WGCNAを調べていてβの決め方がわからなかったので、理論に関して解説してあるペーパーを読んだ。

今までネットワークを結合している/していないという点でしか捉えていなかったけど0/1の次数を持つ完全グラフと考えると色々幅が広がるということに気付かされた。

シグナム関数をハードな閾値(連続値をバイナリに切り捨ててしまう)とするのに対し、ソフトな閾値としてaij = sij ** βという重みで次数を調整する。

調整の仕方はスケールフリー性を持つようにβの重みを調整する。これはチュートリアルのStep-by-step network construction and module detectionのpdfを読めば良い。

そもそも教師なし学習でのクラスタリング結果が生物学的に同等な意味を持つような遺伝子が固まるようにするためにスケールフリー性を持たすってのがいまいちピンとこないところではあるが、GTOM2で生物学的に意味の有りそうなのが固まっているのを考えるとなんかあるんだろうなとは思う。論文

それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。

分子レベルで色々わかるのでこの本は楽しい。

分子細胞免疫学　原著第9版
Abul K. Abbas
Elsevier Japan / ?円 ( 2018-03-10 )

前職の新入社員教育で覚えされられたのはただの暗記の授業でまったく身につかなかったが、この本はなるほどなるほどと思いながら読めている。

が、難しい。免疫系の研究者はすごいなーと思う。

自己免疫疾患のデータでこれをやってみたいんよ。そのためには背景知識をぶっこまないといけないからね、、、

COVID-19で色々と大変な状況になったので、開催を中止することにしました。

かなC

パブロンマスク365 3枚入

大正製薬 / ?円 ( 2009-08-07 )

日程決まりました。3/28(sat)です。

参加登録は以下からどうぞ

• Mishima.syk #15
• Mishima.syk #15 懇親会

演題も募集中です。

夜中にじんわりとした原因不明の腹痛で目を覚まし、「なんじゃこりゃー」ってなったんだけど、もう一度寝たら治るかなって感じで寝てみたけど結局治らず会社を休むことにした。

というわけで、昼過ぎまで寝てたら楽になったので積んである論文を読んでみた。働かないで論文を読んで過ごす一日も良いですな。たまには突然休もうｗ

The support of human genetic evidence for approved drug indications.

このツイートで教えてもらった論文。

上市されている薬剤の既知のターゲットタンパク質の中でLoF,GoFはどのくらい確認されているのか？または全く確認されてないけど薬剤のターゲットになっているものはあるのか調べた論文はないでしょうか？またはそれを簡単に調べるようなサイトはないでしょうか？地味にclinvarごそごそするしかない？

— kzfm (@fmkz___) December 17, 2019

一度年末に読んだんだけど、メソッドの当たりがいまいちピンとこないのでSIを追いかけてみた。

結局pharmaprojectsとかtrialtroveを使ってるみたいなので、そのうちこのプロトコルに倣ってデータ弄ってみたいけどとりあえずChEMBL動かせるようにしたからそっちでDrug-Targetの関連データは抜き出したい。

個人的には臨床段階でターゲット遺伝子と遺伝多型との関連性を見るよりはターゲット探索時のターゲットの期待感を定量化したいとかそっちのほうが良いのではなかろうかと思っている。ツール作ってもしょうがないしね。

Proteolysis-Targeting Chimeras as Therapeutics and Tools for Biological Discovery

Protacなんてそんな簡単じゃないよねー。

siRNAオルタネーティブって感じ。結局の効果は同じだろうから、低分子で干渉できてメドケムにとって嬉しいって感じかな。低分子だとPKに幅が広がるのが嬉しいけど、選択性とか結合能とかどうなんかね？っていうのとRNA系の特異性、結合のメリット・デメリットの兼ね合いで使い分けてくんですかね？

— kzfm (@fmkz___) January 11, 2020

このあたりのPros, Consが書かれていたので参考になった。しかし、著者がProtac派なのでProtacにバイアスがかかりすぎていてアンチプロタック派にとっては物申したいだろうなーって説明がちょいちょい散見された。

PDPSとかでE3リガーゼをリクルートするペプチドを揃えておいてC末でもN末でも化学修飾でリガンドくっつけて分解するとかできたら面白そうな気もするんだけど。

僕のヒーローアカデミア 24 (ジャンプコミックス)
堀越 耕平
集英社 / ?円 ( 2019-08-02 )

余談ですが、「僕のヒーローアカデミア」は海外で人気なので読んでおくと、話を合わせることができて良いです。あと「鬼滅の刃」。これは英語のタイトルが「deamon slayer」だから知らないと「ん？なんの話してんの？」ってなる。

分解つながりで思いついたので追加してみましたw

細胞のつなぎ目とがん

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

これで一通り読了。

細胞周期とアポトーシス

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

細胞周期の方はなぜうまいこと分裂するのかについて物理化学的な説明がきちんとなされていなくて、なんとなくもやっとしたものが残った。

相分離生物学が切り開いていくことを期待している。

相分離生物学
白木 賢太郎
東京化学同人 / 3520円 ( 2019-08-02 )

細胞骨格

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

あまり興味なかった。

シグナル伝達

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

13章は小胞体の移動の話。14章はミトコンドリアとか電子伝達系、こっちはまぁ知っているので流した。

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

小胞体の話

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

ERで膜タンパク質が作られるというモデルがいまいちピンとこなかった。膜貫通αヘリックスはどの段階で形成されるのか？転送装置蛋白質ってのはシャペロン的な役割も果たすのか？

• The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence