jythonがmacbookにインストールできなかったのでとりあえずlinuxで。
といってもgcjだとエラーを吐くので、sunのjavaをインストール。 ここみて設定。alternativeコマンドを使うとjavaの共存ができるのね。いままで、シンボリックリンクを上書きしてたのでめんどいなーと思ってたけど、これだとらくちん。
jythonをインストールしたら、あとはopsinのjarを落としてきてクラスパスに通す。
>>> import uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin as opsin
>>> opsin.NameToStructure().parseToCML("4-iodobenzoic acid").toXML()
二行でIUPAC名がCMLに。 すばらしい。
jrubyの例もある。
ちなみにjrubyはmacbookにさくっと入って、この例の通りにやれば動いた。
perlで同じ事をやる場合にはInline::Javaを使ってやればいいけど、Javaのライブラリを有効に利用するのはJavaで実装された言語処理系がやっぱ楽だ。