), ("CASINTS", "F13"),
    (" CIINTS", "F14"), (" WORK15", "F15"), (" WORK16", "F16"),
    ("CSFSAVE", "F17"), ("FOCKDER", "F18"), (" WORK19", "F19"),
    (" DASORT", "F20"), ("DFTINTS", "F21"), ("DFTGRID", "F22"),
    (" JKFILE", "F23"), (" ORDINT", "F24"), (" EFPIND", "F25"),
    ("SVPWRK1", "F26"), ("SVPWRK2", "F27"), ("  MLTPL", "F28"),
    (" MLTPLT", "F29"), (" DAFL30", "F30"), (" SOINTX", "F31"),
    (" SOINTY", "F32"), (" SOINTZ", "F33"), (" SORESC", "F34"),
    ("GCILIST", "F37"), ("HESSIAN", "F38"), ("QMMMTEI", "F39"),
    ("SOCCDAT", "F40"), (" AABB41", "F41"), (" BBAA42", "F42"),
    (" BBBB43", "F43"), (" MCQD50", "F50"), (" MCQD51", "F51"),
    (" MCQD52", "F52"), (" MCQD53", "F53"), (" MCQD54", "F54"),
    (" MCQD55", "F55"), (" MCQD56", "F56"), (" MCQD57", "F57"),
    (" MCQD58", "F58"), (" MCQD59", "F59"), (" MCQD60", "F60"),
    ("NMRINT1", "F61"), ("NMRINT2", "F62"), ("NMRINT3", "F63"),
    ("NMRINT4", "F64"), ("NMRINT5", "F65"), ("NMRINT6", "F66"),
    ("ELNUINT", "F67"), ("NUNUINT", "F68"), (" NUMOIN", "F69"),
    (" GMCREF", "F70"), (" GMCO2R", "F71"), (" GMCROC", "F72"),
    (" GMCOOC", "F73"), (" GMCCC0", "F74"), (" GMCHMA", "F75"),
    (" GMCEI1", "F76"), (" GMCEI2", "F77"), (" GMCEOB", "F78"),
    (" GMCEDT", "F79"), (" GMCERF", "F80"), (" GMCHCR", "F81"),
    (" GMCGJK", "F82"), (" GMCGAI", "F83"), (" GMCGEO", "F84"),
    (" GMCTE1", "F85"), (" GMCTE2", "F86"), (" GMCHEF", "F87"),
    (" GMCMOL", "F88"), (" GMCMOS", "F89"), (" GMCWGT", "F90"),
    (" GMCRM2", "F91"), (" GMCRM1", "F92"), (" GMCR00", "F93"),
    (" GMCRP1", "F94"), (" GMCRP2", "F95"), (" GMCVEF", "F96"),
    (" GMCDIN", "F97"), (" GMC2SZ", "F98"), (" GMCCCS", "F99")
    ]

for e in setenv_data:
    os.environ[e[0].strip()] = "%s/%s.%s" %(scr, job, e[1])

os.environ["ERICFMT"] = os.path.join(gamess_path, "ericfmt.dat")
os.environ["MCPPATH"] = os.path.join(gamess_path, "mcpdata")
os.environ["EXTBAS"]  = "/dev/null"
os.environ["NUCBAS"]  = "/dev/null"

src = job + ".inp"
dest = os.path.join(scr,job) + ".F05"
copyfile(src,dest)
exec_string = "%s %s %s -ddi 1 1 %s -scr %s > t.out" % (ddikick, gamess, job, hostname, scr)
os.system(exec_string)

rmtree(scr)

結局ユーザーが指定しないといけない変数ってGamessのpathくらいだった。

Drkcore

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