職場でいつものようにGUIをチマチマいじってたら、隣で塩を取り除くコマンドがないっちゅよと困っていた。openbabelにあるんじゃねーの？どれどれと探してみたけどなかった。さらに、いやあるだろふつーはとかいってググってもcgiみたいなもんしかみつからなかった。

smilesだったら.でsplitしてゴニョればOKなんだけど、座標情報落っこちるから、perlmolとかopenbabelで実装して任意のフォーマットにできるようなコマンドが欲しい。

それを仮にwashmolとすれば

washmol -i input.sdf [-o out.smi]

みたいに。デフォルトではインプットと同じフォーマットで返すような、調子いいコマンドが欲しくなった。

僕は塩を取り除くのはwashと言ってるんだけど、desaltとか色々と呼び方があんのね。