Immune System Category of PDB

IMMUNE SYSTEMカテゴリの7500弱の構造のうち興味を持ったものをリストアップしていく。NGSとかオミクスの試験計画を立てるにしても、ある程度仮設を立ててからじゃないと意義のある試験なんてできないよなぁと最近また強く感じたのであった。構造情報はそういった仮設構築の際にたいへん役立つのである。

CADD従事者でもバイオインフォマティシャンでも解析者であることは間違いないので、同じ情報でもいろんな観点から眺められるのがよい解析結果を出してよりよい次の仮設につなげるコツですよねぇと思いつつ。

とはいえ、この曲はよいですな。前職でちょっと変態気味なウェブサービス作ったときにMefjusにちなんだ名前をつけたのを思い出した。

1-1000

1001-2000

2001-3000 (2022.09.18追記)

3001-4000

4001-5000

5001-6000

6001-7000

7001-7500

テキストから化合物構造生成

面白そうだなと思ったので、早速読んでみました。

Stable Diffusionみたいなノリで使われることになるのかなぁと思いつつも、それだったらメディシナルケミストのサポートくらいにしか使えんよなぁと思ったり。

空気の読めるREINVENTみたいな感じで使えるとちょっと嬉しいけど、あったら嬉しいけどなくても困らん程度のものになりそう。

このあたりまとめている人がいたらちょっと情報交換したいですね。

「ラクして速い」が一番すごい

仕事を1秒でも早く完結させるには結果につながらないムダな努力をすべて排除する必要がある。

という信念に基づいたライフハック

ProductName 「ラクして速い」が一番すごい
ダイヤモンド社 / ¥1,336 (2018-01-19)

  • 仕事は緊急度より「成果が出る」を優先
  • 出るべき会議は次の3つのみ アイデア出し、意思決定、方針通達
  • 一生懸命やるより先にしっかりゴールを描く
  • 仕事のできない人には馬鹿にもしないが期待もしない

迷路の外には何がある?

チーズの話の続編

随分前に通り過ぎたので、覚えてないけど。

元の話で十分な気がする。こっちは単なる美談で食堂かたつむり臭い

ProductName 食堂かたつむり (ポプラ文庫)
ポプラ社 / ¥585 (2018-04-20)

IIBMP2022とJCUPXIに参加した

両方ともほぼ2年ぶりのオンサイトでの開催で楽しかったです。

IIBMP2022ではやはりポスターが良かったです。久々に知り合いに沢山会えて情報交換できたのと面白い発表もちらほらあって満足でした。オーラルはこの方の発表と上田先生の基調講演が大変勉強になりました。

JCUP XIはCryoEMの発表がとても参考になりました。SBDDとして考えるといずれにせよ構造取れてからなにができるかっていう話にはなるんだけど、いかに早く構造を解くかも考えないといけないですよねぇ。

こっちでも、たくさんの知り合いと話せたので良かったです。懇親会もいいホテルだったので料理も美味しくて満足でした。

最近マネジメントばかりしているので、懇親会でも知り合いとの飲み会でもネタにされてるけど、本職は専門職なので、やはり研究成果を出して学会に参加して発表することからは離れないと思います。というわけで、学会にはちょいちょい顔を出すので見かけたらディスカッションしてください。

今回は色々と忙しくてあまり食べ物にはこだわれなかったです。

ニューアストリアのカツサンド

モジャカレーの牛ネギ

ケモインフォマティクスチームオンライン飲み会をした

我々の元同僚が移った先でチームリーダーになったんで、いっちょオンラインミーティングでもしますかってことで、zoomミーティングをやりました。

AF2ぶっちゃけどんだけいけそうなの?とかFMOとMDどう使い分けてるの?とかFEPねぇ、、、とか色々な話題で盛り上がったので大変楽しかったです。

またやりたいですね。

魔法の英単語ランキング

最初の動詞のパート良かった。流し読みでもいいので読んでおくべき

もし部下が発達障害だったら

飛行機で読んでた本。

タイトルはキャッチーだけど内容はまとも。そもそも発達障害なんて正常、異常に二極化できるもんではなくてスペクトラムなので、研究者みたいなこだわりを強くもてないとやってられないような職業はそっちよりの人が多くて当たり前ですよね。

ProductName もし部下が発達障害だったら
ディスカヴァー・トゥエンティワン / ¥550 (2018-03-23)

  • 「叱られた」ということではなく「どうすればよかったのか」に意識を向けるようにしましょう。

こっちはコーチング関連のタイプ分けの本。

知っていると役には立つのだけど、人はそんなにきっちりとは型にははまらんよねーという。基本として押さえておいて 相手に合わせてズレを修正しながら使うフレームワークかなぁと思います。

ProductName 図解 コーチング流タイプ分けを知ってアプローチするとうまくいく
ディスカヴァー・トゥエンティワン / ¥1,100 (2006-06-01)

ポケモンGO(Lv. 47)

前回から14ヶ月くらい。「次のレベルは3,4ヶ月後になりそう」と見積もっていたのに大幅に遅延。

色々理由は考えられるのだが、あまり夜に散歩しなくなったのが大きいのかなと。

そろそろ生活態度を改めて毎週100万XPを目指して活動しないといけないのか、、、

The Beginning of FMO Era

Evotecから出たこの論文なかなか面白かったですね。"なかなか"というのは我々随分前にこのあたりは通過済みですので。自分たちは取り扱わない蛋白質の事例が多かったので、私にとっては新しく面白い相互作用をいくつも知ることができて満足です。

本論文ではPPIでやっていましたが、ペプチド(環状ペプチド)でも同じことができます。というより我々はそっちを精力的にやっていました。ペプチドは蛋白質と低分子の二重性を示すので面白いモダリティだなぁと思います(課題も多いですがw)このようなFMOの計算結果を用いて、Protein engineeringでより結合の高い蛋白質の設計をしたり、ペプチドの場合より結合能の高いペプチド設計をしたり、それをミミックするような別の分子サイズに置き換えていくのがスタンダードになっていくのだと思います(解釈もしやすいですしね)。

で、こういう仕事を当たり前にやっている状況になると、こんな感じの論文に対し、FMOで論理的に低分子にできるのか(むしろなんでやってないの)?みたいなreplyが脊髄反射でされるようになるわけです。

(鍵垢なので、IDは伏せます)

I wonder if the (inter/intra) FMO interaction patterns with the protein is similar with the peptide and the small ligand

あとはさっさと計算走らせて(大体のpdbファイルは数分でFMO計算走らせられる環境になってる)、暇なときに解析して知識を積み上げるだけのルーチンワークですし、私としてはこういう論文を見つけては、自分で計算したり、チームメンバーのトレーニングとして計算と解釈してもらったりしてますけどなかなか楽しいのでおすすめです。

FMO計算の先について

Evotecの論文だとFig. 4.のLIMK1とCofilin1におけるM115とY514の相互作用とか4kcal/molくらいあるし、Fig.6. のKRAS/SOS1のN879のやたら強い相互作用(hotspot)などは明確に見えてきて面白いのだが、IFIEだと相互作用の強さが定量的に出てくるだけだし、PIEDAは成分に分解するだけでDIが効いているのかESが効いているのかどういう成分が関与しているのかがわかるだけでありこのあたりが(いまのところの)FMOの限界ですよねぇと。

この情報をDrug Designに還元するためにはもう少し理解度をあげないといけなくて、どういう軌道の相互作用により強い相互作用が形成されているのかを理解した上で、化合物のこの場所にこういう置換基を導入して軌道の形を変えてやるべきというような論理性が求められてくるのだと思います。

レトロスペクティブな考察を加えるならこの論文も置換基効果で説明できるタイプのものじゃないかなぁと思います。今度計算してみてきれいな結果が出るようだったらブログネタにするかどっかにポスターでも出しに行こうかなぁと思っています。

実際ノンクラシカルな相互作用がFMOで確認されたら、関与しているフラグメントのHOMO/LUMOチェックしてフロンティア軌道論で説明できるかどうか評価するところまでは基本路線だからね。メドケムの人もリード化合物のHOMO/LUMOくらいは基本として抑えておくと最適化の質が上がるとおもんですけどあんまりやる人いませんよね。 そんなこんなでそういうのPythonでサクッとやりたいよねーといいながらpen先生と一緒に作ったのがpsikitだったりします。

今後のSBDDで重宝されるのは量子化学をきちんと理解してSBDDに活かせる人材かNMR等の実験系をきちんと理解した上でそういう情報とMDを組み合わせてプロジェクトに貢献できる人なんじゃないかなぁと思っています。

FMOについて

FMOは北浦先生により生み出された日本初の手法ですので、Evotecみたいな論文発表が日本からなされると嬉しいですね。FMODDというコンソーシアムもあるので頑張って欲しいです。

うちもなんか貢献を見せないといけませんなぁと思っていますので、近いうちになんか出すと思います。

あとは自分の関与している学会で「ディープすぎるFMO創薬の話」でも企画すればいいんですかねぇ(興味あります?)