Drkcore

15 08 2010 chemoinformatics java Tweet

SMSD (Small Molecule Subgraph Detector)を使う

GastonでMCSを探索するのは色々無理があったようで、どうするかな困った困ったと探していたら、SMSDを見つけた。cdkには既に組み込まれているらしくてさっきビルドしてみたんだけど、よく考えたらCDKの使い方あんまよくわかんないや、、、ってことでGUIで遊んだ。

ちなみに、java6でビルドしないといけないので、osx(10.5)の場合は環境変数を設定した。

SMSD

とりあえず、vildagliptinとsitagliptinのMCSをもとめた。

SMSD

なんで5員環と6員環がマッチしてるんだろうか?あとでペーパーちゃんと読もうっと。

追記openbabelでのdiscussもあった

  • Somebody interested in a VF2 based structure matcher for OB?
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