bioinformatics,chemoinfomaticsのあれこれをc++で解説してある本。でも、解説は少なめ、ソースコードまんまのせすぎめ。写経にはちょうどいいので、今は夜な夜な写経してる。

バイオプログラミング―バイオインフォマティクス演習 (Ohm bio science books)
松尾 洋
オーム社 / 4515円 ( 2005-05-25 )

分かりやすく言うとソースコード集。もっと分かりやすく言うとビッグワンガム

• ソースコード:プラモ
• 本文+注釈:申し訳程度のガム

と考えればよいかと。

どっちかというとクックブック的な構成なのだけど、Makefileが全章分まとめて作ってあるのはいただけない。項目ごとに個別のコードを動かしたいときにはMakefileを書き直す必要があるし、章ごとに完結していないので使いづらい。さらに、ソースコードはオーム社のページからダウンロードできますと書いてあるのに関わらず、本の記載にはない変更箇所がちょこちょことが見受けられたりして紛らわしい。(あとはアーカイブにスワップファイルが含まれてたりとか)

読む本としてみた場合に、全体的にちぐはぐ感があるのは、まずコードありきで、執筆の為に本文適当にでっち上げたからなんでしょうなぁ、などと邪推してみたり。擬似コードなどでアルゴリズムの概要を示したりとか、解説しているコードの場所をきちんと明示するようにして欲しかった。

だから、対象読者も初学者とか、情報系でバイオインフォに興味があるというヒトではなくて、本に載ってるようなツールを既に使っていて中身がどうなってんのか知りたいとか、LLで遅い部分を速くするためにcとかc++で書き直したいナァと考えているヒトが対象でないかと。(かなりニッチな気が)
まぁ、本書の「はじめに」にソースコードをじっくり読んで欲しいって書いてあるし。

読む本としては、読みづらいところが多いが、C++でバイオインフォ、ケモインフォのコードを解説している本はあまり見かけないので貴重だし、僕はSWIG使ってPerlから使えるようにしたかったのでjavaでなくC++の本を探していたために★x4.5ぐらいの満足度。使いたいヒトというよりは作りたいヒト向けの書籍だ。

で、正月休みを利用して、C++入門と適当な入門書を本屋で購入して一通り読んでから、写経を始めてるが、結構楽しい。