構造最適化計算に悩まされすぎで、ゆっくりCatalystいじる暇もない。まったくもってムキーだ。というわけで、最近のであったトラブルとTodoメモ

avogadroで最適化すると遅い、あと変な構造が出る。

後ろではしっているopenbabelのせいかどうかわからんけどMWT500ぐらいのちょっと複雑な構造はやたら遅い。あとベンゼン環が壊れたりする。

gamessめんどい

Wingamessのbatchmaker経由もめんどい。なんかAvogadro経由でインプット作るのも、数をこなしたいときには邪魔臭くなってきた。っていうかAvogadroってopenすると必ずexeのあるフォルダが開くんでworkdirに移動すんのが面倒。

そもそも今はAvogadroのオプションのGamessのインプットを吐く機能を使っているだけなので、perlでインプット吐いてrunとかも面倒見てくれるモジュールを書けばいいだけの気もしてきた。っていうか書く。

MMのとこも考える

MMで2,30個安定なコンフォメーション発生させて、欲しいコンフォマーをピックするようなのも用意しないとあかん。これはwebでいいや。

それにしても、量子化学計算のできない合成化学者はBlast検索のできない分子生物学者みたいなもんじゃないのかなぁとか思うんだけど、この主張は言い過ぎなのか？