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12 01 2010 bioinformatics Python Tweet

Kullback-Leibler divergenceでNMFってのがイメージできない

NARのWeb Server issueを眺めてたらBioNMFというサービスをみつけた(SOAPでアクセスもできるようだ)。

Nonnegative matrix factorization(NMF)に関しては集合知プログラミングに書いてあるし、コード量も多くないので自分で書いたほうが自由に使えて良いような気もするが。

ProductName 集合知プログラミング
Toby Segaran
オライリージャパン / ¥ 3,570 ()
在庫あり。

ところで、参考にあったpdfによると、ユークリッド距離の他にKullback-Leibler divergenceでの求めかたも書いてあったんだけど、これってどういう場合に使うといいのかいまいちわからん。

なんか具体的な適用事例はないのかなぁ。

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