Inline::Pythonを使うだけ。お手軽
use Inline Python => <<'END';
import pybel
def draw_png(smiles,file):
mymol = pybel.readstring('smi',smiles)
mymol.draw(filename=file, show=False)
return True
END
draw_png("CCCc1ccccc1OC","xxx.png");
TODO: あとでクックブックに追加しておく