cronとか別にディスプレイ上に表示しなくていい場合は適当に引数を与えてやることでmatplotlibのバックエンドを切り替えることができる。

some_matplotlib.py -dAgg

別にこんなことしなくてもuseしても同じことが出来るということを最近知った。

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
from pylab import * 

ただし、pylab呼び出しよりも先にやっておかないと

RuntimeError:  matplotlib.use() must be called *before* pylab

と怒られる。