drkcore

2010/04/22 15:10:16

MacBookにBLAST+をいれた

今日は子守で会社を休んでいるのでPRMLのサンプリングの章でもじっくり読んでやるかという有意義そうな予定を組んでいたのだけど、なぜかmacbookにblast入れたりしていた。

しかもportで入れたblastが古くてあれやなぁと。調べたら今時はBLAST+(ブラプラって読むの？)らしくて、Biopythonのほうも対応しているらしいのでこっち入れなあかんやろと、何が目的だっけ？そもそもblast入れる目的なんだっけ的なよくあるパターンに。

NCBIのダウンロードサイトからMac OSX用のをダウンロードすればよい。

/usr/loca/ncbi/binにインストールされるのでパスを切っておく。

コマンドは引数も含めていろいろ変更されていて、blastallのpオプションで指定していたのがそのままコマンドになっている。formatdbがmakeblastdbになっていたりとか。

引数も短縮形じゃなくて、意味がわかるようなものに変更されている。

blastp -query test.fasta -db pdbaa

あと、ホームディレクトリでblast実行すると以下のエラーが出るんだけど、最初どこに問題があるんだかわからなかった。

terminate called after throwing an instance of 'ncbi::CSeqDBException'
  what():  NCBI C++ Exception:
    "/am/ncbiapdata/release/blast/src/2.2.23/IntelMAC-universal/c++/GCC401-
ReleaseMT--IntelMAC-universal/../src/objtools/blast/seqdb_reader
/seqdbimpl.cpp", line 412: Error: OID not found

Abort trap

で、dbのファイルを絶対パスで指定してやると解決した。

blastp -query test.fasta -db /Users/kzfm/blast/db/pdbaa

ただしデータベースが見つからないときのエラーは

BLAST Database error: No alias or index file found for protein database

こんなんだからなぁ。

なんなんだろうね。バグ？

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