Debug::EchoMessage

かま田さんに教えてもらったDebug::EchoMessageですが、Class::DBIみたいに環境変数でログのレベルを変えたいなぁということで、こんな感じで使っています。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Debug::EchoMessage;

my $self = bless {}, "main";
my $debug_level = $ENV{"Debug_Echo_Level"} || 0;
$self->debug($debug_level);

# The level 3 message will not be displayed
$self->echoMSG("This is level 1 message.", 1);
$self->echoMSG("This is level 2 message.", 2);
$self->echoMSG("This is level 3 message.", 3);  

環境変数で設定しておいても、実行する前に変数入れてもOKなかんじ

$ export Debug_Echo_Level=1
$ ./debugtest.pl 
This is level 1 message.

$ Debug_Echo_Level=2 ./debugtest.pl 
This is level 1 message.
This is level 2 message.

$ Debug_Echo_Level=3 ./debugtest.pl 
This is level 1 message.
This is level 2 message.
This is level 3 message.

これで、ファイルをいじらずにデバッグレベルを変えられるし、はかどるはずだ。で、余力はbloglinesのチェックにまわすと。

クリプリ

カブロボコンテストへのご招待という記事がでてます。

リアルなプレゼントも欲しいが。

麺屋喜八郎で味噌ラーメン

今週末から季節限定麺が替わったので、早速注文味噌ラーメン。

季節限定麺

[天野醤油(http://www.gotemba.or.jp/i/amano/)の味噌使用とのこと。ほのかな甘さとコクが旨い。が、食べすすむにつれスープの辛さというかくどさが気になってきた。 つけ麺のほうがおいしく食べられるかも。あと、にんにくがきついみたいでちょっともたれた(まぁ、普通の人はもたれない程度だとおもうが)。あとはどうしても味噌たれは下に沈んでしまって最後に濃く感じるのかも。

次は太麺のほうで試してみたい。

喜八郎

colinux(debian)にEMBOSS+Bio::Emboss

colinuxにバイオ関連のツールを入れる場合に配列解析用のEMBOSSは外せない。 colinuxにはX入れてないのでwith-x=noオプションをつけてコンパイル

./congigure --with-x=no make make install

続いてBio::Embossを入れてperlからも扱えるように。

per -MCPAN -e 'install Bio::Emboss'

これは駄目、こけた。.cpan/build/Bio-Emboss-3.0.0をみてみると、環境変数の設定とライブラリを展開しておかないといけないらしい。 なんで、さっきインストールに使ったEMBOSS-3.0.0ディレクトリを/usr/local/srcに移してexportで次の二つの環境変数を設定。

  • $EMB_ROOT=/usr/local
  • $EMB_SRC_ROOT=/usr/local/src/EMBOSS-3.0.0

更に、メモリも256Mまであげないとコンパイルが通らないがswap用のイメージ用意していないので、default.colinux.xmlにメモリを256にして再起動

あとは普通に

perl Makefile.PL make make install

でOKだが、ライブラリアクセス用のモジュールなので当分使わないかも。コマンド呼び出しのモジュールはないのかな?bioperlはアウトプットパーザーみたいなナ感じでイマイチだし。知らないだけか?

麺屋 黒

目黒はラーメン屋が多くあって、ホープ軒とか行ってないけど食べてみたい店が結構ある。

今日は麺屋 黒なる店に入ってみた。帰ってきてから色々調べてみると、武蔵家の系列姉妹店らしい。

麺屋黒店構

店内は懐メロ、プリプリとか徳永とか、狙ってんのか趣味なのかわからんが、そんな中ですするラーメンは家系だ。

味玉ラーメン

注文したのは味玉ラーメン(麺固め)。具に海苔とほうれん草と、肩ロースのチャーシュー。シンプルでいい感じ。バラの脂っこいチャーシューよりはロースの方が好みなんで、ここのラーメンはOK

麺屋 黒

colinux(debian)にRを導入

まずはdebianに開発環境を入れておく。

apt-get install gcc g77 g++
apt-get install libreadline5-dev

それから、Fedoraにインストールした時の記憶を頼りにに構築開始。RSOAPのページをみれば必要なものはわかるが、apt-getでインストールできたりできなかったりとかなり、紛らわしい。

まずR自体、--enable-R-shlibオプションつけておかないといけないので、自分でmake。colinuxではXは使わないので--withx=noで、あとは--enable-R-shlibも。

./configure --enable-R-shlib --with-x=no

SOAP関連はapt-getで、SOAPpyとPyXMLが入る。

apt-get install python-soappy

fpconstはないので素直に。rpyはapt-getで入れるとsessionライブラリをロードできないのでこれも普通に入れる。

python setup.py build
python setup.py install

Rのほうではsessionを入れておく。

R CMD INSTALL session_1.01.tar.gz

これでRSOAPをインストールすれば動く。サンプルのクライアントがついているので、それで動作確認。

これで、一台のマシンでRSOAPサーバー+クライアント環境が揃うので、移動中に開発できるヨ。

手打宏房 饂飩亭

最近ラーメン続きなので、函南の饂飩亭に行ってみた。

手打宏房 饂飩亭

”多くの人にうどんの変化を実感してほしい”知識と技術を一体にしていつまでも手打にこだわりつつ美味しいうどんが食べられるように努力したい。 うどんの腰は硬さではない!硬さの取れた弾力(もちもち性)がうどん本来の腰と思う。うどんの食感はノドで味わって下さい。

饂飩亭 ぶっかけ ぶっかけ

ぶっかけうどん+しめじ天。しめじ天は大ぶりで旨い。ぶっかけのうどんは透きとおってる。普通透きとおっていると腰があると思うんだが、ここのうどんはそうではなくモチモチ(というかムニュムニュ)してる。歯ごたえがないっていうのが、なんともあれだ(ボソボソしたうどんよりはずっといいが)。

あと、いなり寿司が二個ついてくるので、結構満腹になった。

饂飩亭

colinux(debian)にBioperlとPerlMolをインストール

colinuxはtelnetとftpの設定してしまえば、後はpoderosaみたいなターミナルソフトでアクセスだ(colinuxのコンソールは使いづらい) あとキーボードを日本語対応にしたり、タイムゾーンを変更したりはココ参照だ。

とりあえず、せっかくdebian入れたことだし、sargeにアップグレードしておく。/etc/apt/source.list変えて、コマンドポチポチするだけダ。apt-getかなり便利と思った。

さて、Linux側の環境を整えたら、BioperlとPerlMolをインストールするヨ。

  • PerlMol
  • オブジェクト指向で化合物とか反応を扱う。酸クロとかの反応用のモジュール作っておくとさらに便利。ただし、蛋白質とかの巨大なものを扱うにはどうじゃろか?今ひとつな気もする。構造立ち上げとかしっかりしてくればかなりいいツールになるんじゃないかと思っている。
  • Bioperl
  • とりあえずお約束。フォーマット変換とかは便利。ただし、モジュールの質はまちまち。ドキュメントに不備がある場合、直接コードを読むことになるが、そういうモジュールに限って泣きたくなる度が高い。で、結局自分で書いちゃったみたいな。

PerlMolはCPAN経由で入れる。

perl -MCPAN -e 'install PerlMol'

BioperlはCPAN経由だとやたらとはまって口が半開きになって、なんでだよチクショーなんてむかつきまくってイカリンコ汁が漏れるので、素直にapt-getで(それが大人スタイル)。

Package: bioperl

素直にしこしこapt-get installしましょう。blastとかclustalwなんかも一緒に入れておくと良いですぞ。

EclipseでEmacsキーバインド

Eclipseでもキーバインド変えられるのね。早速変更していい感じ。

Emacs風キーバインド

colinux+debian

いつも持ち歩いているR4にはActivePerlを入れていたんだが、PPMだとperlmolがしょぼかったり、Bioperlもあれなので、プログラム書く気が起きんヨ。かといって、Knoppixもなぁ(というかR4にCDROMドライブついてないし)で、coLinux入れてすこぶるいい感じ

  • ホストのWinをゲストのdebianのクライアントみたいに使えるのでいつも使っているWinの環境でそのままLinuxにアクセスできる
  • ブリッジすれば、そのままサーバーとして使えるので、HTTPのテストに使ったり、まぁいろいろ便利
  • もちろんdebianでapt-get使えたり、CPANもOK

ERROR STORM参考に、Cooperative Linuxを入れる。設定ファイルのデフォルトがc:coLinuxだったのでインストール先もそこにした。設定のXMLファイルはディレクトリの大文字小文字を認識しているっぽいので注意。 あと、Root Filesystem imageのダウンロードがうまくいかなかったので、sourceforgeから直接落としてきてeoで解答して、c:coLinuxroot.imgという名前で保存。あとは、default.colinux.xmlをちょっといじれば起動する。一応気持ちメモリを増やした(64->128)

毎回DOS窓開いてコマンド打つのもだるいので、ショートカットのプロパティに引数指定してcolinux-daemon.exe -c default.colinux.xmlなんかにしておいてスタートアップに登録すれば、こんな感じに起動がラクチン

colinux

あとWinXPでのブリッジってブリッジしたい接続を選択して右クリックすればいいだけなのね。知ってしまえば楽勝なネタだ。