2010/08/15 11:45:50
SMSD (Small Molecule Subgraph Detector)を使う
GastonでMCSを探索するのは色々無理があったようで、どうするかな困った困ったと探していたら、SMSDを見つけた。cdkには既に組み込まれているらしくてさっきビルドしてみたんだけど、よく考えたらCDKの使い方あんまよくわかんないや、、、ってことでGUIで遊んだ。
ちなみに、java6でビルドしないといけないので、osx(10.5)の場合は環境変数を設定した。
とりあえず、vildagliptinとsitagliptinのMCSをもとめた。
なんで5員環と6員環がマッチしてるんだろうか？あとでペーパーちゃんと読もうっと。