Cytoscapeでchemoinformatics

10 08 2014 chemoinformatics cytoscape Tweet

Cytoscapeでchemoinformatics

Chemviz2を使い始めたのでメモ

インストール

Cytoscapeのサイトから3.xの最新バージョンをダウンロードしてインストール
Apps -> App ManagerからChemviz2を探してインストール

使ってみる

pychembldbを使ってノード用の属性ファイルとnetworkファイルを作った。ネットワークはとりあえずランダムにつないでみた。

Cytoscapeを起動して"network.sif"をインポート。続いてテーブルファイルとして"node.csv"をimport プライマリキーはsmilesにする。

構造描画の設定はApps -> Chemoinformatics Tools -> SettingsでSmiles Attributesをnode.shared.nameを選んでおく。構造描画するときには右クリックしてオプションダイアログのApps -> Cheminformatics Toolsでpaint allかselectを選ぶ。

サイズをpIC50にして、オーガニックレイアウトで表示してみた。なかなかいい感じ

chemviz2

よく分からなかったところ

nameとshared nameの違いがよく分からなくてドキュメントあたってみたけど結局良くわからなかった
Chemviz2でsmilesをshared nameにしなきゃいけなくてsifファイルをsmilesで作ったのがダサかった
(sifのidはchembl_idとかにしたかったけど)

コード

from pychembldb import *
from copy import copy
from random import shuffle, random
from math import log10
#Inhibition of recombinant Syk
#Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949
assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one()

with open("node.csv","w") as f:
    f.write('"ID","pIC50","ALOGP","MWT","SMILES"\n')

    for act in assay.activities:
        if act.standard_relation == "=":
            f.write('"{}",{},{},{},{}\n'.format(act.compound.molecule.chembl_id,
                                            9 - log10(act.standard_value),
                                            act.compound.molecule.property.alogp, 
                                            act.compound.molecule.property.mw_freebase,
                                            act.compound.molecule.structure.canonical_smiles))

with open("network.sif", "w") as f:
    smiles_list = [ act.compound.molecule.structure.canonical_smiles for act in assay.activities if act.standard_relation == "="]
    for i in range(len(smiles_list)):
        tl = copy(smiles_list)
        tl[i:i+1] = []
        shuffle(tl)
        f.write('{} randomnetwork {}\n'.format(smiles_list[i], " ".join(tl[:int(random() * 5)])))

Drkcore

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よく分からなかったところ

コード