04012020 bioinformatics
膜の話。あとでもう一度細かく読み直す必要がある。
細胞の分子生物学ヘリックスの双極子モーメントって主鎖だけで決まるのだろうか？
04012020 bioinformatics
03012020 bioinformatics
02012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第6章
転写、翻訳、そして分解
昔からTBPってよくわからんわと思っていたのだけど、構造見たらなるほどねーと思った。それにしてもTATAだからベンドするのだろうか？
それからエクソンってオーソログ間でかなり保存されていて(だから、配列アライメントでエクソンイントロン境界を決定するのが簡単)、昔はヒトのcDNAからマウスのオーソログをデータベースから探してきてプライマー設計、KOマウス作成のしごとをよく手伝っていたんだけど、あれって文字列操作ばっかりで、なんとなくリアリティがなかったのだけど、snRNPの構造結構解かれていておもしろそう。あとで論文追いかけてみよう。
01012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第5章
DNA修復
TOPIIは私が初めて関わったSBDDプロジェクトなので興味深い対象だ。そして生物学の描像って結構物理学とか無視したいい加減なもんなんだなーと思った最初のターゲットである。
以下はその当時のTOPIIのメカニズムの説明として全く同じものであるが、「こんなハサミみたいにパカパカ開くメカニズムだったらヒンジの部分固くないといけないしエネルギーももっといるし無駄遣いやん」と思っていた。
その当時は1BGWしか知られていなかったのと、割と単純な対象な阻害剤と変異株の実験から同定された作用部位（ヒンジのとこ）から構造的なメカニズムを調べるということをやっていた。
あーでもないこーでもないと悩んだ結果ねじれる感じで切断するんではという結論に至った。それなら阻害剤がワークする理由もきちんと説明できるし。
が、SARがスティープ過ぎてちょっと置換基入れると阻害活性消失するという状態で、プロジェクトはまもなく中止になったのだけど、そのあとDNAとの複合体が解かれて、「私の予想で合ってるじゃん」と嬉しくなったのであった。
31122019 bioinformatics
30122019 bioinformatics
細胞の分子生物学 第3章
タンパク質の章
生物学の説明一般に言えるんだけど、抽象的すぎてよくわからんことが多い。
例えばリン酸基についても2章で述べられているように水溶液中ではイオン結合や水素結合力って急激に減衰するはずなのに、リン酸基が溶媒側の残基に付加することでコンフォメーション変化が起こるとかそういう説明に持っていくのに違和感がある。「リン酸基は2価の陰イオンだから違うんやで」っていう理屈でもいいんだけど、その場合はどのくらいのエネルギー変化が期待できるとかそういう説明ほしかった。
あとちょっとの変化がとか書いてあるけど、ダイナミズムに対してどうなんかな？という疑問はつきまとってしまう。
LYSとメチル化が相性いいのはここで理解したからいいけど、アセチル化ってどういうエネルギー成分が支配的になってくるのか興味がある。
構造探すか。
29122019 bioinformatics
細胞の分子生物学 第2章
生物はどれも化学反応系にすぎない
化学反応の章だったのでほぼ理解していた。さくさく読み進んだ。
これの出典が知りたかったがわからなかった。FMOのES項をどれくらい補正すればいいのか知りたかったのだが
21122019 bioinformatics
細胞の分子生物学 第1章
細胞の分子生物学を書い直した。最新版の必要性は特に感じないので、コスパの良い第5版の中古にした。
昔は第3版を買って勉強したように思う、といっても流し読みだったが。
13122019 bioinformatics
真鯛というそのまんまの居酒屋で忘年会
兼務しているほうのユニットで忘年会があった。兼務になってそろそろ一年なんで今年は早かったなーと感じた。 bioinformatics関連でも来年はなにか面白い仕事をして学会発表したいですね。
真鯛のカルパッチョ
真鯛のしゃぶしゃぶ
真鯛の唐揚げ
鯛茶漬け
