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09 05 2021 chemoinformatics q-chem Tweet

pygamessがTD-DFTとNMR計算をサポートしました

なんとなくこの本の15章をやりたくなったので、朝からゴニョゴニョしてた。色々できたのでバージョン上げておいた。

TD-DFT

データはおなじみのPubchemQCからダウンロードしてきてopenbabelでmolファイルにコンバートしたものを利用。

>>> from pygamess import Gamess
>>> from rdkit import Chem
>>> m = Chem.MolFromMolFile("examples/methyl_yellow.mol", removeHs=False)
>>> g = Gamess()
>>> g.dft_type("b3lyp", tddft=True)
>>> g.basis_sets("6-31G*")
>>> r = g.run(m)
>>> r.uv_spectra # (exitation ev, oscillator strength)

NMR spectra

これは時間がかかった(2020 MBAで30分以上)

>>> from pygamess import Gamess
>>> from rdkit import Chem
>>> m = Chem.MolFromMolFile("examples/C=CCBr.mol", removeHs=False)
>>> g = Gamess(num_cores=1) # PARALLEL EXECUTION IS NOT ENABLED.
>>> g.basis_sets("6-31G*") 
>>> g.run_type("nmr")
>>> r = g.run(m)
>>> r.isotropic_shielding

独習量子化学計算について

わかりやすくて良い本だった。ケミストだったら本書に沿って一通り手を動かしておけば、後々役に立つのではないかと思った。

こっちはいわゆるクックブックみたいな感じ

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