Mishima.syk #15 の開催を見合わせます

COVID-19で色々と大変な状況になったので、開催を中止することにしました。

かなC

ProductName パブロンマスク365 3枚入

大正製薬 / ?円 ( 2009-08-07 )



日程決まりました。3/28(sat)です。

参加登録は以下からどうぞ

演題も募集中です。

論文を読んで一日を過ごした(PROTAC, GWAS)

夜中にじんわりとした原因不明の腹痛で目を覚まし、「なんじゃこりゃー」ってなったんだけど、もう一度寝たら治るかなって感じで寝てみたけど結局治らず会社を休むことにした。

というわけで、昼過ぎまで寝てたら楽になったので積んである論文を読んでみた。働かないで論文を読んで過ごす一日も良いですな。たまには突然休もうw

The support of human genetic evidence for approved drug indications.

このツイートで教えてもらった論文。

一度年末に読んだんだけど、メソッドの当たりがいまいちピンとこないのでSIを追いかけてみた。

結局pharmaprojectsとかtrialtroveを使ってるみたいなので、そのうちこのプロトコルに倣ってデータ弄ってみたいけどとりあえずChEMBL動かせるようにしたからそっちでDrug-Targetの関連データは抜き出したい。

個人的には臨床段階でターゲット遺伝子と遺伝多型との関連性を見るよりはターゲット探索時のターゲットの期待感を定量化したいとかそっちのほうが良いのではなかろうかと思っている。ツール作ってもしょうがないしね。

Proteolysis-Targeting Chimeras as Therapeutics and Tools for Biological Discovery

Protacなんてそんな簡単じゃないよねー。

このあたりのPros, Consが書かれていたので参考になった。しかし、著者がProtac派なのでProtacにバイアスがかかりすぎていてアンチプロタック派にとっては物申したいだろうなーって説明がちょいちょい散見された。

PDPSとかでE3リガーゼをリクルートするペプチドを揃えておいてC末でもN末でも化学修飾でリガンドくっつけて分解するとかできたら面白そうな気もするんだけど。

ProductName 僕のヒーローアカデミア 24 (ジャンプコミックス)
堀越 耕平
集英社 / ?円 ( 2019-08-02 )


余談ですが、「僕のヒーローアカデミア」は海外で人気なので読んでおくと、話を合わせることができて良いです。あと「鬼滅の刃」。これは英語のタイトルが「deamon slayer」だから知らないと「ん?なんの話してんの?」ってなる。

分解つながりで思いついたので追加してみましたw

細胞の分子生物学 第19,20章

細胞のつなぎ目とがん

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


これで一通り読了。

細胞の分子生物学 第17,18章

細胞周期とアポトーシス

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


細胞周期の方はなぜうまいこと分裂するのかについて物理化学的な説明がきちんとなされていなくて、なんとなくもやっとしたものが残った。

相分離生物学が切り開いていくことを期待している。

ProductName 相分離生物学
白木 賢太郎
東京化学同人 / 3520円 ( 2019-08-02 )


細胞の分子生物学 第16章

細胞骨格

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


あまり興味なかった。

細胞の分子生物学 第15章

シグナル伝達

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


signal

細胞の分子生物学 第13,14章

13章は小胞体の移動の話。14章はミトコンドリアとか電子伝達系、こっちはまぁ知っているので流した。

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


細胞の分子生物学 第12章

小胞体の話

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


ERで膜タンパク質が作られるというモデルがいまいちピンとこなかった。膜貫通αヘリックスはどの段階で形成されるのか?転送装置蛋白質ってのはシャペロン的な役割も果たすのか?

細胞の分子生物学 第10,11章

膜の話。あとでもう一度細かく読み直す必要がある。

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


ヘリックスの双極子モーメントって主鎖だけで決まるのだろうか?

細胞の分子生物学 第8,9章

研究手法について

ProductName 細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )


概要だったのと知っていることが多かったので流し読み