Drkcore

07 02 2006 bioinformatics publosxom Tweet

GeneRank

GoogleのPageRankをモジッてGeneRank。もちろんアルゴリズムを参考にしてます。PageRankはここみるとなんとなくわかるかも。

多分5年くらい前だと思うが、アレイのブームあたりで、どっかのベンチャーがGoogleのアルゴリズムを取り入れたいとか言っていたことを思い出したヨ。

さて、大雑把なGeneRankの式は

ランク = (1-d) x 発現変動率 + d x 結合度

みたいな感じ。PageRankだと左の項は(飽きて)他のページにいっちゃう項で、右項がリンクをたどる項か。要するに右の項は束縛なんだろうと思う。というわけで、GeneRankは発現変動率を、GOとか他のネットワークの情報である程度補正するイメージになるかな。程度はdで決める。

ちなみにPageRankはd=0.85らしい。が、そんなに大きい確率でリンク辿るか?ブログが多くなってくるとあんまりリンクを辿るという行為をしなくなるよな。

GeneRankでは、これをGOのネットワークとかで補正をかけて評価してます。が、あんま改善されてないっぽい。転写の制御被制御をGOで補正しようというところに無理があるのかな?と思ってみたりする。

同じシスエレメント持っているとかのネットワークを使ったほうがうまくいくのかも知れない。がそれって作るの大変ダヨナァ。というか、ネットワークをどう表現するかで、ランキングが改良されるかどうか決まるっぽいんだが。文献からNLPで作った、ネットワークは使えないんだろうかね。

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