python2.5に入れる場合はNumericがsourceforgeになかったり、MxTextToolsの古いバージョンを入れたりとか、いろいろとあれなので、ドキュメント読みましょうってことです。

で、RCSBからgz圧縮されたpdbファイルをとりにいってBioPythonで扱うサンプル

import urllib2, StringIO, gzip
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

def fetch_pdb(id):
    url = 'http://www.rcsb.org/pdb/files/%s.pdb.gz' % id
    content = urllib2.urlopen(url).read()
    sf = StringIO.StringIO(content)
    return gzip.GzipFile(fileobj=sf)

if __name__ == "__main__":
    p=PDBParser(PERMISSIVE=1)
    s=p.get_structure("1bgw", fetch_pdb("1bgw"))

    for model in s.get_list():
        for chain in model.get_list():
            for residue in chain.get_list():
                if residue.has_id("CA"):
                    ca_atom=residue["CA"]
                    print ca_atom.get_coord()

ところで、製薬系のドラッグデザインっていうかchemoinformaticsなSoftwareはpythonで拡張できるものが多いんだけれども、その割にはpythonでガリガリ書くよっていうヒトはあんまし見かけたことないんですよね。