長年の悩みをついに解決（表題）
僕はmod_rewriteを使わずに直接httpd.confを編集して「この余計な文字列」を置き換えようとしていたノダ。要は、毎度毎度.htaccess読むのはパフォーマンスが落ちるんじゃねーの？みたいな些細なことをうっかり気にしたわけ（細かいことにこだわってしまった）。
で、ScriptAliasを指定してみたり、ディレクティブにIndexとして指定してみたり、デフォルトのインデックスに追加してみたりといろいろやったが、どうも.cgi以降の/がうまく解釈されない。（Computer/blosxom/index.html みたいのがきちんと表示されない。）
今考えると、それはそうかもというかそうなのかナァとは思うんだけどなぜだか出来ない理由はわからず終い。というわけで、結局mod_rewriteに頼ることになったんだが、以下のエラーがerorr.logに。
[error] mod_rewrite: maximum number of internal redirects reached. Assuming configuration error. Use 'RewriteOptions MaxRedirects' to increase the limit if neccessary.
調べてみると、無限ループらしい。よくよく調べてみると、.htaccessでもhttpd.confでもエイリアスを切ってたのでそのせいっぽい。httpd.confのほうは、チャレンジした残骸。気をつけよう。
あと、気をつけるのはAllowOverrideを"All"にすること。参考にしたのは下のサイト。