colinuxにバイオ関連のツールを入れる場合に配列解析用のEMBOSSは外せない。 colinuxにはX入れてないのでwith-x=noオプションをつけてコンパイル

./congigure --with-x=no make make install

続いてBio::Embossを入れてperlからも扱えるように。

per -MCPAN -e 'install Bio::Emboss'

これは駄目、こけた。.cpan/build/Bio-Emboss-3.0.0をみてみると、環境変数の設定とライブラリを展開しておかないといけないらしい。 なんで、さっきインストールに使ったEMBOSS-3.0.0ディレクトリを/usr/local/srcに移してexportで次の二つの環境変数を設定。

• $EMB_ROOT=/usr/local
• $EMB_SRC_ROOT=/usr/local/src/EMBOSS-3.0.0

更に、メモリも256Mまであげないとコンパイルが通らないがswap用のイメージ用意していないので、default.colinux.xmlにメモリを256にして再起動

あとは普通に

perl Makefile.PL make make install

でOKだが、ライブラリアクセス用のモジュールなので当分使わないかも。コマンド呼び出しのモジュールはないのかな？bioperlはアウトプットパーザーみたいなナ感じでイマイチだし。知らないだけか？