MCSを求めるには比較したい二つの化合物のModular Productを求めて、それの最大クリーク探索をすればいい。

Modular Productとは

• 二つのグラフの属性の対応が同じノードが両方共隣接していてエッジの属性が同じ場合
• 二つのグラフの属性の対応が同じノードが両方共隣接していない場合

にエッジを張ったグラフ。

これを作ってあとはigraphの最大クリーク探索メソッドで

import openbabel as ob
from igraph import *

sm1 = 'OCC(N)=O'
sm2 = 'O=CC(N)=O'

obc = ob.OBConversion()
obc.SetInAndOutFormats('smi','smi')

source = ob.OBMol()      
obc.ReadString(source,sm1)
source_atoms = [a for a in ob.OBMolAtomIter(source)]

target = ob.OBMol()      
obc.ReadString(target,sm2)
target_atoms = [a for a in ob.OBMolAtomIter(target)]

pairs = []
for i in range(len(source_atoms)):
    for j in range(len(target_atoms)):
        if source_atoms[i].GetAtomicNum() == target_atoms[j].GetAtomicNum():
            pairs.append((source_atoms[i].GetIdx(),target_atoms[j].GetIdx()))

p = []
for x in range(len(pairs)-1):
    for y in range(x+1,len(pairs)):
        u = pairs[x]
        v = pairs[y]
        if u[0] != v[0] and u[1] != v[1]:
            sb = source.GetBond(u[0],v[0])
            tb = target.GetBond(u[1],v[1])
            if sb != None: sbo = sb.GetBondOrder()
            if tb != None: tbo = tb.GetBondOrder()

            if (sb == None and tb == None) or (sb != None and tb != None and sbo == tbo):
                p.append((pairs.index(u),pairs.index(v)))

g = Graph(p)
mc = g.largest_cliques()
for c in mc:
    print [pairs[i] for i in c]

実際にはline graph(エッジとノードを入れ替えたグラフ)のModular Productをもとめてクリーク探索したほうが計算量がかなり減るらしい。

が、今回はやっていない。

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