24 11 2011 chemoinformatics bioinformatics Tweet
biopythonのMLに「蛋白内部に埋没している残基をどうやってけいさんすんの？」っていう質問が流れてて、HSEっていう指標が実装されているのを知った。
HSEってのはCalphaとCbetaのベクトルと直交する平面で球を切ってUpとDownの半球のことで、その中に他の残基のCalphaとCbetaが幾つあるか数えるという単純なCNっていう指標で溶媒接触表面積の代わりに使えるらしい。
この指標って例えば（潜在的な）リガンド結合部位の予測に使えたりするんだろうか？
PPI阻害剤なんかのターゲット部位予測に使えたら面白いかもねと思った。
Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology)Sebastian Bassi
Chapman and Hall/CRC / 5857円 ( 2009-10-07 )