OEChem すごい。いまのとこPerlMolとかChemRubyよりも完成度高い感じがする。

PDB->XYZ->MOL2->SMILES->FASTA

とかファイル形式変えてっても最後にアミノ酸のFASTAが出力されたときには、びびった。

• PDB->XYZ
• 結合情報失われる
• XYZ->MOL2
• 結合情報再構築
• MOL2->SMILES
• 空間座標情報失われる
• SMILES->FASTA
• smilesからアミノ酸配列再構築

とかやっても、情報の欠損がおきないのは純粋にすごいと思う。まぁ、なんでもMOl2でセーブしとけはいいじゃんっていう突っ込みはおいといても。

あと、やっぱ海外だとRubyは少ないみたいでPythonがメジャーっぽい。どこもグラフのモデルなので、やっぱ描画ルーチンとドキュメントのしっかりしていて事例の多いところに流れるのかな。

そういやケミッチョ書きっぱなしのままだなぁ、そろそろまとめよう。