09 05 2021 chemoinformatics q-chem Tweet
なんとなくこの本の15章をやりたくなったので、朝からゴニョゴニョしてた。色々できたのでバージョン上げておいた。
TD-DFT
データはおなじみのPubchemQCからダウンロードしてきてopenbabelでmolファイルにコンバートしたものを利用。
>>> from pygamess import Gamess >>> from rdkit import Chem >>> m = Chem.MolFromMolFile("examples/methyl_yellow.mol", removeHs=False) >>> g = Gamess() >>> g.dft_type("b3lyp", tddft=True) >>> g.basis_sets("6-31G*") >>> r = g.run(m) >>> r.uv_spectra # (exitation ev, oscillator strength)
NMR spectra
これは時間がかかった(2020 MBAで30分以上)
>>> from pygamess import Gamess >>> from rdkit import Chem >>> m = Chem.MolFromMolFile("examples/C=CCBr.mol", removeHs=False) >>> g = Gamess(num_cores=1) # PARALLEL EXECUTION IS NOT ENABLED. >>> g.basis_sets("6-31G*") >>> g.run_type("nmr") >>> r = g.run(m) >>> r.isotropic_shielding
独習量子化学計算について
わかりやすくて良い本だった。ケミストだったら本書に沿って一通り手を動かしておけば、後々役に立つのではないかと思った。
こっちはいわゆるクックブックみたいな感じ
