昨日のエントリでハブ遺伝子ってバイオマーカーにはならんのちゃう？って書いたのだけど。

それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。

LNとNon-LNの発現プロファイルをWGCNAで解析したらトレイトと強く相関するモジュールを見つけてきてそこから最大次数を持つ遺伝子にCD36があって、これは新たなバイオマーカーとか疾患ターゲットになるんじゃないかと結論付けられている論文があった。

• CD36 identified by weighted gene co-expression network analysis as a hub candidate gene in lupus nephritis

CD36っていろいろ機能が使い回されているが故に次数が高くなっているだろうから、こういうのに着目しちゃうと見誤りませんかね？偽陽性大きくなるとか

この論文は面白かった。GWASの知見を組み合わせている。

• Gene Expression Analysis Reveals Novel Shared Gene Signatures and Candidate Molecular Mechanisms between Pemphigus and Systemic Lupus Erythematosus in CD4+ T Cells

見いだされたSTAT1とかIRF8はこのような性質の遺伝子らしい。

• 遺伝子発現の量およびサイトカインの特異性を制御するSTAT1およびSTAT3の非対称的な作用
• 転写因子IRF8の神経炎症における役割

もっと論文読まなあかんね。