先日、Blastの出力をタブ区切りで吐けるという話を聞いて

ををを～!

となったもんで、早速試してみる。家のサーバーはC3なんで静かなかわりにやたら遅い。おうちで計算したかったら、速いマシン自腹で買わないとならんわなぁ、とつくづく思い知らされた。

ちょっと話はそれたが、やりかたは、単に"-m 8"オプションつければいいだけなんだけど、昔はこのテーブル形式にしたいがために、出力をソートしてテーブルにしてたことを思うと、ちょっと感激した。

こんな感じでblast実行すると、

#/usr/local/bin/blastall -p blastp -m 8 -d /usr/fasta/swissprot -i gpc1.seq -e 1e-10

下のように、小粋でこじんまりした形でバスッと出力されるんです。（ただし、うちのマシンは2呼吸以上おかないといけない。）

GPC1_HUMAN GPC1_HUMAN 100.00 535 0 0 24 558 24 558 0.0 982 GPC1_HUMAN GPC1_RAT 88.60 535 61 0 24 558 24 558 0.0 891 GPC1_HUMAN GPC1_CHICK 61.79 458 175 0 24 481 21 478 6e-172 602 GPC1_HUMAN GPC6_HUMAN 49.35 462 225 4 28 480 26 487 3e-136 484 GPC1_HUMAN GPC6_MOUSE 49.35 462 225 4 28 480 26 487 4e-136 483

Rにまわしてもいいし、こういう感じで出力すると使い勝手はいいよね。